最全长链非编码RNA数据库介绍（全）

生命科学研究中非编码调控RNA可谓是研究最火的领域之一，大量lncRNA数据不断积累和各种资源数据库被开发出来，使我们更加方便地查询和研究。

数据团队整理相关文献总结出了24个数据库和工具。接下来我们会对每个数据库和工具进行一个简短的总结，并提供相关的链接和文献。

我们以前介绍过12个lncRNA数据库和工具，这期将进行全部整合。

NONCODE v4是一个全面的综合注释数据库，数据由二代高通量测序技术产生，涵盖所有类型ncRNAs，（除了rRNAs and tRNAs）。

NONCODE的优势之处在于其ncRNA注释，提供编码能力评估，位置信息，表达信息和潜在功能以及共表达等信息。另外它还对先前的基因芯片数据重注释，以获得更多的lncRNA表达信息。
http://www.noncode.org

LncRBase是一个基于特征序列（如CGIs和重复序列）来分析IncRNA功能的注释数据库。

2015年11月，LncRBase收录了83201个鼠的和133361个人类的ncRNA转录本，分析内容包含“lncRNA-ncRNA互作”或“Alu repeat elements”结果。
http://bicresources.jcbose.ac.in/zhumur/lncrbase/

lncRNome是专门收集人类lncRNAs信息的知识数据库，包括疾病、表达、生物功能和表观遗传等相关信息。
http://genome.igib.res.in/lncRNome/

NERD是一个发育和分化相关的基因芯片数据库，包含各种组织特异表达的lncRNA。

用户可以在特定的器官，部位和细胞中查询lncRNA的表达情况。
http://nred.matticklab.com/cgi-bin/ncrnadb.pl

C-It-Loci收录了来自人类、鼠和斑马鱼的组织特异性IncRNA数据库。它考虑了lncRNAs序列的保守性，能使用物种间保守性区域或位点来识别相关
lncRNAs。
http://c-itloci.unifrankfurt.de

Co-LncRNA提供了lncRNAs共表达、GO注释和KEGG通路的富集分析结果。数据主要来自细胞系和人类样本的RNA-Seq实验数据。
http://www.biobigdata.com/Co-LncRNA/

LNCipedia是一个人类lncRNA转录序列和结构的注释数据库，使用二级结构信息建立了一个标准统一的分类和命名体系。

lncRNA信息包含编码能力评估，预测开放阅读框和二级结构等信息。
http://www.lncipedia.org

LncRNA2Function是一个lncRNA功能注释的数据库。LncRNA2Function注释了来自GENCODE数据库的lncRNAs，结果包含通路注释和GO注释。
http://mlg.hit.edu.cn/lncrna2function/

Starbase是一个lncRNA与其他分子相互作用的数据库。主要使用CLIP-seq和CLASH等实验数据来支持mRNAs，miRNAs，RNAs，蛋白质和其他各种类型
的ncRNAs之间的相互作用。
http://starbase.sysu.edu.cn/mirLncRNA.php

LncRNAdb是一个真核生物的lncRNA综合数据库。数据库包括特异的序列结构信息，如转录本、基因组位置、表达、亚细胞定位和保守位点以及相关的功能和疾病。
http://www.lncrnadb.org

fRNAdb结合了SRE和CGI信息以及表观遗传学数据（甲基化、组蛋白修饰），以提高lncRNA的准确性。
http://valadkhanlab.org/database

Linc2Go是一个lncRNA的功能注释数据库，它基于ceRNA假说，即假设lncRNAs与microRNAs相互作用来抑制mRNA的转录，从而预测lncRNA功能。
http://www.bioinfo.tsinghua.edu.cn/liuke/Linc2GO/

在哺乳动物中存在大量高度保守的lncRNA，这些lncRNAs可能具有调控细胞功能的作用。coding/non-coding gene co-expression(CNC)预测是一种基于网络拓扑和特征来预测lncRNAs可能的功能。

ChIPBase使用染色质免疫沉淀结合深度测序(ChIP-seq)数据来连接lncRNAs与表观遗传因子，并且整合了转录因子(TF)-lncRNA、TF-miRNA TF-miRNA-miRNA和TF –ncRNA等调控关系。

ChIPBase结合转录因子结(TFBS)的组织特异表达谱来预测TF与lncRNAs作用关系，来阐释其在转录调控，染色质重塑和组蛋白修饰中的关键作用。
http://deepbase.sysu.edu.cn/chipbase/

lncRNASNP是一个SNPs对lncRNA以及结合miRNA能力的影响的信息数据库。LncRNASNP提供结合位点，自由能能和互作的结合分值。

此外，LncRNASNP提供了单个SNPs对lncRNA的二级结构影响的可视化示意图。
http://bioinfo.life.hust.edu.cn/lncRNASNP/

LncRNADiseas是收集各种实验验证的与lncRNA相互作用的信息数据库(蛋白质、RNA, microRNA，DNA…)，通过对疾病的聚类和序列的保守性（SNP的
分布密度）来预测lncrna与疾病的相关性。
http://www.cuilab.cn/lncrnadisease

Lnc2Cancer是人工收集1500多篇已发表的论文，提取了531个lncRNAs与86种癌症相关的1057个作用关系。数据库包含lncRNA在癌症中的表达水平(上升或下调)。
http://www.biobigdata.com/lnc2cancer/home.jsp

ncFANs是一个用于注释基因芯片中包含lncRNAs的分析平台，它通过蛋白与lncRNAs共表达(CNC)网络来注释lncRNAs的功能。
http://www.bioinfo.org/ncfans/

lncRNAtor是一个包含表达谱，ncRNA-蛋白结合和进化分值和编码能力注释的LncRNA序列的数据信息平台。LncRNA-蛋白结合是lncRNAtor一个特有功能。

此外，lncRNAtor提供了一个器官、癌症、药物、组织和发育阶段等RNA-Seq数据的整合分组。
http://www.bioinfo.org/NPInter/lncPro.htm

lncPro工具是一个为数不多的专门用于预测lncRNAs和蛋白质相互作用的工具。

与lncRNAtor通过使用差异表达数据来确定结合作用不同，lncPro是使用机器学习的模型，通过对lncRNA二级结构、氢键倾向和范德瓦尔斯力进行计算，从而对lncRNA-protein配对关系进行预测。

DIANA-LncBase是一个用于分析lncRNAs在人类和鼠中的生理和病理的影响。通过ORF方法来识别lncRNAs，并且显示lncRNA-miRNA互相作用。最后，使用序列保守性、人类lncRNA和蛋白质转录本对其进行功能注释。
http://diana.imis.athena-innovation.gr/DianaTools/index.php?r=lncBase/index

lncRNAMap的是一个人类lncRNAs全面整合的数据库。lncRNAMap提供lncRNA沉默干扰后的信息。

从公开的siRNA文库或siRNA-target的深度测序数据来预测miRNAs和siRNA的靶lncRNAs。
http://lncrnamap.mbc.nctu.edu.tw/php/

TF2LncRNA工具月用于评估TFs与lncRNAs之间的相关性。使用超几何检验对ENCODE数据库中的ChIP-seq数据进行基因本体(GO)或通路富集的统计评估。

对于lncRNA-TFs查询，使用Benjamini-Hochberg法对于p值的统计校正。
http://mlg.hit.edu.cn/tf2lncrna/index.jsp

lncRNAs作为癌症关键分子的作用不断认识，TANRIC包含大量RNA-Seq数据集，允许通过生物学意义和药物敏感对lncRNAs临床研究进行探索。

使用20种癌症的表达谱包含TCGA和和其他独立的数据集（共计8000多个样本），TANRIC包含lncRNA的生物分子及临床信息之间的关联分析并且支持可视化，例如，热图和聚类。
http://ibl.mdanderson.org/tanric/_design/basic/index.html

LongTarget是一个来预测lncRNA-DNA结合motifs和结合位点的工具。按照6个Hoogsteen和18个反向Hoogsteen规律来分析lncRNA和DNA序结结合并预测TFO和TSS。
http://lncrna.smu.edu.cn

科研路，不孤单！^ ^

Freescience医学科研联盟全国火热招募ing

50家高校及医院的小伙伴已经加入啦，点这里

Freescience科研沙龙，详情进入沙龙QQ群，点这里（进入后，扫底部二维码）

FS科研软件库，集合60+医学科研必备神器，现在统统打包分享

，

点这里

有质、有趣的科研问答平台—研论（点此进入）

如何自动获取文献进展和内容速读

科学自由共享

投稿请扔至：[email protected]

未经许可 不得转载

长按二维码关注