国内主要教材：
《生物信息学概论》
(英) T K Attwood , D J Parry-Smith 著 罗静初等译
北京大学出版社 2002年4月第一版
本书从生物信息学的研究对象、意义出发，介绍生物信息学研究的基本方法和常用工具。
主要介绍的是核酸和蛋白质序列的计算机分析方法，探讨利用现有的计算机程序，从现有的数据库中能够获取什么、不能够获取什么。全书共分十章：
1.概论，
2.信息网络，
3.蛋白质信息资源，
4.基因组信息资源，
5. DNA序列分析，
6.双序列比对，
7.多序列比对，
8.二次数据库搜索，
9.数据库搜索实例，
10.序列分析软件包。
每章末尾均提供了进一步阅读指南和有关的网址。
这本书的一大特色在于丰富的例子和图表，使读者可以很直观的了解和掌握书中的内容。此外，书的末尾还附有与生物信息学相关的词汇表。总的说来，这本书实用性强，可以作为高等院校生物信息学教材，也可以作为生命科学和生物技术各领域分子生物学研究和开发工作者的生物信息学参考书。
《生物信息学手册》
郝柏林 张淑誉 编著
上海科学技术出版社 2000年10月第一版
一本手册式的生物信息学书籍。除了介绍了生物信息学，还包括了计算机及计算机网络（这一部分提供了一些网址）和分子生物学的知识。更为重要的是，该书的主要部分?quot;“生物信息数据库”和"服务、软件和算法"部分，提供了大量的网址。几乎是每一个条目下面都有不少网址。这本书将网络上的生物信息学资源进行了索引式的介绍，并作了必要的说明。书中列举了近千条网址和引文，基本涵盖了生物学研究的各个方面，堪称生物信息的汪洋大海中的导航图。对生物信息学的服务、软件和算法，本书也作了较全面的描述。本书可供广大生命科学工作者以及由物理学、数学和计算机学转入生命科学领域的研究教学人员参阅（上面可以查到很多网址）。
《生物信息学》
赵国屏等 编著
科学出版社 2002年4月第一版
本书是"863"生物高科技丛书之一。它比较全面地介绍了生物信息学的若干个主要分支，并特别介绍了与人类基因组研究相关的生物信息学的一些较新成果；
着重介绍了数据库和数据库的查询、序列的同源比较及其在生物进化研究中的应用；以生物芯片中的生物信息学问题为例，介绍与基因表达相关的生物信息学问题；还介绍了蛋白质结构研究中的生物信息学问题，以及与分子设计和药物设计相关的生物信息学技术。本书可供生物信息学专业和生命科学相关专业的本科生、研究生和教学科研人员阅读学习，也可供相关专业的科技和应用机构的科研、管理和决策人员参考。注意，本书有很大篇幅是讲基因芯片和蛋白质结构预测的。
《生物信息学--基因和蛋白质分析的实用指南》
"Bioinformatics--A Practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins "
Andreas D.Baxevanis B.F.Francis Ouellette 著 李衍达 孙之荣等译
清华大学出版社 2000年8月第一版
这本书由前卫计算生物学家撰写，贯穿了已有的工具和数据库，包括应用软件、因特网资源、向数据库提交DNA序列以及进行序列分析和利用核酸序列与蛋白质序列进行预测的的方法。
以下是该书的目录：
1.因特网与生物学家，
2. GeneBank序列数据库，
3.结构数据库，
4.应用GCG进行序列分析，
5.生物数据库的信息检索，
6. NCBI数据模型，
7.序列比对和数据库搜索，
8.多序列比对和实际应用，
9.系统发育分析，
10.利用核酸序列的预测方法，
11.利用蛋白质序列的预测方法，
12.鼠类和人类公用物理图谱数据库漫游，
13. ACEDB: 基因组信息数据库，
14.提交DNA序列数据库。
本书有很多实际的序列和序列分析的例子。这本书适合高等院校的师生和从事生物工程研究的科技工作者阅读。
此外，浙江大学樊龙江老师《生物信息学札记》手稿也是入门的很好教材 ，书目录如下：
第一章 生物信息学通论
第二章 分子数据库
第三章 序列分析与比较
序列组成与联配分析
数据库搜索引擎——BLAST和FASTA应用
第四章 基因组测序与分析
第五章 分子进化
第六章 蛋白质结构与功能预测
附录：生物信息学主要英文术语及释义
核苷酸和氨基酸代码
分子生物学主要数据库和应用工具网址一览表
序列分析软件目录
与核苷酸和蛋白质序列相关的特征关键词表
主要参考文献
国外有关生物信息学书籍有：
华盛顿大学bioinformatics教程、
Algorithms in Bioinformatics、
Beginning Perl for Bioinformatics、
Bioinformatics、
Bioinformatics-Sequence and Genome Analysis、
Developing Bioinformatics Computer Skills、
BIOINFORMATICS METHODS AND PROTOCOLS
等书籍。
