今天讲的这篇文章，让我看到了tsRNA研究的一点新的东西，虽然和之前的miRNA研究没多大区别。这篇文章就是中山大学和中南大学合作发表在11.4分的J Exp Clin Cancer Res.上的文章，这篇文章的一作里还有一个还是硕士研究生。这篇文章讲的内容是tsRNA和5FU的化疗抵抗，并做了一种纳米治疗的方案：
首先要了解一下啥是tsRNA，这个夏老师找了一篇浙大发的tsRNA的综述，其实就是tRNA被截段后产生的，tRNA是转运RNA，被截段后产生的tsRNA也会在细胞内产生各种功能，比如影响转录，影响翻译或者表观调控等等：
他们首先对CRC（结直肠癌）和癌旁样本进行了二代测序，分析了其中tsRNA的表达情况，结果发现有几个tsRNA的表达显著上调（下面的火山图、热图和小提琴图，其实就显示了表达的差异，以及对于tsRNA的验证，这些图应该都能看懂了吧，在《夏老师带你读文献》里也都介绍过），其中tsRNA-GlyGCC的表达差异比较明显。化疗耐药的CRC样本中tsRNA-GlyGCC明显上调，tsRNA-GlyGCC高表达也与肿瘤转移呈正相关：
确定了相关性，那么就要验证tsRNA-GlyGCC的功能，他首先进行了过表达和抑制tsRNA-GlyGCC的验证，结果发现过表达tsRNA后，能增强肿瘤细胞的增殖。而使用Inhibtor抑制tsRNA后，肿瘤的增殖、成瘤等都明显被抑制，同时会增加BAX的表达降低BCL2的表达（其实就是凋亡信号通路中关键的两个蛋白，BCL2抑制凋亡，BAX则是增强凋亡，不清楚的话，可以去看看《信号通路是什么鬼？》系列的凋亡信号通路复习下），也就是说Inhibtor抑制了tsRNA后，能有效促进肿瘤细胞凋亡：
而在抑制tsRNA后，使用化疗药物5FU，可以提升5FU对于肿瘤的抑制作用。也就是说，抑制了tsRNA-GlyGCC，可以提高肿瘤对于5FU的敏感性（这个也就是柯霍氏法则的验证，之前通过测序等验证假设tsRNA能影响化疗的耐药性，而在这里则是通过tsRNA的缺失来明确其对于化疗耐药性的功能，不清楚柯霍氏法则的话，可以看看《科研的推理和逻辑——从试验台到咖啡桌》、《轻松的文献导读》和《列文虎克读文献》）。其实这里也是一组动物实验的验证，通过这一系列实验，确定了tsRNA-GlyGCC的体内外功能：
那么接下去就是分析tsRNA的机制了，通过对于tsRNA-GlyGCC靶基因的筛选，他们确定SPIB是该tsRNA的靶基因，因为tsRNA能结合SPIB的3'UTR。并通过Luciferase实验确定，tsRNA会阻碍SPIB翻译，但不影响突变体翻译：
那么SPIB的翻译被影响后，会造成什么样的结果呢？SPIB是个转录因子，于是他们接着查找了SPIB的靶基因，结果发现SPIB会影响JAK1及STAT6的表达。也就是说，他们假设SPIB能负调控JAK-STAT6信号通路（JAK-STAT信号通路其实在肿瘤的研究中，可以说是相当常见了，JAK激活STAT的磷酸化，促进了STAT二聚并入核激活下游靶基因，不熟悉的话，可以去看看《信号通路是什么鬼？》系列），通过ChIP及Luciferase验证，以及过表达SPIB后的JAK1及STAT6表达验证，确定了SPIB对于STAT6的转录调控：
接着他们又分析了tsRNA的上游表现，由于tsRNA会产生m7G的甲基化修饰，于是他们首先分析tsRNA-GlyGCC是否存在这样的m7G修饰，并且找到了可能的甲基化转移酶METTL1。然后通过敲减METTL1分析tsRNA-GlyGCC的表达情况，以此说明tsRNA-GlyGCC的上游调控机制涉及METTL1对其进行的m7G修饰（其实这里直接敲减了METTL1，就已经犯了肯定后件的逻辑谬误，由于不能确定METTL1是否会造成什么样其他的不可知影响，所以这样的验证可以说是无效的，应该是对tsRNA的修饰位点进行突变，然后再查看表型，不清楚肯定后件逻辑谬误的话，可以去看看《科研的推理和逻辑——从试验台到咖啡桌》、《列文虎克读文献》和《信号通路是什么鬼？》系列）：
最后他们使用了PAE（这个应该是一种纳米材料）包裹了5FU和tsRNA的Inhibtor，来对小鼠模型进行治疗，结果发现可以提高对CRC的体内疗效，这样的临床应用其实就是不错的了。毕竟抑制tsRNA和5FU的协同作用是明确的，这里应用到临床也是水到渠成的：
这篇文章最后就形成了这样的示意图，PAE包裹的化疗药物5FU和tsRNA Inhibtor，进入肿瘤细胞后，tsRNA功能被抑制，促进了SPIB表达，并抑制了JAK-STAT信号通路，协同5FU起到了杀死肿瘤的作用：
这篇文章让我看到了miRNA研究的一些新东西，就比如tsRNA，当然tsRNA可能还有更多的途径可以去研究，比如翻译，比如诱导表观修饰等等。同时这篇文章把研究的结果应用到了临床的给药上，其实也是不错的。但在机制研究上，这篇文章还略显粗糙，就是光从敲减或者过表达来进行分析，其实并不能说明机制，反而扩大了验证的问题范围，最后很难解释（这里也就是前后的机制验证，包括tsRNA对SPIB、SPIB对STAT6,、METTL1对tsRNA，其实都犯了肯定后件的逻辑谬误，不清楚肯定后件逻辑谬误的话，可以看看《科研的推理和逻辑——从试验台到咖啡桌》、《列文虎克读文献》和《信号通路是什么鬼？》系列）。但对于最初的tsRNA的抑制所产生的抑制肿瘤的表型，并没有多大问题，所以使得最后的临床应用得以实现。总的来说这篇文章创新性还是不错的，但机制方面还可以更深入进行挖掘。好了，今天就先策到这里吧，有兴趣的话，可以看看原文，祝你们心明眼亮。
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