照例回顾

Word 群体基因组 (一)

Word 群体基因组 (二)

初识Vcftools

Vcftools几乎可以做群体基因组学中的任何事情，前提是你得了解他所有的命令

下载安装

http://vcftools.sourceforge.net/

安装很简单 直接make 就好了

将所在路径加到环境变量，可以在任何文件夹调用

实例

1.  杂合度自交系数检测

   
   

   vcftools --vcf test.vcf    --het  --out test.spe.fre

   
   

2. 去除--singletons数据，即所有样本中只有单个样本有SNP的情况

   
   

   vcftools --vcf test.vcf  --singletons   --out test.spe.fre

   
   

3. 计算窗口SNP 密度 500kb

   
   

   vcftools --vcf test.vcf --SNPdensity 500000 --out test

   
   

4. 只留下biallel

   
   

   vcftools --vcf file1.vcf --min-alleles 2 --max-alleles 2   --recode  --out

   
   

5. 筛选个体

   
   

   vcftools --vcf  --keep  --recode  --out

   
   

6. 
   

计算Fst，单点计算

vcftools --vcf rice.all.filter.recode.vcf --weir-fst-pop ind.list --weir-fst-pop jap_trop.list --out fst

7. 保留nomissing位点

vcftools --vcf input_file.vcf  --max-missing 1.0 --out output_noMissing

8. 提取特定位点之间SNP

vcftools --vcf input_file.vcf  --chr 1  --recode    --recode-INFO-all --out chr1  --from-bp      --to-bp

9. 去除indel sites

vcftools --vcf input_file.vcf --remove-indels --recode --recode-INFO-all --out SNPs_only

10. 筛选个体+去除indel

vcftools --vcf *.vcf --remove-indels --recode --recode-INFO-all --out SNPs_only  --keep

11. 筛选个体+去除indel+保留bia

vcftools --vcf *.vcf --remove-indels   --min-alleles 2 --max-alleles 2  --recode --recode-INFO-all --out SNPs_only  --keep

12. 筛选maf0.05 以上的







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