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微生物组-宏基因组分析专题研讨会 (2025.5.9,线下+线上)

生信宝典  · 公众号  · 生物  · 2025-03-19 21:00

正文


福利公告:为了响应学员的学习需求,经过易生信培训团队的讨论筹备,现决定安排扩增子16S分析、宏基因组、单物种转录组、单菌基因组的线上/线下同时开课。报名参加线上直播课的老师可在1年内选择参加同课程的一次线下课 。期待和大家的线上线下会晤。

目前可以通报的信息:

  1. 单物种转录组线上/线下开课时间:

    2025/03/21-22

  2. 临床基因组线上/线下开课时间:

    2025/5/16-18

  3. 单菌基因组线上/线下开课时间:

    2025/1/10-12

  4. 宏基因组线上/线下开课时间:

    2025年5月9-11

  5. 扩增子线上/线下开课时间:

    2025/4/11-13

报名链接:http://www.ehbio.com/Training/



在广大粉丝的期待下,《生信宝典》联合《宏基因组》在 2025年5月9-11日,北京 推出《 宏基因组分析 》专题培训第21期 线上/线下课同时开通 ,为大家提供一条走进生信大门的捷径、为同行提供一个宏基因组分析学习和交流的机会、助力学员真正理解分析原理和完成实战分析,独创四段式教学(3天集中授课+自行练习2周+微信群答疑+上课视频回看反复练习), “教—练—答—用”四个环节统一协调,真正实现独立分析大数据

关于学习生物信息学分析的重要性,请阅读 《生物信息9天速成班—成为团队中不可或缺的人》 。生信分析离不开程序写作,这部分没想象的难,只要跟着我们操作下来,就可以理解,具体见 《生物信息中的程序学习心得》

课程简介

请详细阅读课程简介,如果以下内容您全精通,不必参加此培训。

《宏基因组分析课程》属于“扩增子分析的进阶”,主要是鸟枪法宏基因组数据分析和Linux下流程使用等。刚入门微生物组分析、想学绘图、和16S/ITS扩增子分析的同行请先报名《扩增子分析专题研讨会》。

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。成立三年,分享专业技术原创文章2800+篇,关注人数12万+,累计阅读量2千万+。

为满足广大读者进一步学习的需求,现联合《生信宝典》组织宏基因组学专题培训课程,进一步学习和交流宏基因组学分析技术,手把手带您快速入门、节约宝贵的时间,助力科研成果早日产出。

本课程一共3天,每天6节课,共18节课,全部课程均理论与实战结合(只要课上讲的都是可以学会并自己实现的分析)。从Linux和R基础、宏基因组Linux服务器分析平台搭建、Windows常用统计分析软件、数据分析图表解读和实战、宏基因组有参(Reference/Read-based适合人类、动物肠道等)和无参(De novo/Assemble适合植物、环境样本等)标准分析流程、Binning(挖掘单菌基因组)、统计分析以及各类高级分析(多基因连接进化树、网络图绘制和美化、网络属性比较、机器学习等),和CNS级图片修改排版。3天时间,老司机带您完成自学需要3个月甚至是3年的崎岖之路,助力您真正实现宏基因组分析、并根据自己课题的背景优化分析方案。

课程大纲

每节课1小时一个主题,理论结合实战,学懂原理,实战实操,全是老司机多年经验和代码的无私分享。下面是课程安排,如11代表第一天第一节课,26代表第二天第六节课,41为两周后的线上集中视频答疑。

编号
主题
简介
11
Linux基础
简介
、远程登陆、文件传输、 常用命令 (视频)
12
Linux软件安装
Conda安装与配置,宏基因组相关软件安装和数据库下载
13
Win软件安装
git
、R、Rstudio、R包、STAMP、AI等
14
图表解读
常用分析图表在文章中意义和使用场景
15
R基础
发展史、生物学中应用、ggplot2绘图 (视频)
16
可视化
16种图表的数据整理和在线绘制
21
宏基因组简介
发展史、常用技术适用范围、分析思路
22
宏基因组有参质控
FastQC
Trimmomatic、 MultiQC]( )、KneadData质控、parallel并行计算
23
物种和功能组成
MetaPhlAn2物种组成、HUMAnN2功能组成、功能关联驱动物种
24
物种和功能差异比较和可视化
GraPhlAn
LEfSe STAMP R语言统计
25
发表前准备
图片排版
数据释放 代码整理(可选)
26
网络绘制
基础
igraph Gephi
31
物种注释和可视化
Kraken、Kraken2、GraPhlAn、 Krona microbiomeViz 、metacoder
32
拼接、基因注释和定量
MEGAHIT、metaSPAdes、QUAST、Prokka、cd-hit、Salmon
33
基因功能注释
KEEG
、COG/ EggNOG 、CAZy/ dbcan2 、ARDB/Resfams/CARD、Uniref、VFDB、TCDB
34
分箱Binning
理论
MetaWRAP VizBin
35
细菌基因组进化
Bins提取保守基因、多基因进化树、 一文读懂进化树 Evolview基础 进阶 iTOL美化 进阶

antiSMASH生物合成基因簇

36
总结串讲
宏基因组分析套路回顾和总结
37
考试50题
自评学习效果、知识点回顾
41
答疑-线上
答疑、考试内容串讲

教程内容简介如下:







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