此内容主要是为了对Pymol进行选择的小结总结，完全的内容可以查看PymolWiki。
原子选择的命名
select selection-name,selection-expression
select bb,name c+o+n+ca
color red, bb
hide lines, bb
show sticks, bb
zoom bb
单字母选择
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—单字母—
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—短选择—
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—描述—
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all
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*
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PyMOL中加载全原子
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none
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none
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啥也不选
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hydro
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h.
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所有氢原子，足以后面有.
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hetatm
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het
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加载HETATM标签
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visible
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v.
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选择所有可见的原子
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polymer
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pol.
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聚合物
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backbone
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bb.
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骨架原子
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sidechain
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sc.
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侧链原子
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center
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居中
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origin
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旋转
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orgainic
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org.
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所有非聚合的有机化合物（如:配体，buffers等等）
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inorganic
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非有机分析
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metals
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金属离子（PyMOL1.6.1以上）
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solvent
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溶剂分析，包括HOH，WAT，H2O，TIP，SOL
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color blue, all
color blue, *
hide hydro
hide h.
show spheres, hetatom
show spheres, het
特征选择
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—匹配参数选择—
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—短字符—
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—例子和解释—
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symbol
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e.
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一到两个化学特征字符
select polar,symbol O+N
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name
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n.
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最高4个字符的蛋白或者核酸原子
select carbons,name CA+CB+CG+CD
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resn
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r.
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残基名
select aas, resn ASP+GLU+ASN
核酸名
select bases,resn A+G
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resi
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i.
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残基编号
select mults10,resi 1+10+100``select nterm,resi 1-10
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alt
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alt
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alternate-conformation-identifier-list
select altconf,alt A+""
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chain
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c.
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选择相应的链
select firstch,chain A
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segi
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s.
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选择片段特征
select ligand,segi lig
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flag
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f.
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从0到31的单整数
select f1,flag 0
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numeric_type
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nt.
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单个整数
select typel, nt. 5
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text_type
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tt.
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type-string
select subset,text_type HA+HC
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id
|
id
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单整数外部索引
select idno,id 23
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index
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idx.
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单整数内部索引
select intid,index 11
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ss
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ss
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二级结构
select allstrs,ss H+S+L+""
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数字选择表
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—数字选择—
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—短字符—
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—参数和例子—
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b
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b
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beta因子
select fuzzy,b>10
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q
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q
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占有率值
select lowcharges,q>0.50
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formal_charge
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fc.
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形成电荷值
select doubles,fc.=-1
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partial_charge
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pc.
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部分电荷值
select hicharges,pc.>1
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select nterm,resi 1+2+3
select nterm,resi 1-3
select unstruct,ss " "
选择操作和修饰表格
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—操作—
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—短字符—
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—影响—
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not s1
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!s1
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不包括
select sidechains,!bb
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s1 and s2
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s1&s2
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选择既在s1又在s2中的原子
select far_bb,bb&farfrm_ten
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s1 or s2
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s1|s2
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选择s1或者s2中的原子（也就是包含全部的s1和 s2原子）
select all_prot,bbsidechain
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s1 in s2
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选择s1中的那些原子，其identifiers (name, resi, resn, chain, segi) 全部符合s2中对应的原子
select same_atms,pept in prot
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s1 like s2
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s1 |.s2
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选择s1中的那些原子，其identifiers (name, resi) 符合s2中对应的原子
select similar_atms,pept like prot
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s1 gap X
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选择那些原子，其van der Waals半径至少和s1的 van der Waals半径相差X
select farfrm_ten,resi 10 gap 5
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s1 around X
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s1 a.X
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选择以s1中任何原子为中心，X为半径，所包括的所 有原子
select near_ten,resi 10 around 5
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s1 expand
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s1 x.X
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选择以s1中任何原子为中心，X为半径，然后把s1 扩展至该新的范围所包含的所有原子
select near_ten_x,near_ten expand 3
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s1 within X of s2
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s1 w.X of s2
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选择以s2为中心，X为半径，并包含在s1中的原子
select bbnearten,bb w. 4 of resi 10
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byres s1
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br. s1
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扩展完整的分子
select complete_mol, bm. bbnear10
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bymolecule s1
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bm.s1
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故名思义，下同
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byfragment s1
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bf. s1
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select complete_frag, bf. bbnear10
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bysegment s1
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bs. s1
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select complete_seg, bs. bbnear10
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byobject s1
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bo. s1
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把选择扩展到全部object
select near_obj, bo. near_res
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bycell s1
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byring s1
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1.8.2新功能
select rings,byring (all)
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neighbor s1
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nbr. s1
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选择直接和s1相连的原子.
select vicinos,neighbor resi 10
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bound_to s1
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bto. s1
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s1 extend X
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s1 xt. X
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selecr connect_x,near10 extend 3
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pepseq SEQ
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ps. SEQ
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select 1tvn and ps. FATEW
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rep
rep
|
|
select sele,rep spheres
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大量快速选择
select pept and
