你是否听过这样一句话：“管它黑猫白猫，能捉老鼠的就是好猫”。关键之处在于能捉老鼠，如果“颜值”高一点，那就更受人喜爱了。但往往只有颜值也是会受人青睐的，为什么？因为现在老鼠不常见，而猫却很多。大家就开始卷颜值，就好比生信，发展到现在，结果图可以有各种各样的展现形式，实际解决临床问题的却很少。你要说生信只是一种工具，不错，它是一种工具不假，可再好的五金放在那，不被当作工具使用，依然和废铜烂铁无异。所以只有好好利用起来的五金“工具”，才是好猫。更直白一点，只有真正贴合临床，致力于解决临床问题的生信分析，才是好课题，好文章。
下面就从生信人团队做过的几个案例展开讲讲：
作者认为，现阶段仍没有发现一种经过验证的头颈鳞状细胞癌（HNSC）生物标志物，可用于预测总生存期和对免疫疗法的反应。文章通过加权基因共表达网络分析鉴定了HNSC中22个免疫核心因子，使用cox回归确定了3个免疫基因并且构建了HNSC免疫相关基因预后指数（IRGPI），IRGPI高得分组相对于低得分组有更好的生存预后，并且与DNA损伤修复通路相关，有更高的免疫细胞浸润且倾向于免疫治疗获益。
PMID: 33097495 DOI: 10.3389/fonc.2022.881953
那么这篇文章，临床问题是缺乏HNSC的生物标志物。通过生信分析，找到了3个免疫基因并构建了IRGPI，同时，可用于区分HNSC的预后、分子和免疫特征以及作为免疫检查点抑制剂治疗疗效预测因子。这就相当于做了一些锦上添花的事情，既解决了“临床问题”，又增加了“颜值”，所以能发到13分的Clinical Cancer Research上。
选择性聚腺苷酸化（APA）是一种重要的转录后修饰，参与肿瘤发展，但APA在肿瘤免疫中的功能在很大程度上仍未知。文章深入分析了31种癌症类型的10303个样本中蛋白编码基因的3'UTR用途和肿瘤免疫反应，开发出免疫相关APA事件（Imm-APA）评分系统，用于描述癌症免疫相关途径中APA事件的调控情况。基于该系统，确定了与免疫细胞浸润和免疫检查点阻断（ICB）治疗相关的生物标志物密切相关的肿瘤特异性lmm-APA，进一步构建ICB相关Imm-APA评分模型以预测免疫疗法的疗效。
PMID: 35930727 DOI: 10.1158/0008-5472.CAN-22-1417
同样，这篇文章从转录后修饰APA事件对于肿瘤免疫未知影响的临床问题出发，通过生信分析，构建与肿瘤进展和肿瘤免疫相关的Imm-APA评分模型，通过该模型突出APA事件作为潜在生物标记物在癌症免疫治疗中的临床应用。发到了13.312分的Cancer Research上。
当然你要说，我的目标是发个三到八分的文章就可以了，更简单，使用公共数据加一点实验验证轻松满足预期。
再来看下面这个案例：
肿瘤相关成纤维细胞（CAFs）在调节肿瘤转移和治疗反应中发挥多种作用。目前的临床指标无法准确评估疾病风险和放疗反应，强调了迫切需要更多的分子预后标志物。为了研究与放疗相关的CAF相关基因，并构建前列腺癌预后CAF相关基因特征，作者通过X射线从Mus-CAF中建立了放射耐药前列腺CAF细胞亚系，进行转录组测序，联合公共数据集，分别构建无生化复发生存（BCRFS）相关和无转移生存（MFS）相关的signature，都可以准确地预测前列腺癌患者的BCRFS和MFS。结合各种临床因素组成的列线图可以准确预测前列腺癌患者的2年、3年和5年生存时间。
PMID: 36195908 DOI: 10.1186/s12967-022-03656-5
这就是找到了一个明确的临床问题：与放疗相关的CAF相关基因对前列腺癌预后的影响。作者是怎么做的呢？公共数据库没有符合要求的数据，那就自己建立细胞系，条件成熟时进行测序，辅以公共数据，进行基础的生信分析构建预后signature，再加一点实验，医学2区8分的文章这不就来了？
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