两次征日之战的失败，让人很难对元朝在南海的军事行动抱有期待。如果说第一次东征是败于运气的话。那么有十几万原南宋水军加入的第二次东征，依然以失败而告终，就不能仅仅归结于运气了。究其根本，在于二点：一是之前宋朝与日本并无正式的贸易关系（日本没有加入宋朝的朝贡体系）。虽然民间仍有贸易往来，甚至使得宋朝钱币大量流入日本，但官方层面缺乏熟悉东部海况的人才；二是那些新加入的原南宋水军，并不是真正的“海军”。
与今天我们叫法不同的是，古代中国并无“海军”一说，有的只是在内河作战的“水师”或者“水军”。即使到了清朝末年，中国开始打造工业时代的海上舰队，其正式名称也还是 “水师”（北洋水师）。江南地区为远征日本所准备有3500余艘船只中，绝大部分都来自于原南宋水军（朝鲜方向另准备了900艘船只）。这看起来一下子让蒙古帝国的水战能力有了巨大提升，但实际上，这些江南水军所因袭的战法及所适用的船只，大多只能运用到内河航道。
由于内河的气象、水况远比海洋简单，因此适用于内河航行的船只如果挪用于外海，会遇到很多问题。比如内河船只一般会做成吃水浅平底，以适应内陆水域较浅的水深；用于海上的船只，则会做成吃水更深、稳定性更好的V/U型底，同时将底舱分隔成一个个独立的水密隔舱。这样的话，即使一两个舱室破损进水也不至沉没（并且可以修补）。除了这两点之外，细究起来海船在桅杆、船体外型等诸多方面，都与内河船只有着不少细节上的差距。
急于攻日的想法（包括消耗新附降军），让蒙古人没有时间营造更多的海船。一个看起来容易让人放松警惕的问题是，从航线上来说，远征日本看起来还不象是一场真正的远洋之战。因为无论是从朝鲜出发的蒙、朝舰队，还是从江南北上的原南宋水军，其实都是沿岸航行，最终穿越最窄处仅40公里的“对马海峡”登陆南日本。
然而海洋就是海洋，即使你只是沿岸航行并采用了正确的船型，也很难保证在一场风暴之下保全自己（想想葡萄牙人在好望角的遭遇），更何况是一场急于求成的跨海之战呢。公元前5世纪，准备更为充分、海况也相对更好的波斯军队，在两次远征希腊的过程中，也同样因恶劣气象的影响而蒙受了巨大损失。
罗马在与迦太基的长期战争中，在海洋上后发的罗马，也多次遭遇类似的状况。依靠战略上的坚持，罗马人一点点的加深自己对海洋的认识，并最终成为了一个“地中海帝国”。所谓“十年陆军，百年海军”一说，含义也正在于此。从这个角度说，蒙古人即使运气好点没有遇到“神风”，在日本的前景也是非常不被看好的。这一点，可以在远征爪哇之役的预演：占城之战中得到验证。
前面我们说到，南宋末代政权，曾经在崖山海战之前有计划逃亡位于今越南中部的“占城”。不过在当时，占城并不属于“越南”，而是一个独立国家。今天的越南在宋元时期被称之为“安南”。 在相当长的历史时期，今天的越南领土上，所呈现的都是三分天下的格局。除了北部与中国地缘关系紧密的红河政权（安南）、南部为高棉人所有的湄公河三角洲以外，中间背山临海的过渡地带，就是“占城”了。
15世纪，安南吞并占城。18世纪初，又从高棉（今天的柬埔寨）人手中得到了湄公河三角洲，奠定的今天越南的领土格局。此后，内部改朝换代的安南人希望改国名为“南越”，不过并没有得到当时的宗主清王朝的同意。最终同意的方案，便是今天的 “越南”之名（清嘉庆帝定）。在今天越南已经将种群扩张到湄公河三角洲的情况下，占族人已几乎被完全融合了。今天在越南境内，被甄别为占城民族的人口，还不到2万人。顺便说下，占城灭亡之后，有少量占城人流亡到了中国的海南三亚，其后裔今被统称为“回辉人”（被归类为回族）。
之所以要特别解读一下占族人，是因为与中南半岛其他民族不同的是，占族人的种族、语言属性为与马来地区同属的“南岛民族”。关于占族人的族源问题，目前还不十分确定。一种可能是，南岛民族先于中南半岛的其他民族抵达这片陆地，占族人则属于没有被后来民族同化的南岛民族后裔。还有一种可能，是南迁至马来群岛的南岛民族，通过海路抵达占城地区并立国。
无论哪种情况，海洋以及航路的存在，对于占城的存续都是极其重要的。历史上，占城人也以善于航海而著称。这使得他们，有机会在隔着安南政权的情况下，与中国直接发生关系。不过中国能够控制越南北方的时期，占城人更多是以防御的心态看待中国。在中国的记录中，占城北部曾经被南越国、汉帝国纳为领土，并于公元137年脱离当时的汉朝统治独立建国。而中国对越南北方，也就是红河下游地区的统治，一直持续到五代时期的“南汉”（公元10世纪）。
越南或者说安南地区被中国统治的这段历史，被越南称之为“北属时期”。此后一直到19世纪下半叶，法国从中国手中夺取越南的控制权止，则因一直奉中国为宗主而被称之为“藩属时期”。在越南北部进入藩属时期后，占城与中国的关系也进入了一个黄金时期。出于牵制安南及开展贸易的需要，占城积极与当时统治中国的宋王朝交好（纳贡称臣）。在双方交好之初，即对中国的地缘结构造成了重大影响。
我们知道，热带地区由于物种丰富、新陈代谢快的原因，在农作物选育方面有着独特优势。今天中国人所食、用的很多作物，都是透过丝绸之路或者后来的大航海时代，从热带地区引入的。北宋初年从占城引入的“占城稻”，也是其中一例。在热带环境下选育出来的“占城稻”，具有耐旱、适应性强，且生长期短等优点。一经引入，便由政府主导，很快在江南地区得到推广。为中国江南地区的人口增长、深度开发作出了重大贡献。
需要说明的是，占城稻本身并不一定是占城人培育出来的，也不仅仅是一个稻种。不过是中国南海贸易发展的结果，却是肯定的。作为南海贸易的重要参与者，占城也由此在其中获益颇多，并自觉自愿的维持与中国的藩属关系。有鉴于此，南宋末代政权会有南下占城避难的想法，也就可以理解了。
然而政治永远都是现实的。计划未能成行的主要原因，是占城不愿惹祸上身（崖山海战前一年，占城向元使口头表示愿意称臣）。不过南宋避难占城的破产计划，仍然让蒙古人产生了疑虑。为此，在崖山海战之后，元朝政府希望直接将占城变为行省而不是藩属。这一决定自然很难让占城接受。公元1282年11月，为了控制占城，元朝以大小船只350艘（包括海船100艘）、军5000，由广州启航攻伐占城。
这并不一条正常的扩张路线。因为在元朝水军驶往占城之时，安南亦没有成为元朝的行省，而只是表示愿意延续藩属地地位。向安南借道过境，从海、路两线同时向占城发动攻击，是蒙古政权对安南提出的要求。很显然，这是一条“假途伐虢”之计，所期望的无非一并解决安南和占城问题。只是经过长达千年的北属时期，安南人也对北方强邻的军事艺术了然于心，并没有上当。
在占城人的顽强抵抗之下，渡海而来的元朝远征军陷入了苦战状态。一年多之后，未能如愿元朝还是决定重走寻常路，集中力量先发动对安南的战争（元越战争），同时召令攻击占城的军队北上夹击。然而集结数十万兵力，先后两次的元越战争，（1284年—1285年、1287年—1288年），并没有让元朝政府如愿吞并安南。安南最终还是得以遵循前例，成为中央之国的藩属。
除了在越南方向的征伐以外，蒙古在中南半岛还针对缅甸进行过试错。在攻灭南宋的战争中，蒙古人曾先行经由青藏高原的边缘，吞并了长久以来保持独立状态的云贵高原（大理国）。这也使得蒙古人，有信心在这个方向上再向南尝试一下。只不过同样鉴于地形和热带湿热气候的原因，持续十年“元缅战争”（ 1277年-1287年）依然没有为元朝提供一个新行省。不过这场战争倒也不能说一点收获都没有，缅甸由此第一次被纳入了中央之国的朝贡体系。事实上，在云贵高原融入中国后，这也是必然的结果了。
既然元朝在陆地方向的扩张，实际止步于云南-广西一线，那么中间还隔着个安南的占城，自然也断无建立行省的可能了。在占城之战结束之后，占城便以藩属的身份，重新回归到了中原政权的朝贡体系中。后来的远征爪哇之战中，元朝远征军便是由泉州出发沿岸而下，先在占城补给再继续南下的。
