生信入门（四）

从我们 生信技能树 历年的几千个马拉松授课学员里面募集了一些优秀的创作者，某种意义来说是传承了我们生信技能树的知识整理和分享的思想！

今天的是三周合计15天的数据挖掘授课学员一点一滴整理的授课知识点笔记哦，还有互动练习题哈，欢迎大家点击文末的阅读原文去关注我们学员的公众号哦！

1. R包介绍

1.1 R包是什么？

• 多个函数的打包

• 包含函数、数据、帮助文档、描述文件

• 具有相应的功能

1.2 为什么要安装R包

特定的分析功能，需要用到相应的包来实现。

tips：目的不是学会某个具体的R包，而是找所有R包使用的规律。

2. R包在哪里找

R包一般是在CRAN、Bioconductor和github中，不同来源的包可能安装的方式也略有不同，如果在线安装不成功，也可以先将R包下载到本地，再进行安装。

（1）CRAN网站

install.packages('package')

（2）Bioconductor

BiocManager::install('package')# BiocInstaller::biocLite() 这个是过时的命令

（3）github

devtools::install_github('jmzeng1314/idmap1')

注意如果所想要安装的R包过时了，那么可以从github下载之前的R包版本。

remotes::install_version('ggplot2', version='1.0.1')# 版本可以直接取CRAN中查询
# 本地安装，先下载到本地install.packages('qlcMatrix_0.9.7.tar.gz', repo=NULL,type='source')
# 或者使用链接也行# https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/qlcMatrix/a 'https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/qlcMatrix/'install.packages(a, repo=NULL)

检验R包安装成功的 金标准 是：

library(packagename)

如果没有error就说明安装成功了。warning不需要管。

# loading this package installing your R.library(packages)

（4）怎样实现快速下载

大部分的包都是老外写的，当我们想要获取这些包的时候就需要从外网下载这些包，受网络的限制，安装这些包时就会特别慢。因此我们就需要一些工具（镜像），来提升我们安装包的速度。在这些镜像中，绝大多数的包都已经从国外下载到了本地（国内的数据库）中，常见的国内镜像有清华源（https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/）、阿里、豆瓣、北外（这个在python中见过）。通常来说，选择离自己最近的镜像，下载速度最快。镜像的设置有两种方法：

方法1：tools >> global option >> packages

方法2：代码设置

options("repos"=c(CRAN="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/DRAN"))

（5）R包的安装和使用逻辑

已经安装的包使用::快速调用里面的函数。

if(!require(stringr))install.packages('stringr')# if(TURE)install.packages('') 执行安装# if(FALSE)install.packages('')不执行安装

（6）常见疑问

注意：有时候在安装R包时，会询问你是否更新R包。

这时候你必须按照R的提示来运行，如果不回答它，就会一直问。

tips：学R语言要高冷，能no就no，no不行再yes；学linux要听话，让你yes你就yes。

更新R包： 取消加载，卸载，重启session，安装。

# 再安装一次已安装的包，就更新了install.packages("ggplot2")
#更新library里所有包update.packages()
version     #查看现有R版本install.packages("installr")library("installr")updateR()   #安装并加载installr包，并调用里面的函数updateR()

注意：写代码要符合语法规则。

介绍一个R包管理工具——pacman

使用pacman包来方便快捷的批量管理各种r包 (qq.com)

3. R包如何使用——获取帮助

古人云“授人以鱼不如授人以渔”。因此在学R语言时，我们不能把所有的包都学会。R包千千万，老师上课也不可能将所有的包都教一遍。这时R包的帮助文档就是我获取这个R包信息的一手资料库，那么我们到底该如何查看R包的帮助文档呢？

（1）快速查看函数帮助文档

方法一

# 在R中运行?函数/包?limma

方法二

在浏览器中搜索该包，查看该包的官方文档。

4. 认识R语言的字符