准备国自然基金，这篇文章给了很好的模板！

基金的结果公布后大家下半年的主题就是准备国自然的项目了，虽然还有半年的时间，大部分人的习惯就是等一等，缓一缓，放一放，休息一下，在最后的三个月开始准备，今天我们就结合一篇最新的文章看看思路和准备的策略。

这篇文章是8月21号刚发表在Nature cell biology杂志上的文章，影响因子20分：

文章主要讲的是hnRNP E1（核不均一核糖核蛋白E1）参与基因PNUTS的可变剪接过程，从而导致基因 PNUTS 产生两种形式的RNA：一种是不编码蛋白的lncRNA PNUTS ，另外一种是编码蛋白的mRNA PNUTS，其中 lncRNA PNUTS作为海绵吸附miR-205从而上调EMT标志物ZEB1的表达，从而促进上皮间质转化。

总的来说，在TGFβ刺激下， hnRNP E1被磷酸化后结合到基因 基因PNUTS的11号外显子（Exon 11）位置，导致 基因PNUTS的可变剪接过程发生变化，从原先产生的 PNUTS mRNA变为了 lncRNA PNUTS， lncRNA PNUTS下游的机制是： lncRNA PNUTS/miR-205/ZEB1/EMT。

为了验证以上的思路，文章从下面四部分展开：

下面我们讨论几个点：

1. 本文的思路跟我们以前介绍的一篇Cell文章非常像： 这篇文章可能颠覆你对lncRNA的理解…… ，

两篇文章涉及到的研究热点都包括了：可变剪接和lncRNA，这篇NCB的文章信号轴是： TGFβ—— hnRNP E1—— 基因PNUTS可变剪接——lncRNA PNUTS 升高——miR-205——ZEB1——EMT ，而这篇Cell文章的信 号轴是： UV——可变剪接模式ALE异常——基因ASCC3可变剪接——lncRNA ASCC3 long升高，而ASCC3的两条转录本long和short功能则是相反的 ，两篇文章可以互相印证学习。

2. 关于 hnRNP E1这一类蛋白，我们在RNA结合蛋白预测工具RBPDB的时候介绍过（ （工具篇）：对方又向你扔了一个神器…… ），我们可以尝试看一下通过这个工具预测与 PNUTS结合的蛋白：

我们看到预测到了 hnRNP A1，而 hnRNP E1在这个数据库里面则由于没有收录所以没有搜索到：