1. 提高疫苗疗效的方法：
整合更广泛、更精确的癌症特异性新表位，以引起更强的细胞免疫反应，覆盖更大比例的肿瘤细胞，解决肿瘤异质性问题，并降低免疫逃避的风险。
2. LSTV（长结构变异转录本）的重要性：
癌细胞的基因组变异（如倒位、易位、缺失和插入）可能产生LSTV，这些LSTV可提供免疫原性新表位，为免疫疗法靶点提供重要来源。LSTV比单核苷酸变异（SNV）提供更多潜在的MHC-I和MHC-II限制表位。
3. 基于FL-RNC序列的免疫原表位鉴定：
研究基于FL-RNC（全长转录本测序）序列成功鉴定了来自LSTV的免疫原表位，扩大了癌症中MHC-I和MHC-II限制表位的可用范围。
4. mRNA疫苗的显著疗效：
包含这些新表位的mRNA疫苗在单药治疗或与PD-1阻断联合治疗中表现出显著的肿瘤抑制作用，能激发肿瘤特异性T细胞应答，并重塑整个肿瘤微环境。
5. MHC-II类限制新表位的重要性：
MHC-II类限制的新表位对抗肿瘤细胞免疫反应至关重要，但准确预测免疫原性MHC-II新表位仍具挑战性。改进的预测算法FIONA2可更准确地预测MHC-I和MHC-II限制表位。
6. 疫苗诱导的T细胞免疫反应：
通过单细胞转录组和V(D)J分析，发现T.eff（效应T细胞）和T.ex（耗竭T细胞）细胞群主要对疫苗做出反应，诱导了癌细胞的免疫原性细胞死亡（ICD），激活了肿瘤免疫微环境。
7. 未来展望：
基于FL-RNC测序和MHC预测算法，从LSTV中鉴定出的新表位可用于开发治疗性癌症疫苗，适用于TMB较低的癌症。该方法为个性化癌症疫苗的开发铺平了道路，有望应用于更具挑战性的癌症类型（如急性髓性白血病和胶质母细胞瘤）。
参考资料：
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