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PROTAC技术详梳理-2-分子与结构机理篇

药事纵横  · 公众号  · 药品  · 2021-02-01 09:02

正文

▉ 导读

PROTAC技术

上篇 PROTAC技术详梳理-1-总结篇 详细介绍了PROTAC技术 在克服耐药和靶向不可成药靶点方面展现出了非常大的潜力 ,介绍了 PROTAC技术的作用原理以及独特的应用价值。 同时对目前PROTAC 技术领域的龙头企业的布局以及研究情况进行了简略介绍。这一期我们将在 分子以及结构层面更加具体的介绍PROTAC技术究竟有哪些不可替代的优势

▉ 机理层面的优势

基于事件驱动 event-driven 的PROTAC技术和基于占据驱动理论(occupancy-driven)的小分子抑制剂

小分子药物一般 是基于传统 占据驱动理论 ( occupancy-driven,上图B )来阻断蛋白功能,这些小分子包括 酶抑制剂,受体拮抗剂 等,一般是与体内的内源小分子竞争结合靶点。这就对小分子有非常高的要求,包括必须与靶点的 活性位点完美契合,活性要非常高,需要经常给药维持起作用的浓度 。反观基于 事件驱动理论 (event-driven, 上图A ) 的PROTAC技术具有诸多优势,比如可直接 干掉靶点 ,而不是简单抑制,其次是降解靶点的配体分子 不一定非要与靶点的活性位点结合 ,而是只要能和该靶点的其他位置结合都可以( “undruggable” proteins的机会 ) ,而且结合的活性并不一定很高。这就让我想到当时针对某个靶点合成的一堆化合物,那些活性不是特别好的似乎也并不是一无是处了。最后一点,PROTAC分子是具有催化性的,蛋白降解后PROTAC分子可继续发挥作用,所以需要的量很少。

▉ 相比其他技术的优势

在DNA、RNA或蛋白质水平上分别用CRISPR、RNAi 或PROTAC策略治疗疾病

除了小分子以及PROTAC技术,还有通过调控 基因层面 的方式来治疗疾病。就比如我们所熟知的 CRISPR技术 以及 RNA干扰技术 CRISPR技术 具有巨大的潜力,可以修改有缺陷的基因组DNA,尤其是DNA突变,从而有可能治愈某些疾病。CRISPR的第一项临床试验 ( CTX001,CRISPR Therapeutics公司和Vertex Pharmaceuticals公司) 用于治疗 β地中海贫血 (NCT03655678) 镰刀型细胞贫血症 ( NCT03745287) 已分别在欧洲和美国开展, 但是该方法有潜在的 脱靶效应

另一项RNAi技术 ,通过破坏 特定致病RNA的稳定性 被设计用于靶向治疗。 并且第一种RNAi药物Onpattro ( 也称为Patisiran, Alnylam Pharmaceuticals ) 于2017年批准,用于治疗 遗传性转甲状腺素蛋白淀粉样变性( hATTR ) ( Onpattro是一种靶向甲状腺素运载蛋白(TTR)的siRNA疗法,能发挥RNAi对基因的“沉默”效果,通过抑制特定mRNA的表达,有效阻止变异甲状腺素运载蛋白的生成,清除组织里的淀粉样蛋白沉积,恢复组织功能。 )然而, 脱靶 毒性 药物递送 效率 仍然是一大限制。鉴于CRISPR和RNAi以及其他小分子抑制剂的局限性, PROTAC技术 由于其独特的 降解靶点蛋白 的功能定会引起越来越多的关注。

▉ 三元复合物作用模式晶体

越来越多的证据表明,PROTACs分子与它们的目标蛋白可以被模拟成 三元复合物结合的平衡态 特定配体( PROTAC分子 )诱导的分子识别 可以表现出显著的 协同作用整体性 。尽管如此,许多现有的药物设计和优化方案仍然专注于 二元靶点的接合 ( 只能一个蛋白一个蛋白的分析和分子的作用模式,不能够三元整体分析,有时候解释的结果可能以偏概全 ),原因是 三元复合物的结构数据有限 。近年来PROTAC分子介导的蛋白质复合物的 晶体结构 解析成功,更加 强调这两个靶蛋白和这个PROTAC小分子 三者复合物整体的重要性 ,下面我们以第一个PROTAC三元复合物晶体结构( VHL-MZ1-Brd4(BD2) ),整体介绍一下这个复合物的特性。

PROTAC诱导三元复合物及其生物物理性质(A) VHL:MZ1:Brd4的晶体结构。(B) MZ1与三元复合物结合时的构象。(C)蛋白A、蛋白B和PROTAC三元复合物的平衡。(D)三元复合物形成量及其与协同性关系的模拟。

17年Gadd等人首次 得到了PROTAC分子-MZ1与VHL和Brd4( BD2 )结合的晶体结构,这样便可以整体的分析相互作用模式。从下图我们可以看出MZ1结合到由VHL和 Brd4( BD2 ) 之间PPIs形成的 碗状口袋 上。碗状结构的底部由 两组非极性相互作用 产生( 下图b ),而碗状结构的 边缘主要是通过互补的静电相互作用 ( 下图d )







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