蹭国自然热点circRNA,不会circbase怎么行？

昨天国自然的结果公布了，想必今年的circRNA应该是个热点。

但是研究基因怎能少了数据库的帮助呢。下面我介绍一个circRNA的数据库：circBase（http://www.circbase.org），这个数据库主要的功能有：

1、基于序列的搜索；

2、通过标识符、基因描述、基因组位置等搜索数据库；

3、使用table browser通过设定一组条件来检索一组数据集（用法类似UCSC）；

4、以多种形式导出表格；

5、导出含基因组序列的FASTA文件。最近一次的更新在17年的7月。

在这个搜索框中输入要搜索的内容，可输入的内容有：circBase标识符（例如 mmu_circ_0000010）、refseq转录本ID（NM_027671），基因名称（Pvt1），genomic coordinates （基因组位置的输入格式和UCSC的一样：chr:start-end，如chrII：123456-7891011）或Gene Ontology term identifiers。搜索不区分大小写。

比如我想搜索和GNB1相关的circRNA，输入后点Search

这是出来的结果，有物种信息、染色体中的位置，在双链DNA的哪条链上等，蓝色的内容可以进一步点进去查看；Export results中点击可下载结果。

使用list search可以搜索多个circRNA。在Organism中选好物种，有人、小鼠、线虫等，在list中输入circRNA的名字或者与circRNA相关的基因名即可。

在download中可以下载各物种中的circRNA数据，如果发现自己测序得到的circRNA不在这里面，那有可能就是新发现的circRNA啦。