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2024中国空间组学高峰论坛回顾报道

BioArt  · 公众号  · 生物  · 2024-10-12 08:42

正文

撰文:Joy Yu


“工欲善其事,必先利其器” ,具有空间分辨率的生物组学技术是解密细胞空间结构与功能的利器,基于二代测序的Visium HD和基于原位成像的Xenium 更是空间生物组学不断迭代升级的最新科技。2024年9月12日下午,以 “探索未来 引领空间生物学” 为主题的10x Genomics 2024中国空间组学高峰论坛在北京渤海润泽威斯汀酒店圆满召开。


本次峰会采取线下线上相结合的方式,阵容超强,有10x Genomics亚太区高级总监Mio Tonouchi女士,空间转录组全球市场高级总监Adrian Benjamin先生,中国区销售总监刘胜安先生等公司各部门负责人出席,更有科研一线的学术专家北京师范大学王晓群教授,分子肿瘤学全国重点实验室刘芝华主任团队的赵丫卉老师,上海交通大学黄来源 Ng Lai Guan主任以及北京大学薛瑞栋研究员分享了丰富的学术成果。

10x Genomics 全体工作人员

2024中国空间组学高峰论坛,北京


本次峰会由10x Genomics市场经理戚晓琪主持,10x Genomics亚太区高级总监Mio Tonouchi女士致开幕词,精要介绍了10x Genomics空间转录组学的发展史,同时隆重介绍了最新升级的Visium HD 和Xenium两大空间组学科研利器。其中,升级版的Visium HD技术可以标记捕获2x2μm的极小区间,实现单细胞级别的全转录组空间基因表达分析,有效增强了Visium平台单细胞水平的灵敏度和精准度,提高平台发现能力

https://www.10xgenomics.com/cn/platforms/visium

目前,Xenium通过高灵敏的原位探针技术可以实现多达5000个基因以及多种蛋白的高通量单细胞乃至亚细胞水平的分析。10x Genomics的Xenium平台更能提供端到端的完整解决方案,为客户提供更为个性化和多样化的服务

https://www.10xgenomics.com/cn/platforms/xenium


Mio Tonouchi

2024中国空间组学高峰论坛,北京

此外,空间转录组全球市场高级Adrian Benjamin从工作流程、原理、分辨率、灵敏度、数据分析、数据通量、以及产品价格等多角度,多维度详细介绍并比较了Visium HD Xenium两大空间技术的特色,为科研工作者更好理解,选择和应用最新空间转录组学提供了强有力的技术原理支持。最后,Adrian还采用一问一答的形式,帮助全球科研工作者根据自己的科学问题和现有资源合理选择工具,优化实验设计,减少科研成本。


Adrian Benjamin

2024中国空间组学高峰论坛,北京


技术助力科研

王晓群教授

北京师范大学王晓群教授利用空间转录组学解析神经干细胞与大脑皮层发育和演化,并在本次峰会上进行了题为“Understanding Brain Development Through Spatially Resolved Transcriptomics”的报告。大脑是最为复杂的器官,研究脑发育过程中细胞的空间位置和基因表达有利于揭示神经干细胞在不同脑区的功能和特性。王教授利用10x Genomics的初代空间转录组学揭示了脑发育过程中的细胞空间谱系,包括细胞排列,细胞亚层,和不同皮层的细胞类型划分。此外王教授表明会继续借助最新Xenium技术的高灵敏和高分辨的优势进一步揭示转录因子在脑发育过程中的关键调控机制,为探索不同脑区形成、发育、功能乃至脑部疾病的发生和发展提供坚实的理论基础。


王晓群

2024中国空间组学高峰论坛,北京


赵丫卉助理研究员

中国医学科学院肿瘤医院副院长刘芝华教授团队的赵丫卉助理研究员进行了题为“Spatial Isoform Reveal the Mechanisms of Metastasis”的报告。赵老师首先致谢了10x Genomics各种技术的应用对解析食管鳞癌发生发展过程中分子机制的重要推动作用,接着详细介绍了利用空间转录组学进行多重分析,捕获长转录本和基因的可变剪切,进而探究细胞聚类,细胞互作,空间基因的表达图谱以及免疫细胞在肿瘤发生过程中的空间浸润,对更好地理解癌症发生的细胞以及分子机制乃至转化医学研究具有重要的推动作用。


赵丫卉

2024中国空间组学高峰论坛,北京

薛瑞栋研究员

除了对食管鳞癌研究提供新思路以外,空间转录组学还在肝癌,肢端黑色素瘤和胰腺癌等研究过程中发挥着关键作用。北京大学医学部研究员薛瑞栋老师在本次峰会上进行了题为“空间单细胞精度解析肿瘤异质性”的报告。薛老师充分利用了10x Genomics的单细胞测序和空间转录组学探究肝小叶独特的空间结构,解析肝癌发生发展的空间微环境,发现并定义出新的中性粒细胞亚群,助力肝癌的临床诊断和治疗。此外,薛老师还利用空间转录组学解锁了肢端黑色素瘤的克隆演化和临床分型及特征。


薛瑞栋

2024中国空间组学高峰论坛,北京


黄来源 Ng Lai Guan主任

此外,上海交通大学医学院附属仁济医院系统免疫中心主任黄来源 Ng Lai Guan老师借力空间转录组学揭示了不同中性粒细胞亚群在胰腺癌中的重要作用。在本次峰会上,黄主任进行了题为“Neutrophils: The power of many”的报告,详细介绍了如何利用10x Genomics的空间转录组学揭示中性粒细胞的异质性,空间分布以及肿瘤微环境对细胞状态的改变和影响。黄主任还强调,正是单细胞测序和空间转录组学分析这样高新技术的出现让探究单细胞的特性,功能以及空间分布成为可能,为更加深入地理解细胞发育和肿瘤发生提供强有力的技术支撑。


黄来源 Ng Lai Guan

2024中国空间组学高峰论坛,北京


与专家面对面

学术盛宴之后,本次峰会还进行了由中国区销售总监刘胜安先生主持,王晓群教授、黄来源 Ng Lai Guan主任、薛瑞栋研究员、聂海生经理参与的圆桌讨论,进一步对空间转录组学的价值和意义;对单细胞测序、Visium HD和Xenium的差异比较和应用选择;以及对空间转录组学使用优化的建议和想法等进行了探讨。讨论强调了空间转录组学克服单基因和单蛋白的瓶颈,打破单细胞制备过程中的局限,打开空间维度的巨大优势。同时,参与讨论的行业先行者也建议大家以科研问题为导向,实验目的为基础,整合现有资源,理解空间转录组学不同技术的特点,与10x Genomics的专业人员沟通咨询,找寻科研设计的最优解,关注拥抱新技术,为己所用。

左-右,刘胜安、王晓群、黄来源 Ng Lai Guan、薛瑞栋、聂海生

2024中国空间组学高峰论坛,北京

科研新科技与新思路的碰撞

本次峰会不仅详细介绍了最新科技Visium HD和Xenium的巨大优势和应用前景,同时也在茶歇等环节展示了Chromium X系列单细胞系统、Visium CytAssist仪器,以及最新的Visium HD和Xenium Prime 5K panel的demo数据,让参会的老师和同学真切地感受到了空间分析的魅力和强大功能。


数据分析讲解

2024中国空间组学高峰论坛,北京


除此之外,与会的线下线上专家学者们积极提问,对科研、对科技充满热情。2024中国空间组学高峰论坛为广大科研工作者提供了看待生物学的新资源、新思路以及新方式。


现场提问环节:王家鑫(教授,河北农业大学)

2024中国空间组学高峰论坛,北京

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图片素材来源于10x Genomics