首先, “地方革命历史文件汇集”不能完全替代原始档案的查阅工作。这套史料毕竟是编者在众多的革命史料中挑选出来的。编者对史料的取舍会直接影响研究者对史实复杂性的全面把握。所以, 尽管普通研究者几乎没有机会进入中央档案馆, 到省级档案馆查档也困难重重, 但研究者还是应该尽可能尝试到地方各级档案馆查阅原始档案。
其次, “地方革命历史文件汇集”在编辑过程中因为种种原因会出现一些问题。比如, 不少文件没有标明写作的年月日, 档案馆的工作人员经过自己的考证后会在文件上标明具体时间。但既然是后人的考证, 也就难免会出错。笔者在研究中就发现, 江西文件1929年第1卷中的《中共赣西特委给江西省委的报告 (1929年5月2日) 》与1929年第2卷中的《中共赣西特委关于赣西游击战争与减租抗租斗争等情况给江西省委的报告 (1929年9月26日) 》的内文略有差别, 实际上是同一个文件, 但这两个文件版本各有一些错误。综合其他史料可以判断, 这个文件的时间不是5月2日而是9月26日, 但9月26日版本中“郭、罗、伍等都是负队长秘书干事主要责任的”是错误的, 应为5月2日版本中“郭罗汪等都是负队长、指导员、秘书长等重要责任的”。诸如此类的错误在文件中比较多, 需要特别小心比对。
值得注意的是, 由于收集原版的“地方革命历史文件汇集”非常困难或者价格过于昂贵, 现在许多研究者已经习惯于通过“读秀”等网络资源获取这些文件的电子版。但“读秀”在制作电子版的过程中又会出现不少新的错误。一种错误是电子版在制作过程中本身产生的错误。比如, “读秀”上的封面标有“陕西革命历史文件1942”, 其内文却是“中共中央西北局文件汇集1942”。另一种常见的错误是这些电子版没有书脊, 甚至没有封面、扉页和封三, 许多文件只标有单位和时间, 而缺乏甲种本或乙种本的编号, 需要读者自行判断, 而在此过程中常常出错。比如, 湖南文件电子版能找到甲1—10, 也能找到甲12—17和乙种本, 却一直没有找到甲11。如果核对原书才会发现, 乙种本的书脊编号为11, 即甲种本和乙种本在湖南文件中是连续编号的, 而不是分别编号的。又如, “读秀”上的封面标有“陕西革命历史文件1941年1”“陕西革命历史文件1941年2”“陕西革命历史文件1941年”三个不同的文件, 让人很容易混淆。实际上这三个文件的编号分别为陕西文件甲16、甲17和乙3。此外还有一个更为严重的错误, 即陕西文件乙3原书内含了“陕西省党组织清洗工作总统计表”等四张重要的表格, 但电子版制作时因为技术困难而将此表格完全略去了。总之, 通过“读秀”获得电子版虽然极其方便, 但也使史料出错的机会倍增, 研究者需要将电子版与原版对照校核后才能放心使用。
再次, “地方革命历史文件汇集”是按照现在的省域来分编的, 但这与历史上省域的划分及党组织的隶属是有相当差别的。故而, 研究者必须非常熟悉中共组织史和民国行政区划, 才能准确地找到所需文件的归档地。比如, 在“地方革命历史文件汇集”中, 没有天津文件, 北京文件也仅有区区两册。实际上, 从1927年5月到1937年7月, 北京 (1928年6月后更名北平) 和天津的党组织都归属中共顺直省委及其后更名的河北省委领导, 因此北京和天津的革命历史文件都归档在24册河北文件中。山西省没有编辑革命历史文件汇集, 这可能是因为山西党组织在第二次国内革命战争时期处境十分艰难, 保存下来的文件很少。不过, 因为山西党组织从1929年4月到1933年5月归属顺直省委和河北省委领导, 所以在河北文件中也能找到一些有关山西党组织的文件。又如, 1927年6月江苏省委和浙江省委建立前, 两地的党组织多数时候都归属上海区执委领导 (1924年到1925年初是一个例外时期, 此时江浙党组织由中共中央直接领导) , 所以1927年6月前江苏和浙江的革命历史文件大多数归档在上海文件中;而1927年6月江苏省委成立时又兼上海市委, 1930年10月后江苏省委 (1930年10月到1931年1月一度改称为“江南省委”) 虽然不再兼上海市委, 但依然领导上海地方党组织直到1934年11月, 所以江苏文件中又存有上海市委和区委的文件。
又次, 各地所编的文件厚薄各异, 史料价值也高低有别, 使用者需要仔细掂量。比如, 24册河北文件的史料价值很高, 因为它反映的是包括河北、北京 (北平) 、天津、山西、陕西、河南、宁夏等整个北方地区中共组织的活动状况。28册江苏文件的史料价值也较高, 因为它反映了包括江苏、上海、安徽和浙江在内的国民党统治核心区的中共党组织的活动状况。山东虽然在1981年至1987年公开出版了23辑《山东革命历史档案资料选编》, 但资料重心在抗战时期, 就其收录第一、二次国内革命战争时期史料的前三辑而言, 在丰富性上远不如8册山东文件。相比之下, 江西文件仅有10册, 与江西在第二次国内革命战争时期的地位远不相称。这是因为江西文件所收的主要是赣西南的部分文件, 赣北、赣东的革命文件都是另行编辑出版的。在研究江西苏区史时, 江西文件必须与《中央革命根据地史料选编》《井冈山革命根据地》《湘赣革命根据地》《湘鄂赣革命根据地》《江西党史资料》《中央革命根据地历史资料文库》等配合使用, 合编出江西革命历史文件资料目录, 才能窥见江西苏区革命的全貌。福建文件虽然有21册之多, 但就其反映苏区时期地位十分重要的闽西的革命状况而言, 史料仍嫌单薄, 在研究时必须补充以10卷本的《闽西革命史文献资料》。而在使用湘鄂西苏区文件和鄂豫皖苏区文件时, 则应补充以《中国工农红军第二方面军战史资料选编》《中国工农红军第四方面军战史资料选编 (鄂豫皖时期) 》《鄂豫皖革命根据地》等。此外, 安徽文件因为印数少等原因, 在市面上极其难寻, 有如邮票市场上的“筋票”。不过, 安徽抗战前的革命文献同时分布在江苏文件、鄂豫皖苏区文件、《中国工农红军第四方面军战史资料选编 (鄂豫皖时期) 》、《鄂豫皖革命根据地》以及《安徽早期党团组织史料选》等各类文件汇编中, 安徽文件本身的史料价值并不太高。