长链非编码RNA SNHG6可作为肝细胞癌潜在生物标志物
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长链非编码RNA(lncRNA)的表达改变可能参与癌症过程。通过对数据库中不同lncRNA表达的系统分析,试图找到肝细胞癌标志物,对HCC患者进行早期诊断。
看下Results:
作者从 cBioPortal (http://www.cbioportal.org) 获取数据,检测其感兴趣的lncRNA,发现没有发生突变,但是在其中一个患者中发现67(67/189)个lncRNA的拷贝数发生了改变。Top6:其中CASC8、PCAT1、PVT1、CCAT1、FALEC、GAS5六种LncRNA基因拷贝数改变超过10%(Fig.1);
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373例HCC患者中,有60个lncRNAs表达模式发生了改变。原始数据来自cBioPortal,进行R分析(Fig.2);
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Top3:SNHG6、PVT1、GAS5是373个HCC样品中异常表达最高的lncRNA,分析由R统计软件完成,原始数据来自cBioPortal(Fig.3);
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选择了SNHG6、PVT1、GAS5进一步分析,因为其CNV(基因拷贝数变异)和RNA失调均高于其他lncRNA。
在189个lncRNA中,总体来看SNHG6的改变量最高,无论是在基因组水平还是转录水平。所以选择SNHG6作为主要对象。
在接下来的步骤中,称这些患者为“目标样本”。在该组中计算出,每对基因座不同遗传变异的共生情况(表1)。
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SNHG6、PVT1、GAS5在肿瘤和正常组织之间差异表达
与正常对照组相比:SNHG6、PVT1、GAS5在肝细胞癌中显著上调(Fig.4);
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此外,oncomine证实了这些lncRNA在癌组织和正常组织之间的差异性表达(表2)。
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肝细胞癌中,SNHG6过表达的病例,其生存期中位数降低至19.74个月,而其他病例则超过48.95个月(Fig.5a)。
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根据年龄对样本进行分组(G1-2和G3-4分别为绿色和红色条)。虽然PVT1和GAS5的价值并不显著,但lncRNA与HCC临床病理参数的相关性研究表明,三种基因(SNHG6、PVT1、GAS5)在高年龄HCC样本中表达量显著高于低年龄组样本(Fig.5 b);
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SNHG6、PVT1、GAS5与人类其他癌症进展的关系
对这三种LncRNA,在不同肿瘤中的表达进行评估。主要从两个层面评价:一,在病人中出现的频率;二,它们之间的相关性。与PVT1和GAS5比较,SNHG6在这两个层面均比较好。因此,作者认为SNHG6是肝细胞癌潜在的生物标志物。而PVT1和GAS5可作为其他癌症标志物,如子宫肉瘤(Fig.6)。
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