专栏名称: i生信
专注生物分析最前沿,定期为大家解读最新高分经典生信文章,为大家提供生信分析思路和套路,方便大家短平快发SCI。
目录
相关文章推荐
時間的玩家TimeIsArt  ·  每日临在 | 2025.01.06 ·  11 小时前  
硬派健身  ·  趣图 |​​ ​一图解:啥叫敢怒不敢言 ·  4 天前  
51好读  ›  专栏  ›  i生信

中山大学附属第一医院团队巨噬细胞研究新突破登上NC,实验验证力度大幅提升!

i生信  · 公众号  ·  · 2024-08-27 11:00

正文

对比湿实验以年为单位作为计时单位、以数万为耗资单位的特性,干实验凭借其短平快特性在课题设计中脱颖而出,为了避免大家在课题执行时损失一个亿,今天小编就以一篇2024年发表在NC上的文章为例,一起来看看大佬是如何利用干实验提高证据力度的吧。

文章标题CD276-dependent efferocytosis by tumor-associated macrophages promotes immune evasion in bladder cancer.

主要研究内容:这篇文章主要探究了肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)表达的CD276分子在膀胱癌(BLCA)发展和免疫逃逸中的作用,并探究了CD276作为免疫治疗靶点的潜力。

划重点:这篇文章重点关注了主角分子CD276

大大的问号1:为什么要选CD276作为主角分子?即主角分子是怎么筛出来的呢?

主角分子筛选依据:

  1. 文献回归+作者前期基础:CD276是一种免疫检查点基因,CD276阻断具有抗肿瘤作用。但是在膀胱癌中的临床意义尚不明确。

  2. 膀胱癌患者组织中CD276的表达水平异常升高。

  3. 干实验证明CD276高表达与较差预后相关,推测CD276可以作为膀胱癌患者预后的标志物。

大大的问号2:主角分子初步确定之后,如何进一步确定主角分子的功能?

功能实验验证:构建CD276全身敲除小鼠模型,作者发现敲除CD276能够显著提高小鼠的存活率,减少肿瘤的重量和体积,降低肿瘤细胞的增殖指数,增加肿瘤中的凋亡细胞和CD8+ T细胞的浸润。

大大的问号3:动物模型初步验证表型之后,如何进行更深入的研究?比如探究细胞水平的影响?

单细胞测序及分析:作者探究了CD276敲除对小鼠膀胱癌肿瘤微环境的影响,发现CD276敲除会导致肿瘤相关巨噬细胞的数量显著减少。

功能实验验证:通过特异性敲除CD276,作者进一步研究了CD276在肿瘤相关巨噬细胞中的作用,结果发现肿瘤相关巨噬细胞中CD276的缺失会抑制肿瘤的进展。

大大的问号4:到目前为止,受主角分子影响的核心细胞群也已经定下来了,即主角分子是要通过核心细胞群来起作用的,但是主角分子是如何影响核心细胞群的呢?具体的机制是什么?

单细胞数据分析:作者发现CD276的缺失会导致肿瘤相关巨噬细胞中与吞噬作用相关的基因表达下调,且下调基因显著富集在溶酶体、内吞、吞噬体等相关通路,作者推测CD276可能通过影响TAMs的胞葬作用来促进肿瘤的免疫逃逸。

机制实验验证:作者发现CD276激活溶酶体信号通路和转录因子JUN,调控AXL和MerTK的表达,导致肿瘤相关巨噬细胞中胞藏作用增强。

最后,作者发现,与单独干预相比,同时阻断CD276和PD-1能更好地抑制肿瘤生长。最终,CD276凭借对肿瘤相关巨噬细胞中胞藏作用的影响,妥妥成为一枚联合免疫治疗的潜在明星。

写在最后:通篇看下来,小编不得不感慨作者讲故事的逻辑性,虽然主角分子选取的相对没那么有创新性(CD276促进肿瘤免疫逃逸是已知的),机制的选取也相对没有创新性(肿瘤相关巨噬细胞促进肿瘤免疫抑制也是已知的,甚至胞藏作用会导致肿瘤免疫也是已知的),但是作者在这篇文章中完成了相关性说明到表型验证到机制验证,最后再到临床应用,层层递进,最终故事还是非常圆满的

如果想进一步提高发文层次,冲击更高分的大子刊,则需要有更高的创新性才行,比如更有创新性的主角分子/核心细胞群/具体作用机制,这时候可以考虑直接从公共的单细胞数据中进行筛选,而不是仅仅依赖于已发表文章。


-广告-

如果大家对生信辅助发文生信辅助课题设计方向感兴趣,可以联系我们(扫描下方二维码添加小秘书)。

生信工程师专门对接

个性化分析方案定制





“小张聊科研”团队郑重声明:我公司对外联络的渠道为企业微信及企业邮箱,请大家认准@解颐生物的企业微信,及@joyebio.com的企业邮箱。

阅读推荐: