实用！Addgene汇总分子生物学必用工具

编译 | 雪月

Addgene网站发表了一篇博客，汇总罗列了多个免费在线分子生物学相关工具网站，涵盖引物设计、质粒图谱、DNA序列分析等。

质粒图谱

用于查看、编辑和制作质粒图谱。

SnapGene Viewer : 免费查看质粒图谱，付费可查看更多用于质粒设计的工具。

Benchling : 绘制质粒图谱，对学术用户免费。

Genome Compiler : 免费基于桌面的设计和绘制质粒的软件。

Serial Cloner : 免费基于桌面的设计和绘制质粒的软件。

ApE (A plasmid Editor) : 由犹他大学的M. Wayne Davis维护的工具，免费的，基于捐赠的质粒分析工具。

DNA/蛋白质数据库搜索和分析工具

Addgene's analyze sequence tool : 比对、翻译序列

NEBCutter2 :查找酶切位点

Webcutter 2.0 :查找酶切位点

Addgene vector database :质粒序列

NCBI BLAST :核苷酸或蛋白质序列比对

ExPASy translation tool : 翻译DNA序列

UniProt :蛋白质序列和功能信息数据库

Codon optimization tool :访问需要设置账号

引物设计工具

用于常规引物设计和一些应用于不同克隆需求的引物设计的站点

Primer3 and Primer3Plus :常规引物设计。

Design primers for Goldengate cloning

Design primers for In-Fusion Cloning

Design primers for Gibson Assembly and NEB HiFi DNA Assembly

OligoAnalyzer Tool from IDT : 用于发夹分析，Tm值分析以及引物二聚体分析和其他引物特征。

克隆连接反应计算器

可以计算出不同类型的克隆方法—— restriction enzyme cloning, Gibson assembly, or In-Fusion cloning ， 所需的插入序列和骨架的数量。

NEB Ligation Calculator : 该工具适用于任何克隆方法。

In-Fusion cloning molar ratio calculator

实验室数学计算器

可以帮助进行实验室的常用计算问题。