所谓专项资金，直接的将就是专款专用、专事专办，最大的特点是专，从资金筹集、分配到使用都有专门的规定和要求。围绕专项资金的使用目的不同，确立的审计目标也就不尽相同，必须切合实际，有针对性。以国土专项资金审计为例，不同的国土专项资金有着不同的要求和用途，如农田水利资金和土地整理等项目，在用途和建设要求上就存在差异。结合近年来参加的一些专项审计项目，感到就审计目标和细节的把握而言，主要有三个环节、四个结合和五个延伸。
一是把握“三个环节”。第一个环节是看项目资金筹集是否充分。不同的项目资金规定了不同的筹集方式，在审计工作中要根据专项资金的具体筹集方式确定资金筹集的审计重点。如在小型农田建设资金审计中主要检查各级财政安排资金是否足额到位，重点检查有无少配套和虚假配套，以骗取上级财政资金；第二个环节主要是看资金配套是否合理和及时。落实配套资金是国债资金能否充分发挥效益的关键。凡是需要地方财政配套的资金，财政部门应列入本级预算，及时足额拨付到位。属主管部门和项目单位配套的资金，也要及时落实到位；第三个环节主要是看资金使用是否合规和有效。包括资金使用管理是否合规透明，资金使用是否存在滞留、截留、挪用等问题；会计核算是否准确、是否单独建账与核算；省级配套资金、单位自筹资金是否落实等。
二是强化“四个结合”。第一是财务审计与业务审计相结合，专项审计审计的是钱，做的是事，只有将账面和实物进行综合分析，才能全面了解其构成和走向；第二是资金审计与项目审计相结合。对直接安排用于项目的专项资金，在审计项目资金的同时，要结合项目资料、项目开展情况进行审计，查深查透资金的真实情况和收益情况；第三是传统审计与现代审计相结合。在专项资金审计中，将传统的职业判断与现代的抽样调查并用，将传统的手工审计与现代的抽样调查并用，将传统的手工审计与现代的计算机辅助审计并用，充分发挥计算机快捷、准确的功能；第四是上级审计与下级审计相结合。根据专项资金审计项目的大小、涉及的范围，合理确定审计组织方式，采取“分层审”、“上下审”、“联合审”等审计模式，只要组织恰当，管理到位，步调一致，就能取得良好的效果。
三是注重“五处延伸”。第一是资金延伸，在此项审计工作中要牢牢抓住资金这条主线，资金流到哪里，审计就要查到哪里，在工作中要特别注重对那些异常流动的资金进行延伸审计调查；第二是绩效延伸。专项资金审计中不仅要检查专项资金的经济效益，还要延伸检查专项资金的社会效益和环境效益；第三是要管理延伸，在专项资金审计中，对专项资金的资金管理、项目管理、资产管理、等方面开展延伸审计，查找管理中存在漏洞和薄弱化解，并提出改进的意见和建议，促进专项资金的合理、有效使用；第四是政策延伸。专项资金都有具体的政策规定，在专项资金审计中，不仅要检查政策本身是否规范、合理，以促进专项资金政策的进一步完善；第五是宏观决策延伸。专项资金审计中不仅要注意发现问题，而且要延伸检查问题产生的根源，为政府和主管部门提供决策依据。来源：微审计
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