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转录组学专题研讨班通知
近年来，随着高通量测序技术的迅猛发展，转录组研究从以前的微阵列技术，SAGE及MPSS技术的低通量模式切换至RNA-seq的高通量模式。转录组学作为一个伴随高通量测序技术率先发展起来的技术开始在生物学前沿研究中得到了广泛的应用。RNA-seq对于真核生物的基因表达调控，癌症等疾病的发生机制和新治疗方案确定，遗传育种等众多方面的研究具有不可估量的潜力。为了辅助广大科研工作者掌握转录组高通量测序技术原理、实验设计以及后期数据分析技能，北京市计算中心生物计算事业部举办“转录组学”培训研讨班。
主办单位：中国生物工程学会计算生物学与生物信息学专委会
承办单位：北京市计算中心
协办单位：云计算关键技术与应用北京市重点实验室
中国医药生物技术学会生物医学信息技术分会
北京市基因测序与功能分析工程技术研究中心
中国生物工程杂志
北京唐唐天下生物医学信息科技有限公司
北京微生太科技有限公司
培训地点：北京海淀区丰贤中路7号3号楼
培训时间： 2017.11.1-3 上午：9:30-11:30下午：13:30-17:00
日期 | 授课题目 | 授课内容 |
第一天 | 转录组学前沿概述 | 1. 1、转录组技术发展前沿动态 2. 2、转录组应用案例及应用热点 |
转录组学实验和分析基础 | 1. 1、转录组学研究的实验技术 2. 2、转录组技术流程及技术细节（重点讲解） 3. 3、常用的转录组测序建库技术 |
转录组学中lncRNA的研究 | 1. 1、lncRNA目前的定义、应用和发展 2. 2、lncRNA的生物学过程（重点讲解） 3. 3、lncRNA的测序（重点讲解） 4. 4、lncRNA测序数据分析案例展示（重点讲解） |
第二天 | Linux基础操作 | 1. 1、Linux基础操作 |
De novo转录组数据分析上机实践 | 1. 1、原始测序数据的检测和预处理（重点讲解） 2. 2、使用Trinity拼接转录组数据（重点讲解） 3. 3、原始数据与拼接转录本的比对（重点讲解） 4. 4、表达量统计和差异表达分析（重点讲解） 5. 5、使用blast对转录本进行功能注释（重点讲解） 6. 6、寻找转录本的ORF，翻译蛋白质序列 |
Reference based转录组数据分析上机实践（一） | 1. 1、转录组数据准备和软件介绍 2. 2、使用Tophat进行转录组数据的比对（重点讲解） 3. 3、用IGV查看比对结果 4. 4、使用cufflinks进行表达量估计和分析（重点讲解） 5. 5、使用samtools
检测转录组数据中的突变（重点讲解） 6. 6、利用DAVID数据库进行差异表达基因的功能分析（重点讲解） |
第三天 | Reference based转录组数据分析上机实践（二） | 1. 7、利用tophat和cufflinks组合，预测转录本 2. 8、使用CNCI预测新的lncRNA转录本（重点讲解） 3. 9、使用LncTar软件预测lncRNA调控的靶基因（重点讲解） |
microRNA测序与数据分析（包含上机实践） | 1. 1、microRNA目前的应用、发展历史以及microRNA的定义 2. 2、microRNA的生物学过程（重点讲解） 3. 3、microRNA的测序（重点讲解） 4. 4、microRNA测序数据分析软件（重点讲解） 5. 5、microRNA测序数据预处理（重点讲解） 6. 6、microRNA的预测（重点讲解） 7. 7、microRNA靶标基因预测，结果提取、统计（重点讲解） |
(课程内容以实际授课为准)
注：参加培训班的学员投稿《中国生物工程杂志》，通过审稿的论文将会优先发表。
【报名费用】 培训费：3800元/人（含听课费、资料费、上机费，请自带笔记本电脑以备上机实践使用）。材料：《高通量测序与高性能计算理论和实践》北京科学技术出版社。
【报名优惠政策】
1、10.20日前报名缴费的学员每人可优惠300元，
2、3人以上团体报名每人可减少300元；
3、4+1团报，可免费赠送一个名额；
4、同时报2个及以上培训班的可额外优惠200元；
5、上面4种优惠政策不能同时享受，只能享受其中一种。
老学员参加及推荐学员参加均可额外优惠200元。
培训以收到学员培训费为成功报名，培训座位按收到费用先后顺序安排。
【付费方式】现金、支票、银行转账、银行汇款、现场刷卡
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宏基因组分析专题研讨班
计算中心生物部一直以来都以最前沿的课程、理论与实践相结合和高品质的服务为广大科研工作者提供全面的生物信息课程。
为了解决科研工作者在宏基因组样品制备、数据分析、功能基因挖掘等的困扰，生物部特推出《宏基因组分析专题研讨班》。专业的讲课老师团队与您一起交流，解决您的困扰、探讨科研奥秘、拓宽科研思路、挖掘科学价值，欢迎您报名参加！
主办单位：中国生物工程学会计算生物学与生物信息学专委会
承办单位：北京市计算中心
协办单位：云计算关键技术与应用北京市重点实验室
中国医药生物技术学会生物医学信息技术分会
北京市基因测序与功能分析工程技术研究中心
中国生物工程杂志
北京唐唐天下生物医学信息科技有限公司
举办地：北京，北京市海淀区丰贤中路7号北科产业3号楼
培训时间：2017.11.4-5 9:30-12:00 13:30-17:00
日期 | 授课题目 | 授课内容 |
第一天 | 宏基因学研究的发展和挑战 | 1、宏基因组研究的发展历史
2、典型的宏基因组研究及应用
3、两种宏基因组研究的策略
4、宏基因组数据分析中的挑战
5、数据分析过程中的编程简介 |
QIIME在宏基因组分析中的应用（上机操作） | 1．linux常用命令使用和上机操作
2、单样品物种多样性分析
A）序列聚类OTUs（Operational Taxonomic Units）
B）测序深度判定（Rarefaction Curve）
C）物种多样性及丰度分析（Relative Abundances）
3、多样品物种多样性分析，包括以下内容：
A
）多样品OTUs比较（OUT Heatmap、Venn图）
B）多样品相似度比对（UPGMA 聚类分析）
C）多样品群落构成比较分析（柱状图）
D）Weighted PCA（Principal Component Analysis）分析
E）Unweighted PCA分析
F）组间差异显著性分析 |
第二天上午 | 基于shotgun测序的宏基因组数据分析技术 | 一、WGS测序分析的一般流程
1 流程概览
2 文库构建和测序方式选择
3 质量控制和污染序列去除
4 序列整合和分选
5 NR-BLAST和MEGAN分析
6 序列拼接和基因预测注释
7 循环处理
二、经常使用的数据资源和工具（重点）
1 NR/MG-RAST和reference
2 RAPSearch和alignment
3 MEGAN和classification
4 SOAP-denovo和assembly
5 BWA/inGAP和mapping
三、数据统计与结果展示（重点）
1 测序量和拼接效率
2 从比对文件中提取信息
3 物种/功能分类和组成
4 群落结构多样性
5 聚类和相关性
6 其它……
四、WGS测序分析的典型案例
1 人类微生物组计划-HMP
2 地球微生物组计划-EMP
3 反刍动物胃宏基因组
4 环境病毒组和噬菌体
5 从相关案例看WGS的优势
五、一些工具的操作演示（上机） |
第二天下午 | 宏基因组研究的难点：宏基因组拼接\非拼接策略的数据分析 | 1.宏基因组拼接必要性
2.基因组拼接组装算法原理和流程
3. 宏基因组拼接的特点及难点
4. 基于非拼接的宏基因组研究策略
5.上机操作，演示SOAPdenovo2, MetaIDBA， SPAdes等软件的使用 |
【注】以上课程信息实际上课为准
【收费标准】注册费2800元/人，包括学费、材料费、上机费。培训期间可免费提供午餐。材料：《高通量测序与高性能计算理论和实践》北京科学技术出版社。附近最近酒店为：如家酒店（永丰店），可自行网上预定，住宿自理。
【报名优惠政策】
1、10.20日前报名并缴费的学员每人可优惠200元；
2、3人以上团体报名每人可减少200元；
3、4+1团报，可免费赠送一个名额；
4、同时报2个以上培训班的可额外优惠200元；
5、上面4种优惠政策不能同时享受，只能享受其中一种。
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“实用生物信息学”研讨班通知
如您所知，近年来，以基因组科学为代表的研究工作和技术平台先后获得各项资助，如国家863计划、973计划、中国科学院知识创新工程、国家重大攻关项目、自然科学基金，等。为了辅助广大科研工作者掌握高通量测序技术原理、实验设计以及后期数据分析技能，北京市计算中心生物计算事业部与军事医学科学院微生物流行病研究所生物信息学研究室联合举办“实用生物信息学”培训研习班。
主办单位： 中国生物工程学会计算生物学与生物信息学专委会
承办单位：北京市计算中心
协办单位：云计算关键技术与应用北京市重点实验室
医药生物技术学会生物医学信息技术分会
北京市基因测序与功能分析工程技术研究中心
中国生物工程杂志
北京唐唐天下生物医学信息科技有限公司
军事医学科学院微生物流行病研究所生物信息学研究室
培训地点：北京海淀区丰贤中路7号3号楼，北京市计算中心三层会议室
本次课程时间：2017.11.6-10 上午：9:30-12:00下午：13:00-16:30
日期
| 授课题目 | 授课内容 |
第一天 | 生物信息学导论 | 1．生物信息学发展简史（重点讲解）
2
．生物信息学主要研究领域（重点讲解）
3．生物信息学软件和工具
4．生物信息学重要会议 |
生物信息学基础（上机操作） | 1、linux基础
掌握Linux系统下的常用命令(重点)
掌握linux环境下软件的安装使用
了解shell脚本的编写
2、perl基础
介绍Perl 的基本元素
Perl在生物信息中应用示例(DNA复制、DNA转录、RNA翻译) |
第二天 | 二代测序技术原理及基因组拼接 | 1、介绍目前主流二代测序仪的测序原理
2、主要操作流程及特点
3、序列拼接的技术方法
4、常用软件及全基因组个性化组装的技巧 |
基因组拼接组装（以细菌/病毒为例）（上机操作） | 1、全基因组组装的流程介绍
2、原始测序数据的预处理
3、分别介绍Velvet和SOAPdenovo的使用，并以一株细菌的测序数据为例进行组装
4、介绍Newbler的是使用，并以一个IonTorrent测序的噬菌体数据为例进行组装
5、以细菌的数据为例,介绍填补gap的方法，包括延伸法，局部拼接法 |
第三天 | 基因组重测序与数据分析 | 1、讲解基因组重测序的概念、目的与应用
2、结合实例讲解其原理、类据类型与格式、操作流程、软件等相关知识 |
基因组重测序数据分析实例（上机操作） | 1、对二代测序数据的解读
2、数据质量控制及数据过滤
3、使用BWA和Samtools进行数据比对并对比对结果进行可视化（重点讲解）
4、寻找SNP和Indel并进行注释（重点讲解）
5、寻找结构变异并对变异进行注释（重点讲解） |
第四天 | 转录组测序与数据分析 | 1、转录组基本概况和技术发展简介
2、转录组技术流程及技术细节（重点讲解）
3、转录组应用案例 |
转录组数据分析实例（上机操作） | 1、转录组数据准备和软件介绍及安装
2、转录组数据的比对（重点讲解）
3、表达量估计和分析（重点讲解）
4、后续功能分析简介 |
第五天 | microRNA测序与数据分析 | 1、microRNA目前的应用、发展历史以及microRNA的定义
2、microRNA的生物学过程（重点讲解）
3、microRNA的测序（重点讲解）
4、microRNA测序数据分析软件（重点讲解）
5、microRNA目前的挑战以及将来的研究前景
6、microRNA测序数据分析案例展示（重点讲解）
7、近期文献 |
microRNA数据分析实例（上机操作） | 1、microRNA测序数据预处理（重点讲解）
2、测序数据长度分布计算
3、microRNA的预测（重点讲解）
4、microRNA碱基偏好性计算
5、microRNA靶标基因预测，结果提取、统计（重点讲解） |
蛋白结构与互作分析 | PyMol,Cytoscape |
(课程内容以实际授课为准)
授课教师：来自计算中心、军科院，多个海归博士，均在生物信息学领域有丰富的工作经验。
实际实用：理论讲授和上机实习搭配，结合具体案例。
精致小班：每班少于35人，可根据学员课前提出的工作需求调整课程内容。
VIP待遇：培训后，仍可免费来我中心与生物信息专家一对一辅导。
效果保障：至今已经成功举办多次生物信息分析专题培训，累计百余人次，广受学员好评。
【报名费用】
报名种类 | 优惠对象 | 注册费 |
A | 在校学生（需学生证） | 5500元 |
B | 工作人员 | 6000元 |
注册费含听课费、材料费、上机费和午餐。请自带笔记本电脑用以上机实习。 材料：《高通量测序与高性能计算理论和实践》北京科学技术出版社。 |
【
报名优惠政策】
1、10月20日前报名缴费优惠500元。
2、3人以上团体报名每人可减少400元；
3、4+1团报，可免费赠送一个名额；
4、上面3种优惠政策不能同时享受，只能享受其中一种。
老学员参加及推荐学员参加均可额外优惠200元。
培训以收到学员培训费为成功报名，培训座位按收到费用先后顺序安排。
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生物信息学技术应用讲习班
为推广生物信息学技术在分子生物学研究和开发中的应用，北京市计算中心生物计算事业部举办《生物信息学技术应用》讲习班，欢迎全国生命科学、基础医学、农林科学等领域大专院校、科研机构、公司企业从事分子生物学、生物化学、遗传学、基因组学等研究、开发和教学的第一线研发人员和青年教师、博士后和高年级研究生参加。欢迎您报名参加！
主办单位：中国生物工程学会计算生物学与生物信息学专委会
承办单位：北京市计算中心
协办单位：云计算关键技术与应用北京市重点实验室
中国医药生物技术学会生物医学信息技术分会
北京市基因测序与功能分析工程技术研究中心
中国生物工程杂志
北京唐唐天下生物医学信息科技有限公司
举办地：北京市海淀区丰贤中路7号北科产业3号楼
培训时间：2017年11月11日-13日（报名中）
培训内容及安排：9:10-12:10,13:30-17:30
日期
| 时间 | 课程名称 | 课程内容 |
第1天 | 9:10~10:20 | 生物信息学导论与前沿 | 1、生物信息背景与研究进展；
2、新一测序原理与技术前沿； |
10:20~12:00 | 生物信息学数据库及公共资源介绍 | 1、生物信息学数据库；
2、公共生物信息资源与应用 |
13:30~15:30 | 生物信息学基础上机 | 1、Linux系统操作与基本上机命令；
2、软件安装调试；
3、Blast序列检索（在线+本地）； |
15:30~17:30 | 实用生物信息学分析与软件介绍 | 1、ClustalW/X序列比对；
2、Bioedit操作序列；
3、Mega序列分析与进化分析；
4、序列比对与进化树的构建 |
第2天 | 9:30~12:10 | 新一代测序技术应用 | 1、高通量测序技术应用与医学生物信息学； |
2、基因组重测序理论及实例； |
13:30~17:30 | 测序数据分析方法与技术 | 1、二代测序数据的解读；
2、数据质量控制及数据过滤；
3、重测序数据分析与实践； |
4、基因本体数据及GO注释；
5、生物学通路KEGG注释方法与实现 |
第3天 | 9:30~12:10 | 生物信息学研究方法与实现策略 | 1、测序技术新方法与策略； |
2、全基因组关联分析（GWAS）研究简介与实现方法； |
13:30~16:00 | 生物信息学论文绘图及发表要求 | 1、科技论文绘图基础知识；
2、论文绘图方法；
3、实用绘图与实现方法及软件应用；
4、科技论文图表发表要求与注意事项； |
16:00~17:30 | 自主练习与交流讨论 |
（此表仅供参考，授课内容以实际授课为准）
注：参加培训班的学员投稿《中国生物工程杂志》，通过审稿的论文将会优先发表。
【收费标准】
注册费：3800元/人，包括学费、材料费、午餐费等。请自带笔记本电脑。材料：《高通量测序与高性能计算理论和实践》北京科学技术出版社。
【报名优惠政策】
1、10月20日前报名并缴费，可享受减免300元优惠。
2、3人以上团体报名每人可减少300元；
3、4+1团报，可免费赠送一个名额；
4
、上面3种优惠政策不能同时享受，只能享受其中一种。
老学员参加及推荐学员参加均可额外优惠200元。
培训以收到学员培训费为成功报名，培训座位按收到费用先后顺序安排。
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数据分析与R语言制图专题研讨班
为满足广大科研工作者在文章发表中遇到的图表处理的苦恼，让您真正了解R、使用R，给您的文章添色添彩，北京市计算中心生物计算事业部举办的《数据分析与R语言制图专题》研讨班，从基础入手结合实战完成您的高级制图需求。欢迎欢迎全国生命科学、基础医学、生态、农林科学等领域大专院校、科研机构、公司企业从事生物、医学等研究、开发和教学的第一线科研人员报名参加！
主办单位： 中国生物工程学会计算生物学与生物信息学专委会
承办单位：北京市计算中心
协办单位：云计算关键技术与应用北京市重点实验室
中国医药生物技术学会生物医学信息技术分会
北京市基因测序与功能分析工程技术研究中心
中国生物工程杂志
北京唐唐天下生物医学信息科技有限公司
举办地：北京，北京市海淀区丰贤中路7号北科产业3号楼
培训时间：2017年11月14日-17日（报名中）
上午9:30-12:00 下午13:30-16:30
日期
| 等级 | 授课题目 | 授课内容 |
第一天 | 基础 | R语言基础知识 | · R语言概述及特点 · R语言软件安装和功能介绍 · R语言包的安装和帮助文档 |
R语言的编程 | · 介绍R语言中常用的数据结构（包括向量，数组，矩阵，列表，数据框等）的介绍和操作方法； · R语言中数据的导入导出 · R语言编程中常用的控制语句； · R语言中功能模块（函数）的编写和使用方法。 |
第二天 | 实战 | R绘图基础 | · R绘图的基本概念和模式 · R语言中常用绘图函数和绘图参数的介绍 · 使用专门的绘图包进行绘图 |
ggplot2的使用 | · ggplot2软件包概述 · ggplot2绘制简单图形 · ggplot2绘制复杂图形，并进行参数调整 |
第三天 | R在统计学中的应用 | · 使用R做统计分析，假设检验，包括常用的参数和非参数检验； · 使用线性模型进行回归分析； · 使用R做方差分析； · 使用R做主成分分析和聚类分析等 · （以生物、医学和生态相关内容为例） |
第四天 | 高级 | R在生物信息学分析中的应用 | · 使用R语言分析转录组测序的read count数据，进行差异表达分析； · 使用R进行基因的GO富集分析和Pathway分析等。 |
课堂答疑 | · 具体问题讨论和现场答疑，可以结合学员自身数据和分析需求，设计和编写R语言脚本 |
注：参加培训班的学员投稿《中国生物工程杂志》，通过审稿的论文将会优先发表。
【收费标准】注册费：4300元/人，包括学费、资料费、上机费、午餐费。材料：《高通量测序与高性能计算理论和实践》北京科学技术出版社。培训期间可免费提供工作餐。
【报名优惠政策】
1、10月25日前报名并缴费的学员每人可减少300元
2、3人以上团体报名每人可减少300元；
3、4+1团报，可免费赠送一个名额；
4、上面4种优惠政策不能同时享受，只能享受其中一种。
老学员参加及老学员推荐参加均可额外优惠200元。
培训以收到学员培训费为成功报名，培训座位按收到费用先后顺序安排。
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表观遗传学数据分析研习班通知
表观遗传学是研究基因在核苷酸序列不发生改变的情况下，基因表达可遗传变化的一门遗传学分支学科。目前，已知的表观遗传现象有DNA甲基化基因组印记母体效基因沉默RNA编辑等。表观遗传学的研究已成为基因组测序后的人类基因组重大研究方向之一。这一飞速发展的科学领域从分子水平揭示了复杂的生物学现象，为解开人类和其他生物的生命奥秘、造福人类健康带来了新希望。北京市计算中心开设表观遗传学数据分析研习班，为广大研究者提供科研助力。
主办单位：中国生物工程学会计算生物学与生物信息学专委会
承办单位：北京市计算中心
协办单位：云计算关键技术与应用北京市重点实验室
中国医药生物技术学会生物医学信息技术分会
北京市基因测序与功能分析工程技术研究中心
中国生物工程杂志
北京唐唐天下生物医学信息科技有限公司
培训地点：北京海淀区丰贤中路7号3号楼，北京市计算中心三层会议室
培训时间：2017年11月17日-19日 上午：9：30 - 12：00；下午：13：30 – 17：00
日期 | 授课题目 | 授课内容 |
第一天 | 表观遗传学概述 | 1. 表观遗传学概述
2. 表观遗传学相关数据库简介
3. 表观遗传学实验数据的分析方法 |
生物信息技术基础 | 1. 软件安装与调试
2. linux基础上机
3. perl语言基础
4. R语言基础 |
第二天 | DNA甲基化 | 1. DNA甲基化原理及应用
2. DNA甲基化测序方法介绍 |
DNA甲基化上机练习 | 1. MeDIP-Seq测序数据分析
2. RRBS-Seq测序数据分析 |
第三天 | 蛋白质与DNA相互作用研究 | 1. Chip-seq技术方法概述与应用
2. Chip-seq分析流程与实践 |
数据结果可视化展示与分析 | 1. 数据结果可视化展示
2. IPA数据分析与挖掘
3. 自由练习与讨论 |
（课程内容以实际授课为准)
注：参加培训班的学员投稿《中国生物工程杂志》，通过审稿的论文将会优先发表。
【讲师团队】
邀请中科院和北京市计算中心一线工作经验丰富的老师主讲。
【报名费用】 培训费：3800元/人（包括学费、资料费、上机费、午餐费）。材料：《高通量测序与高性能计算理论和实践》北京科学技术出版社。培训期间可免费提供工作午餐。请自带笔记本电脑以备上机实践使用。附近最近酒店为：如家酒店（永丰店），可自行网上预定，食宿自理。
【付费方式】现金、支票、银行转账、银行汇款
单位全称：北京市计算中心 账号：0200151819100023937
开户银行：中国工商银行股份有限公司北京永丰支行
（汇款信息里 备注上：“生物计算事业部——您的姓名”，个人汇款请备注上单位名称）
【报名优惠政策】
1、10.25日前报名成功并缴费每人可优惠200元，老学员可再额外优惠200元；
2、3人以上团体报名每人可减少300元；
3、4+1团报，可免费赠送一个名额；
培训以收到学员培训费为成功报名，培训座位按收到费用先后顺序安排。
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基于多组学的慢性疾病研究研讨班通知
组学技术的发展，开启了医学健康的新时代，测序技术已渗透到疾病研究的各个方向。2016年中国精准医疗计划启动。科学界与医学界正在通力合作，希望通过对基因组、转录组、表观遗传组、蛋白质组及代谢组等多组学数据的系统整合和深度挖掘，结合多样的临床数据，最终实现对疾病的精准分类和诊断，并制定个性化的疾病预防和诊疗方案。
随着精准医疗的不断推进，各组学平台的实验手段和数据分析方法也在快速地更新。为了帮助疾病研究领域的临床科研工作者及临床医生们全面深入地了解各个组学研究的有效手段和方法，北京市计算中心，联合生命科学及医学领域的专业一线项目经验丰富的科研人员精心组织了本次培训课程。
为保证听课质量和教学质量，本研讨班采用小班授课方式。课程内容针对性极强、上机实践比重更达到70%，整套课程教学目的明确，从实验方案设计到细节再到注意事项的讲解，为项目能产出更有效的测序数据打下坚实的基础，上机实践课程贯穿从测序数据下机后质量评估、数据筛选到基因组分析、转录组分析整个流程。诚邀各领域广大科研工作者和高校教师及研究生报名参加！
主办单位：中国生物工程学会计算生物学与生物信息学专委会
