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中医药又一利好消息！7分+毕业神刊助力，中医药SCI将迎来大爆发！网药+分子对接+实验验证，思路简单易复现，冲就完了~

生信图书馆 · 公众号 · · 2024-09-12 19:00

正文

哈喽大家好，馆长来报道！近年来国家不是大力发展中医药嘛，馆长也必须积极响应号召！这不馆长在pubmed“觅食”时，惊讶的发现又一本7分+的期刊---《Comput Biol Med》，不仅对中医药持开放态度，而且大部分都是网药类文章，复现极为容易，2024年至今已发表22篇相关文献！并且该期刊年发文在1000+，专门面向生信分析收稿，实验时间紧张的宝子们可以去试试噢 ~

想必很多宝子都心动了吧？馆长还有更绝的，这就给宝子们推荐一篇保姆级模板，把饭喂到嘴边嘻嘻！这篇文章是四川师范大学团队发表的研究论文，主要以山奈酚潜在抗肝癌靶点和机制为主要研究方向，利用网络药理学、分子对接等方法，再结合体内外实验验证，干湿结合，逻辑清晰，成功拿捏7分+SCI！下面跟着馆长看一下亮点吧~

1. 本研究将网络药理学+分子对接+实验验证完美结合，为实验研究提供了一种新颖的研究框架，同时也有助于揭示更深层次的药理作用机制。

2. 本研究同时还通过体内外多种实验进行结果验证，极大的增强了研究结果的可靠性，有助于进一步的药物开发。

PS：这么简单的发文思路，相信聪明的宝子已经熟悉掌握了！馆长再悄悄告诉大家：随着中医药关注度的提升，网药+干湿结合的发文套路也深受审稿人喜欢！宝子们按此思路，换个研究方向，省时省力拿下SCI，岂不美哉！有兴趣的宝子快来滴滴馆长，我们一起来试试吧~

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题目：基于网络药理学、分子对接和实验验证的山奈酚潜在抗肝癌靶点和机制

杂志：Comput Biol Med

影响因子：IF =7.0

发表时间：2024年8月

研究背景

山奈酚是 Chenopodium ambrosioides 中的活性成分，具有对抗肝癌的药用功能。本研究旨在利用网络药理学和分子对接确定山奈酚抗肝癌的潜在靶点和通路，为山奈酚在肝癌治疗中的临床应用提供了实验证据。

研究思路与数据来源

通过搜索GeneCards等数据库获得山奈酚治疗靶点和肝癌特异性基因。构建PPI网络以筛选枢纽靶点。进行GO、KEGG通路和MCODE聚类分析，以确定特定生物受试者可能富集的基因。采用分子对接和分子动力学模拟来确定山奈酚与枢纽靶标的对接姿势、电位和稳定性。随后通过体外和体内实验验证山奈酚的潜在抗肝癌机制。

图1. 研究的流程图

研究结果

1. 筛选山奈酚和肝癌的重叠靶点

根据研究结果显示，共有50个基因与山奈酚治疗靶标重叠（图2A）。

图2. 山奈酚治疗肝癌网络药理学的可视化分析

2. 山奈铁素-肝癌靶点的PPI网络分析

通过STRING数据库构建的50个重叠目标的PPI网络包含68个节点表示目标和529条边。结果显示靶点TP53、TNF-α、BCL2L1和SIRT1呈大形状，深红色位于最内圈，表现出比其他靶点更高的相互作用程度。

图3. 50个重叠靶基因与前10个最显著富集的KEGG通路相互作用的Sankey和点图

3. GO和KEGG通路的富集分析

GO结果显示前10个生物过程项主要涉及蛋白质磷酸化、细胞迁移、细胞群增殖和细胞死亡等过程。KEGG结果显示，PI3K-Akt 通路涉及的靶基因数量相对较多，表明该通路富含最多的基因。NF-kappa B通路成为最显著富集的通路，涉及BCL2L1等三个枢纽靶基因。细胞凋亡通路是第七大最显著富集的通路，涉及TP53等3个枢纽靶基因。

4. 山奈铁素-肝癌靶点及其生物学功能的模块分析

作者揭示了PPI网络中三个独立的聚类模块不同的生物学功能。模块1由22个目标和146个交互组成，模块化得分为13.91。模块2由7个目标和18个交互组成，模块化得分为6.00。模块3由10个目标和22个交互组成，模块化得分为4.89。模块得分反映了PPI网络中模块的互连水平，因此模块化得分最高的模块1被认为是最重要的功能模块。

图4. 靶点及其生物学功能的MCODE模块分析

ClueGO富集分析结果显示，在最重要的功能模块1中，靶标的生物过程主要与细胞凋亡有关，分子功能主要与蛋白质活性的调节有关，细胞成分主要与Bcl-2家族蛋白复合物相关。对于模块2，生物过程、分子功能和细胞成分的靶标均与细胞周期有关。对于模块3，生物过程、分子功能和细胞成分主要与细胞迁移有关。

图5. MCODE模块细胞成分分析

5. 山奈酚与其枢纽靶点的分子对接和分子动力学模拟

网络药理学结果显示，枢纽靶点TP53和SIRT1包含在最重要的功能模块中，主要与Bcl-2家族蛋白复合物的细胞成分和细胞凋亡的生物学过程有关。分子对接和分子动力学模拟结果显示，hub靶点TP53和SIRT1对山奈铁蛋白具有更高结合亲和力和稳定性。据推测枢纽靶点TP53和SIRT1可能在细胞凋亡途径中发挥调节作用，从而有助于山奈铁素对抗肝癌的作用机制。

图6. 分子对接和分子动力学模拟

6. 体内外实验验证

6.1 细胞凋亡有助于山奈酚的体内抗肝癌作用

将山奈酚灌胃于携带SMMC-7721细胞异种移植肿瘤的小鼠持续30天，检查山奈酚诱导的肿瘤体积和重量的变化。与对照相比，山奈酚素导致肿瘤体积和重量显着降低，而乙醇提取物对肿瘤生长没有类似的显着影响。这也表明山奈酚诱导的细胞凋亡有助于山奈酚对小鼠肿瘤生长的抑制作用。

图7. 动物体内实验验证结果

6.2 细胞凋亡有助于山奈酚的体外抗肝癌作用

结果显示，与对照相比，山奈酚素显著抑制 SMMC-7721细胞活力。山奈酚对SMMC-7721细胞活力的抑制作用与SIRT1激活剂白藜芦醇相当。这表明山奈酚诱导的细胞凋亡有助于其对 SMMC-7721 细胞活力的抑制作用。

图8. 体外实验验证

7.3 Hut靶标SIRT1激活的p21/bcl-2/caspase 3细胞凋亡通路有助于SMMC-7721细胞山奈铁素的抑制机制

Western blot结果显示与对照相比，山奈酚素显着增加SIRT1和p21的蛋白水平，此外，山奈酚导致Bcl-2蛋白水平显着降低。山奈酚素还能显着增加 SMMC-7721 细胞中Caspase 9和Caspase 3的mRNA水平，这些发现表明Caspase 3可能参与Bcl-2介导的细胞凋亡，这有助于山奈素在体外对SMMC-7721细胞活力的抑制机制。

图9. 细胞凋亡通路中SIRT1、p53及其下游基因mRNA水平的qRT-PCR定量

文章总结

本研究采用网络药理学、分子对接和分子动力学模拟等方法，确定山奈酚抗肝癌作用中涉及的可能靶点、功能过程和信号通路，同时也强调山奈酚是一种很有前途的肝癌药物。读完此篇，宝子们哪里还需要卷实验啊，换个思路，躺平即可拿SCI，简直不要太爽！各位宝子抓紧行动起来吧，如有技术或者思路困惑可随时滴滴馆长~

馆长有话说

馆长会持续为大家带来最新生信思路，也可以提供特色数据库构建、免费思路评估、付费生信分析和方案设计以及实验项目实施等服务，对数据库构建和生信分析感兴趣的朋友可以咨询馆长哦！

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