做植物研究，有哪些数据库可以用（上）？

今天为做植物研究的同学推荐一些常用的数据库，此为上篇。

1. 棉花——CottonFGD：https://cottonfgd.org/

这个数据库围绕棉花基因组和转录组的结果展开，包括了8个模块：

可以根据基因组位置和基因名检索，也可以进行blast，还可以分析多个基因表达和功能注释，绘制Venn图：

2. 水稻——Rice Expression Database (RED)：http://expression.ic4r.org/

水稻中基因表达的数据库，可浏览，比如根据热图浏览已经注释过的基因表达结果：

以及某个基因在各组织的表达情况：

基因的结构和序列：

可进行多个基因的检索：

我们可以看到每个基因和转录本的表达、功能等等，分别是表达的折线图和热图：

3. 拟南芥——HRGRN：http://plantgrn.noble.org/hrgrn/

搜索基因信息：

可以看到每个基因周围的基因，包括了蛋白、化合物、转录因子、小RNA等信息：

还可以看到基因之间的可能调控关系：

比如ARR15与AB165等基因互作，而AB165与NPQ4互作，与LHB1B1等存在共表达模式。

另外，还可以搜索基因与通路、通路与通路的关系：

比如乙烯与生长素在3步以内的联系：

最后是根据基因构建network：

4. 植物ceRNA——PceRBase：http://bis.zju.edu.cn/pcernadb/index.jsp

收录了26种植物中可能存在ceRNA调控关系的信息：

可以分别根据基因名和miRNA名进行搜索：

结果：

可以选择基因进行展示之间的关系：

也可以根据miRNA或者转录本的序列进行预测：

另外，各个物种的信息还可以下载：

miRNA与靶基因的关系：

基因归属于的GO关系：

转录本与ceRNA以及miRNA的结果：

有了这些结果我们就可以用cytoscape自己展示了：

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