生物分子交互作用与cytoscape (一)

今天我们开始cytoscape构建网络专题。下周同一时间会进行第二期的更新！请大家及时关注。

生物学中有什么研究可以用网络来表示呢？比如：

(1)   蛋白质网络

(2)   代谢网络

(3)   信号网络

(4)   基因转录调控网络

一张简单基因网络结构示意图是这样子的，有节点，有互作关系。

Cytoscape是由许多研究单位共同开发的一个开源的网络构建软件。

利用该软件构建网络的效果图如下：

左边这幅是我们用其构建的上位性网络的图片，右边这幅表示基因互作网络。

作图之前，为了对该软件的数据有一个清晰的认识，我们先来了解一下网络的基本知识。

网络分有向网络和无向网络。两者的区别就是有无互作方向。有向网络可以表示基因的转录调控，可以是实验验证的生物学通路上下游关系，也可以使Chip-seq的结果，也可以是数据库已知的结果。

ØTRANSFAC数据库

http://www.gene-regulation.com/pub/databases.html

TRANSFAC数据库是关于转录因子、它们在基因组上的结合位点的数据库。

ØTRRD数据库

（http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/mgs/gnw/trrd/）

ØRegulonDB数据库

（http://regulondb.ccg.unam.mx/）

ØSCPD数据库

（http://rulai.cshl.edu/SCPD/）

ØJASPAR数据库

（http://jaspar.genereg.net）

ØDBD数据库

（http://www.transcriptionfactor.org）

无向网络可以是蛋白互作网络，没有方向性。可以利用数据库构建：

DIP数据库

http://dip.doe-mbi.ucla.edu/dip/Main.cgi

DIP数据库是专门存储蛋白质相互作用信息的数据库。该数据库中也包含人工检查的可靠信息和自动计算方法所获取的高通量数据。

HPRD数据库

http://www.hprd.org/

数据库。该数据库仅收录人

类数据，是一个包含了蛋白注释信息，蛋白转录后修饰以及蛋白互作等多种信息的人类综合性数据库。

除此之外，还有：

ØBIND

    主要记录蛋白质互作在内的生物分子间的相互作用信息，并将其中的信息分为经过人工检查的可信信息和高通量数据信息。

ØMIPS

    MIPS数据库是一个跨物种的综合性数据库，包含多种数据库信息。其中的CYGD数据库提供了比较完整酵母蛋白质互作信息。而MIPS哺乳动物数据库MPPI则提供了经过人工检查的哺乳动物蛋白质互作信息。

ØBioGrid

    BioGrid数据库是一个包含多物种蛋白质互作信息的数据库。数据库中包含来自多个物种的互作信息，其中即包括物理互作信息也包括遗传互作信息。

ØSTRING

    STRING数据库是一个蛋白质间预测的功能相关性的一个数据库。STRING数据库是用来浏览和分析这些相关性的一个预计算的全局资源，包含了一种独特的基于对一个常用参考数据集的不同类型相关性基准的打分框架，整合为每个预测的一个单个置信分数。推断的、加权的蛋白质相互作用网络的图形化展示提供了功能链接的一个高水平查看，促进了生物过程中的模块化分析。

##Cytoscape功能特性

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