我们体内的身神是怎样分布的呢？有什么样的秩序？从哪里来的？应该如何存想修行？
《上清经》具体提出了《黄庭经》记载的“百节皆有神”的神灵，而且以《上清大洞真经三十九章》为中心，记载了人们体内身神的名号系统。里边包涵身神的分布与秩序，存想的具体原则和方法等等。
守一思想是上清存思道法的重要来源，守一的思想成为上清派存思道法的重要组成部分，和《上清经》身神观念和存思道法的基本原则。
《上清大洞真经》对“一”的尊崇主要体现在“帝一尊君”的神格上面，
《大洞金华玉经》说：“夫一者，帝之真一也。一之所变，归一者也。”
其所言“帝”即是帝一尊君，所以，在《上清大洞真经》中，帝一是身神最后化归的对象，也是某些身神化生的源头。
上清经书认为身神主要是由道气变化而来。
《上清九丹上化胎精中记经》：“天地交运，二象合真，阴阳降气，上应九玄，流丹九转，结气为精，精化成神，神变成人，故人象天地，气法自然，自然之气，皆九天之精，化为人身。”
“阳气赤，名曰玄丹，阴气黄，名曰黄精。阴阳交，二气降，精化神结，上应九天。九天之气则下布丹田，与精合凝，结会命门，要须九过，是为九丹，上化下凝，以成于人。一月受气，二月受灵，三月含变，四月凝精，五月体首具，六月化形，七月神位布，八月九孔明，九月九天气普，乃有音声，十月司命勒籍，受命而生。故人禀九天之气，阴阳之精，名日九丹，合成人身。”
上清经书认为身中神灵由九天之气结精而成，魂魄是在受胎过程中由人体所禀受的精气直接转化而来，其余脏腑神灵等体内大神则从司命或太一受召而入镇体内。
由禀受天地精气转化而来的三魂七魄和从司命受召而来的身中百神，其组合仍遵从基本的三元架构。
《洞真太上道君元丹上经》说：“身中宫府，神室处所，百八十宫，三百六十关节，千二百孔，万二千精光，三万六千神主。至尊所居，玄圣所在，三魂七魄，十二形影，万音响应。故使阴阳之数，历备三元，头为天元，心为中元，肾为下元，并三万六千神主所治，名日三元微妙，分别左右。”
《上清经》身神的三元架构，又呈现为两种不同的组合模式。
一种是承袭《灵宝五符序》和《黄庭内景经》而来的“三部八景二十四真”模式。“三部八景二十四真”序列的身神组合所依据的原理，是自先秦以来最为传统的空间划分方式，是为“一三八”的组合方式。
《洞真太上八道命籍经》记载：“太上大道，炁周十方，人之动静，在八而已。四面四维，隶上属下，下方上方，摄统乎八。八卦正神，施行八炁，太一为主，三元流通。”
另一种组合模式则是《大洞真经》等所创制的“一三九”衍化模式，是时间划分模式。
《上清大洞真经》记载：“二老在左右方，帝魂不可不分，三九变其上下，太一立其中根，五神奉我生籍，司命塞我死门，九宫合而为一，六合总而内真，世获仙书，福庆缠绵。”
身神在存思的过程中相互转化，最后混合为一，这是对身神化生过程的逆反，也就是说，这是由下往上的返回本源的模式，最后达成九宫合二为一，六合总而成真的境界。
这两种三元架构的组合模式一种是空间上的，一种是时间上的，它们是相互结合而存在的，两种三元架构的混合，一方面使身神系统完整表达出来，另一方面强调了存思身神应该是同时存想多位神明（兼存诸神）才能获得最上的效果。
《大有妙经》云：“兼行帝一、太一五神、三五七九，则一神之感致易。”
同时存想帝一、太一五神、三五七九等等神明，则更容易感召、感应某一神明。
