高通量是基因芯片最大优势之一,一张基因芯片可以对整个基因组或整个转录组进行分析,并且可以达到相当高的覆盖倍数,还能使用不同颜色的荧光标记同时与多个样本进行杂交。基因芯片操作便捷、自动化程度高,虽然检测效率低于基因测序,但具有检测速度快、成本相对较低的优势。
目前国内基因芯片尚处于潜力期,现阶段基因芯片的不足之处在于只针对已知位点进行检测,已经逐步实现了从科研到临床的跨越。国内基因芯片诊断试剂盒批准数量逐步增多,其中百傲科技自主研发指导心血管类疾病个体用药的四种基因检测芯片试剂盒;宏灏基因产品可检测5个高血压药物相关基因位点。随着临床逐步普及,市场具有很大的应用空间。
(3) 基因测序飞速发展
基因测序技术是一种新型基因检测技术,能够从血液或唾液中分析测定基因全序列,预测罹患多种疾病的可能性,个体的行为特征及行为合理。基因测序技术能锁定个人病变基因,提前预防和治疗。
基因测序技术从发展历程上来看,已经经历了三代,其中二代测序技术为现阶段主流应用,普及度较高。
第一代DNA测序技术用的是1975年由桑格(Sanger)和考尔森(Coulson)开创的链终止法或者是1976-1977年由马克西姆(Maxam)和吉尔伯特(Gilbert)发明的化学法(链降解)。主要应用特点为成本高,通量低,严重影响了其真正大规模的应用。
第二代测序技术以Roche公司的454技术、illumina公司的Solexa,Hiseq技术和ABI公司的Solid技术为代表。第二代测序技术大大降低了测序成本的同时,还大幅提高了测序速度,并且保持了高准确性,以前完成一个人类基因组的测序需要3年时间,而使用二代测序技术则仅仅需要1周,但在序列读长方面比起第一代测序技术则要短很多。Illumina公司的Solexa和Hiseq是目前全球使用量最大的第二代测序机器,其技术核心原理相同,均采用边合成边测序的方法,它的测序过程主要分为以下4步,
(1)DNA待测文库构建:利用超声波把待测的DNA样本打断成小片段,目前除了组装之外和一些其他的特殊要求之外,主要是打断成200-500bp长的序列片段,并在这些小片段的两端添加上不同的接头,构建出单链DNA文库。
(2)Flowcell:Flowcell是用于吸附流动DNA片段的槽道,当文库建好后,这些文库中的DNA在通过flowcell的时候会随机附着在flowcell表面的channel上。每个Flowcell有8个channel,每个channel的表面都附有很多接头,这些接头能和建库过程中加在DNA片段两端的接头相互配对(这就是为什么flowcell能吸附建库后的DNA的原因),并能支持DNA在其表面进行桥式PCR的扩增。
(3)桥式PCR扩增与变性:桥式PCR以Flowcell表面所固定的接头为模板,进行桥形扩增。经过不断的扩增和变性循环,最终每个DNA片段都将在各自的位置上集中成束,每一个束都含有单个DNA模板的很多分拷贝,进行这一过程的目的在于实现将碱基的信号强度放大,以达到测序所需的信号要求。
(4)测序:测序方法采用边合成边测序的方法。向反应体系中同时添加DNA聚合酶、接头引物和带有碱基特异荧光标记的4种dNTP(如同Sanger测序法)。这些dNTP的3’-OH被化学方法所保护,因而每次只能添加一个dNTP。在dNTP被添加到合成链上后,所有未使用的游离dNTP和DNA聚合酶会被洗脱掉。接着,再加入激发荧光所需的缓冲液,用激光激发荧光信号,并有光学设备完成荧光信号的记录,最后利用计算机分析将光学信号转化为测序碱基。这样荧光信号记录完成后,再加入化学试剂淬灭荧光信号并去除dNTP 3’-OH保护基团,以便能进行下一轮的测序反应。Illumina的这种测序技术每次只添加一个dNTP的特点能够很好的地解决同聚物长度的准确测量问题,它的主要测序错误来源是碱基的替换,目前它的测序错误率在1%-1.5%之间,测序周期以人类基因组重测序为例,30x测序深度大约为1周。
第三代测序技术是指单分子测序技术。DNA测序时,不需要经过PCR扩增,实现了对每一条DNA分子的单独测序。第三代测序技术也叫从头测序技术,即单分子实时DNA测序。第三代测序技术的应用在基因组测序、甲基化研究、突变鉴定(SNP检测)这三个方面上。但由于第三代测序技术尚未完全成熟,因此应用规模较小。
上游基因测序仪仍以进口为主,国产逐步发力
基因测序上游主要包括基因测序仪,试剂及耗材产品研发及生产,基因检测仪器由于技术壁垒较高,且测序产品一般为封闭式,全球市场基本被Illumina等公司垄断,但国产自主研发的趋势已经形成,包括中科紫鑫、华大基因、华因康、安诺优达等公司逐步打破技术垄断,相继推出国产测序仪。随着国产技术不断提升,国产测序仪未来发展前景广阔。
下游主要为基因测序服务,信息解读是关键
基因测序服务相比于上游仪器,壁垒较低,国内从事相关服务的企业众多,竞争较为激烈,从竞争格局上来讲,华大基因、达安基因、贝瑞和康等公司市场占有率领先。从竞争要素来看,基因信息解读为关键,基因测序服务本质就是基因测序再加分析解读,测序仪一般可采取进口或者采购国产设备,只需资金投入即可,但是要转化为临床应用并提供相应的分析,其竞争力主要依赖于对于信息的解读。
从临床应用来看,生育健康和肿瘤诊断治疗是目前基因测序两大主要应用领域。作为精准医疗范畴相对成熟的技术,基因测序目前的应用范围较广,包括生育健康、遗传病检测、新药研发、肿瘤诊断与治理、心血管疾病及医学基础研究,其中以生育健康和肿瘤诊疗、新药研发和医学基础研究应用最多。无创产检(NIPT)是目前产业化程度较高的领域,此外肿瘤领域市场空间巨大、处于飞速发展期。
无创DNA产前检测技术(NIPT)仅需采取孕妇静脉血,利用新一代DNA测序技术对母体外周血浆中的游离DNA片段(包含胎儿游离DNA)进行测序,并将测序结果进行生物信息分析,可以从中得到胎儿的遗传信息,从而检测胎儿是否患三大染色体疾病。与传统侵入式检测方法相比,其优势在于灵敏度高,准确度高,安全性好。其中唐氏综合征产前诊断准确度可达99%以上。我国针对NIPT的政策经历了被CFDA全面叫停到开放试点再到基本全面放开。2016年10月27日,卫计委发布了《国家卫生计生委办公厅关于规范有序开展孕妇外周血胎儿游离DNA产前筛查与诊断工作的通知》,规定了有资质的医疗机构和第三方临检中心理论上都可以申请NIPT检测服务,极大地放开了NIPT的市场。2015年中国NIPT市场约为20亿元,NIPT技术在我国市场渗透率不足5%,未来空间可达百亿。从竞争格局上来讲,华大基因和贝瑞和康占据NIPT 90%以上的市场份额,基本形成了市场垄断。
分子诊断在肿瘤领域应用潜在市场空间很大,其在肿瘤早筛、治疗、监测等方面具有显著的应用价值。包括对肿瘤易感基因的检测,以及个体化用药方面作用显著,作为精准医疗的核心技术,成长空间极为广阔。
液体活检有望成为继无创产检后又一个突破口,肿瘤基因的液态活检,即是在人体的循环血液中检测ctDNA (死亡肿瘤细胞上脱落释放的小片段肿瘤基因)的技术。它通过体外无创抽血即可对全身的肿瘤信息进行检测,非常适合于癌症的早期诊断和精准医疗。传统的肿瘤检测方式存在许多局限,组织活检需要手术从肿瘤上取样切片,这给患者带来很大痛苦,也不能频繁进行。液体活检在肿瘤早诊、癌症监测、用药指导方面具有广阔的应用空间,潜在市场可达百亿。
目前液体活检存在的主要问题一方面是价格相对较高,还需进行更加强有力的成本控制;另一方面由于测试的内容是人体血液中的游离肿瘤DNA,而从病灶释放到血液中的DNA在不同的阶段和时间会有很大差异,且ctDNA的半衰期只有两个小时,所以即使同一个人在不同时间的DNA检出量也会有较大差异,因此检测灵敏性还有待进一步提升。
4.POCT发展动力强劲,血糖领域应用为主流,心血管前景极为广阔