专栏名称: 金斯瑞生物
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免费!金斯瑞CRISPR基因敲入设计工具:精准简单,提升基因敲入效率

金斯瑞生物  · 公众号  ·  · 2024-11-14 17:00

正文


基因敲入技术应用与前景


CRISPR 基因敲入技术分2步:首先,gRNA和Cas9复合物在基因序列特定位置切割产生双链断裂;然后,基于同源重组介导修复机制(HDR),利用包含目的序列的同源修复模板,实现目的序列敲入双链断裂处。


基因敲入可用于以下研究领域:

  • 细胞疗法开发: CAR或TCR 序列的插入

  • 细胞/动物模型制备: 病理研究、药物筛选与评价

  • 目的基因过表达或示踪基因表达: 生理状态下开展动态研究


精准简单!

金斯瑞CRISPR基因敲入设计工具


金斯瑞专业的CRISPR科学家、生信、IT团队协作开发了CRISPR基因敲入设计工具, 免费设计和提供基因敲入实验所需sgRNA和基因敲入模板序列 ,功能完善,设计精准,操作简单,可以满足资深CRISPR实验专家复杂的基因敲入要求,也可以让CRISPR实验初学者快速上手完成基因敲入设计。


CRISPR基因敲入设计工具地址:

https://www.genscript.com.cn/tools/gRNA-design-tool/hdr_knock_in


或登录金斯瑞官网, 点击菜单栏“试剂服务” → “CRISPR/Cas9基因编辑” → “设计工具”



CRISPR基因敲入设计工具 优势


1. 覆盖更广泛的应用

10个常用物种,Cas9/Cas12a编辑体系,单链/双链/环状敲入模板设计


2. 具备更强大的功能

长达1.5kb的敲除和长达20kb的敲入实验的设计,24种标签和linker可选


3. 提升基因敲入效率

更新的On Target和Off Target评分逻辑,silent mutation功能,CTS设计,优化的同源臂设计,提供输入序列正确性检验功能


CRISPR基因敲入设计使用指南


第一步 - 选择敲入基因信息



  • 选择物种、核酸酶类型(Cas9或Cas12a)、待敲入位点的基因ID、Transcript ID

  • 如果有特定的敲入位点,可以输入敲入位点信息,例如:28725099(无需输入chr#)- 可选

  • 如果需要使用特定的gRNA,可以输入gRNA序列(仅需输入19-20引导序列,不需输入骨架序列)- 可选

  • 可以自定义输入设计名称,后续下载Excel结果时,文件名称即以自定义名称命名 - 可选


第二步 - 输入敲入序列信息



1)点击“缩放图谱”按钮,即可展开序列图,显示每一个碱基的信息


2)序列图中绿色的竖线代表编辑位点,将鼠标放在绿色竖线上,当鼠标变成十字箭头后,可以将绿色竖线向左右拉开,选择需要替换的 序列 范围,也可以在“删除片段长度 方框中输入需删除序列长度信息:

  • 针对序列删除:请通过移动绿色编辑位点或输入“删除序列长度”的方式选择需要删除的序列( 删除 序列显示为灰色),直接在“敲入序列”的方框内删除原来的序列

  • 针对序列敲入:请直接通过移动绿色编辑位点或输入编辑位点的方式选择敲入位点,直接在“敲入序列”的方框内输入需要敲入的序列(敲入序列显示为橙色)

  • 针对序列替换:选择需要删除的序列,在“敲入序列 的方框内删除原来的序列,并输入需要敲入的序列


3)软件提供24种常用标签和Linker,请选择所需标签或Linker,点击“插入”按钮,确认标签名称输入在“敲入序列”的方框中

  • 如果图谱中序列上的箭头向左,则代表基因位于“-链 ,请选择带有(-)的标签或Linker

  • 如果图谱中序列上的箭头向右,则代表基因位于“+链 ,请选择带有(+)的标签或Linker


4)可以选择Silent Mutation功能,对序列进行同义突变,防止sgRNA再次切割编辑后的序列,从而提升基因敲入效率 - 可选


5)针对ssDNA,可以选择增加CTS设计,即在5‘端增加Cas酶结合位序列,与退火引物一起使用,可以将RNP(Cas酶+sgRNA)结合至ssDNA,提升共同递送效率,从而提升敲入效率 - 可选


第三步 - 选择合适的基因敲入模板



设计软件 提供以下参数供您参考:

  • On Target评分:更高的数值代表具有更高的编辑效率

  • Off Target评分:更高的数值代表具有更高的脱靶效应

  • 与敲入位点的距离:代表实际的敲入位点和理论的敲入位点之间的碱基数,理论上数值越小越好,但 当“与敲入位点的距离“小于20时,我们推荐On Target评分更高,GC%在40-80%的sgRNA


设计软件 提供多种基因敲入模板供您选择:

  • ssDNA:150nt-5kb,细胞毒性低,基因敲入效率高,细胞疗法开发优选

  • dsDNA:1-10kb,双端共价封闭更稳定,较之PCR dsDNA基因敲入效率更高

  • GenCircle dsDNA:1-20kb,环状模板,骨架仅429 bp,不含抗性基因,较之常规质粒基因敲入效率更高


第四步 – 订购sgRNA和基因敲入模板


  • 下载Excel格式的sgRNA和基因敲入模板 设计结果,内附具体序列

  • 选择同一组的sgRNA和基因敲入模板进入订购页,选择纯度、交付量、交付形式即可报价或询单


设计软件的每个选项、参数旁边都有问号标识,点击问号即可展示相关的释义信息,帮助您理解和顺畅的操作。


提升敲入效率!

金斯瑞单链/双链/环状基因敲入模版


金斯瑞提供多种基因敲入模板,可以支持不同长度(1-20kb)、不同交付量(μg-g)的基因敲入模板的需求,具有敲入效率高、脱靶效应低的优势。同时还提供基因敲入优化试剂盒,可用于优化基因敲入实验或作为阳性对照。


金斯瑞GenExact TM ssDNA


经实验验证ssDNA对免疫原代细胞毒性低,区别于传统PCR制备ssDNA等方式,金斯瑞GenExact TM ssDNA基于独特的恒温酶法制备,已获得获国家知识产权局发明专利授权, 并具备以下优势:


  • 长达6kb、μg-500mg、定制化QC、支持科研至GMP级别

  • 无荧光染料/PCR dsDNA等残留、animal & cell-free

  • 纯度高、深度去除杂质、序列正确性保证

  • 经验证敲入效率高、细胞毒性低、脱靶效应低


在非病毒细胞疗法依托安全、高效、经济等优势日益发展的当下, GenExact TM ssDNA是CAR / TCR等序列模板定向敲入T / NK / iPSC细胞等的理想选择


金斯瑞GenExact TM ssDNA的质量优势与验证数据

(左右滑动查看更多数据)


备注:基因敲入实验采用Thermo Neon电转平台


金斯瑞GenWand TM dsDNA


双链DNA 是CRISPR技术中通过同源介导修复 (HDR) 进行基因敲入的理想模板之一,实验室自制的PCR dsDNA存在稳定性差、敲入效率低的弊端,金斯瑞研发GenWand™ dsDNA则攻克了以上难题, 尤其适合长基因的敲入或大规格的需求,并具备以下优势:


  • 1-10 kb、μg-g交付量、定制QC、支持科研至GMP级别

  • 双端共价封闭,更稳定、随机插入更少

  • 大规格性价比高、敲入效率高、脱靶效应低

  • 纯度高、深度去除杂质、序列正确性保证


金斯瑞GenWand TM dsDNA的质量优势与验证数据

(左右滑动查看更多数据)


金斯瑞GenCircle TM dsDNA


金斯瑞开发的GenCircle TM dsDNA,是一种不含抗生素抗性基因、细菌源性序列的小型环状双链DNA载体,可用于搭载目的基因,骨架序列长度仅为常规迷你质粒载体的约1/4, 可用于CRISPR基因敲入模板、转座子/转座酶载体、AAV/慢病毒包装质粒、非病毒载体、mRNA制备模板等,支持科研至GMP级别,并具备以下优势:







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