▉ 导读
上篇
PROTAC技术详梳理-1-总结篇
详细介绍了PROTAC技术
在克服耐药和靶向不可成药靶点方面展现出了非常大的潜力
,介绍了
PROTAC技术的作用原理以及独特的应用价值。
同时对目前PROTAC
技术领域的龙头企业的布局以及研究情况进行了简略介绍。这一期我们将在
分子以及结构层面更加具体的介绍PROTAC技术究竟有哪些不可替代的优势
。
▉ 机理层面的优势
基于事件驱动
(
event-driven
)
的PROTAC技术和基于占据驱动理论(occupancy-driven)的小分子抑制剂
小分子药物一般
是基于传统
占据驱动理论
(
occupancy-driven,上图B
)来阻断蛋白功能,这些小分子包括
酶抑制剂,受体拮抗剂
等,一般是与体内的内源小分子竞争结合靶点。这就对小分子有非常高的要求,包括必须与靶点的
活性位点完美契合,活性要非常高,需要经常给药维持起作用的浓度
。反观基于
事件驱动理论
(event-driven,
上图A
)
的PROTAC技术具有诸多优势,比如可直接
干掉靶点
,而不是简单抑制,其次是降解靶点的配体分子
不一定非要与靶点的活性位点结合
,而是只要能和该靶点的其他位置结合都可以(
“undruggable” proteins的机会
)
,而且结合的活性并不一定很高。这就让我想到当时针对某个靶点合成的一堆化合物,那些活性不是特别好的似乎也并不是一无是处了。最后一点,PROTAC分子是具有催化性的,蛋白降解后PROTAC分子可继续发挥作用,所以需要的量很少。
▉ 相比其他技术的优势
在DNA、RNA或蛋白质水平上分别用CRISPR、RNAi 或PROTAC策略治疗疾病
除了小分子以及PROTAC技术,还有通过调控
基因层面
的方式来治疗疾病。就比如我们所熟知的
CRISPR技术
以及
RNA干扰技术
。
CRISPR技术
具有巨大的潜力,可以修改有缺陷的基因组DNA,尤其是DNA突变,从而有可能治愈某些疾病。CRISPR的第一项临床试验
(
CTX001,CRISPR Therapeutics公司和Vertex Pharmaceuticals公司)
用于治疗
β地中海贫血
(NCT03655678)
和
镰刀型细胞贫血症
(
NCT03745287)
,
已分别在欧洲和美国开展,
但是该方法有潜在的
脱靶效应
。
另一项RNAi技术
,通过破坏
特定致病RNA的稳定性
被设计用于靶向治疗。
并且第一种RNAi药物Onpattro (
也称为Patisiran, Alnylam Pharmaceuticals
)
于2017年批准,用于治疗
遗传性转甲状腺素蛋白淀粉样变性(
hATTR
)
。
(
Onpattro是一种靶向甲状腺素运载蛋白(TTR)的siRNA疗法,能发挥RNAi对基因的“沉默”效果,通过抑制特定mRNA的表达,有效阻止变异甲状腺素运载蛋白的生成,清除组织里的淀粉样蛋白沉积,恢复组织功能。
)然而,
脱靶
毒性
和
药物递送
效率
仍然是一大限制。鉴于CRISPR和RNAi以及其他小分子抑制剂的局限性,
PROTAC技术
由于其独特的
降解靶点蛋白
的功能定会引起越来越多的关注。
越来越多的证据表明,PROTACs分子与它们的目标蛋白可以被模拟成
三元复合物结合的平衡态
,
特定配体(
PROTAC分子
)诱导的分子识别
可以表现出显著的
协同作用整体性
。尽管如此,许多现有的药物设计和优化方案仍然专注于
二元靶点的接合
(
只能一个蛋白一个蛋白的分析和分子的作用模式,不能够三元整体分析,有时候解释的结果可能以偏概全
),原因是
三元复合物的结构数据有限
。近年来PROTAC分子介导的蛋白质复合物的
晶体结构
解析成功,更加
强调这两个靶蛋白和这个PROTAC小分子
三者复合物整体的重要性
,下面我们以第一个PROTAC三元复合物晶体结构(
VHL-MZ1-Brd4(BD2)
),整体介绍一下这个复合物的特性。
PROTAC诱导三元复合物及其生物物理性质(A) VHL:MZ1:Brd4的晶体结构。(B) MZ1与三元复合物结合时的构象。(C)蛋白A、蛋白B和PROTAC三元复合物的平衡。(D)三元复合物形成量及其与协同性关系的模拟。
17年Gadd等人首次
得到了PROTAC分子-MZ1与VHL和Brd4(
BD2
)结合的晶体结构,这样便可以整体的分析相互作用模式。从下图我们可以看出MZ1结合到由VHL和
Brd4(
BD2
)
之间PPIs形成的
碗状口袋
上。碗状结构的底部由
两组非极性相互作用
产生(
下图b
),而碗状结构的
边缘主要是通过互补的静电相互作用
(
下图d
)