以
外泌体（或者胞外囊泡）及其成分（如
RNA
、脂质和蛋白）
、
线粒体转移（比如隧道纳米管介导的）
、
配体
-
受体（比如膜配体、分泌性配体以及膜受体）
为代表的“细胞
-
细胞间通讯（
Cell-Cell Communication
，
CCC
）”是很多研究团队关注的主题，也是这几年国自然项目和高分文章经常关注的领域。
今天来盘点这三种作用方式的研究方法。
外泌体是细胞分泌的纳米级囊泡，携带蛋白质、
RNA
等生物分子，通过与受体细胞融合或被内吞，传递信号调节其功能。
研究方法
：
1
）外泌体分离、鉴定和表征方法
外泌体分离常用差速超速离心、密度梯度超速离心、过滤、超滤等传统方法，也可用微珠、微流控芯片等新技术。鉴定时需检测外泌体的蛋白标志物，如
CD9
、
CD63
、
CD81
等，常用
Western blot
。表征包括形态和粒径分布，可使用透射电子显微镜（
TEM
）、纳米颗粒跟踪分析（
NTA
）等。
2
）外泌体示踪细胞间传递方法
示踪方法包括荧光染料标记，如
PKH26
、
PKH67
等，可直接与外泌体脂质双层膜结合；核酸标记，将外泌体核酸标记为荧光或放射性探针；蛋白质标记，用
GFP
等标记外泌体表面蛋白；还可利用磁性纳米颗粒标记，通过磁共振成像追踪。
3
）外泌体成分的组学分析
外泌体组学分析主要包括蛋白质组学、转录组学和脂质组学。蛋白质组学通过质谱技术分析外泌体中的蛋白质组成；转录组学利用高通量测序技术研究外泌体中的
RNA
种类和表达水平；脂质组学采用质谱技术分析外泌体中的脂质组成。
4
）外泌体与受体细胞共培养方法
将提取纯化的外泌体加入受体细胞培养液中，通过观察受体细胞的反应和表型来研究外泌体对受体细胞的影响。此外，也可标记外泌体后进行共培养，实时监测其在受体细胞中的动态变化。
线粒体可通过隧道纳米管（
TNTs
）、细胞外囊泡或直接细胞外释放等方式从一个细胞转移到另一个细胞，支持受体细胞的代谢需求。
线粒体分离通常采用差速离心法，先低速离心去除细胞碎片和核，再高速离心沉淀线粒体。鉴定方法包括透射电子显微镜（
TEM
）观察其双层膜结构，以及通过特异性抗体（如抗
TOM20
抗体）进行
Western blot
检测。
将分离的线粒体加入受体细胞培养液中，通过荧光显微镜或流式细胞术观察线粒体是否被摄取。也可利用化学诱导供体细胞线粒体耗竭后与受体细胞共培养，比较处理前后受体细胞的差异。
使用荧光染料（如
MitoTracker
）或荧光蛋白（如
GFP
）标记供体细胞的线粒体，然后与受体细胞共培养。通过荧光显微镜或共聚焦显微镜观察线粒体在受体细胞中的分布，从而示踪线粒体转移。
获取共培养的癌细胞和
T
细胞的转录组数据后，应用
MERCI
算法识别线粒体突变（
mtSNVs
）并估计癌细胞中外源线粒体的相对丰度。通过比较突变频率，确定
T
细胞特有的突变，将细胞分类为潜在的线粒体供体和受体。并通过计算
DNA
和
RNA
排名分数，预测线粒体的受体细胞和供体细胞。
配体与受体结合后，诱导受体构象变化，激活下游信号通路，调节细胞功能。
使用针对受体特定区域的阻断性抗体，该抗体可特异性结合受体，阻止配体与受体结合，从而抑制受体的活化。通过检测下游信号通路的激活情况（如蛋白磷酸化水平），评估阻断效果，用于研究受体活化的功能和信号传导机制。
利用中和性抗体与配体特异性结合，形成抗体
-
配体复合物，从而降低游离配体的浓度。通过检测细胞对配体的反应（如细胞增殖、细胞因子分泌等），评估中和效果，用于研究配体在生理过程中的作用和调控机制。
