孟德尔随机化竟然还能这么用？山东第一医科大学团队教你用MR 2.0 3个月发6分+，这泼天小众MR套路你要不要？

生信图书馆 · 公众号 · · 2025-01-24 19:00

正文

旋转，跳跃~馆长登场！最近真是雷雨不断呀！台风“摩羯”过后，广东、海南的朋友们还好吗。这么严酷的天气，大家一定要待在实验室好好看文献，馆长的孟德尔随机化小火车又双叒叕发车了！

今天给大家带来的是山东第一医科大学附属医院团队带来的，内容短小精悍，却不失干货和创新点，0实验 5图发6分二区，下面，跟着馆长看看这篇文章究竟有什么过人之处吧！

1、Mantel测试的应用：使用Mantel测试来识别细胞群体的生物标记物，这是一种新颖的方法，可以研究细胞群体对肿瘤的整体影响。

2、结合MR分析和观察性研究：通过这种独特的方法组合，研究了初始CD4+ T细胞及其分化亚型对LUAD的影响，提高了研究结果的可靠性，并为未来的临床肿瘤学研究提供了新的研究模式。

3、除了上述创新点之外，作者还指出文章存在的局限性：包括MR分析中数据的不完整性，ssGSEA算法在估计免疫细胞浸润方面的局限性，Th2细胞促进肿瘤生长效应的实验证据不足，以及T辅助细胞群体与细胞标记物之间的相关性不一致。

是局限性也是我们继续创新的点，这篇研究重点主要集中在细胞水平上，对免疫细胞产生的细胞因子及其相互作用的研究有限，聪明的小伙伴肯定会想到单细胞RNA测序啦。如果你此刻选题拿不准、思路搞不定，随时可以联系馆长哦，馆长可以让你的文章少走弯路，更快见刊哦！

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题目：初始CD4+ T细胞及其分化亚型在肺腺癌中的作用以及潜在的调控途径

杂志： Journal of Translational Medicine

影响因子：IF=6.1

发表时间：2024年08月28日

研究背景

LUAD是最常见的非小细胞肺癌亚型，其发展受到多种因素的影响，其中TME起着显著作用。TME是一个动态系统，由多种细胞类型、信号分子和细胞因子相互作用构成的复杂网络。其中初始CD4+ T细胞是未遭遇抗原刺激的潜在免疫反应细胞，它们在激活后可以分化为多个亚群，每个亚群都有其特定的功能和作用。因此阐明初始CD4+ T细胞及其分化亚型在LUAD中的作用对于制定肿瘤免疫治疗策略具有重要意义。

研究思路

研究者通过MR分析和观察性研究的结合，利用GWAS研究数据库中的单核苷酸多态性数据和癌症基因组图谱数据库的转录组数据，应用ssGSEA、Mantel测试、KEGG数据库富集分析、生存分析和Cox回归分析等技术方法，全面评估初始CD4+ T细胞及其分化亚型在肺腺癌中的作用和临床相关性，以探索其在TME中的功能和潜在的免疫治疗靶点。

数据来源

数据集	数据库	数据类型	详细信息
ebi-a-GCST004744	EBI	GWAS数据	涉及63,053名欧洲人，包括11,273名病例和55,483名对照
TCGA-LUAD	TCGA	RNA-Seq	包括59个非癌组织样本和535个癌组织样本

主要结果

1. 初始CD4 T细胞对LUAD+有保护作用

研究者通过IVW方法筛选336种T细胞表型，识别出12个亚型（图1A），其中仅初始CD4+ T细胞的CD4表达与LUAD有显著相关性，显示出对LUAD的保护作用（图1B）。利用TCGA数据库的 LUAD mRNA 数据和 CellMarker 数据库进一步验证，发现初始CD4+ T细胞在LUAD中的浸润水平存在显著差异，并表现出抑制肿瘤的效果（图2）。

图1 T细胞在LUAD中的作用

图2 生存分析结果

2. 来自初始CD4 + T细胞分化的亚型细胞对LUAD表现出双重作用

随后利用 ssGSEA算法计算了Th1、Th2、Th17、Treg和Tfh在样本中的浸润得分，并分析了这五种细胞类型与临床特征的关系，结果显示，以总生存（OS）为主要研究终点时，Th2对LUAD有显著促进作用（图3A），在无病生存（DFS）或无进展生存（PFS）为终点时也观察到类似效果（图3C-D）。而以疾病特异性生存（DSS）为主要终点时，Treg表现出显著的抑制作用（p=0.03；图3B）。通过 GSEA信号通路富集分析，高水平Th2浸润与去泛素化酶途径相关（图4A），Treg浸润与中性粒细胞脱颗粒相关（图4C）。这些结果表明， Th2和Treg细胞的浸润可能通过不同的机制影响LUAD的发展。

图3 基于单变量Cox回归分析结果的森林图

图4 关键调控因子或细胞GSEA途径富集分析及相关性分析

3.CD4标记从初始 CD4 + T 细胞分化的细胞亚型

研究者使用 Mantel测试评估了初始CD4+ T细胞分化的辅助T细胞亚型（包括Th1、Th2、Th17、Treg和Tfh）与细胞标记物之间的相关性，发现它们与CD4表达水平强相关（图5A）。利用CD4标记的T辅助细胞在LUAD中显示出双向调节效应，尽管统计学意义不显著（图5B）。 GSEA分析显示，这些细胞与中性粒细胞脱颗粒、MAPK家族信号通路和血小板激活、信号传导及聚集等途径的基因富集相关（图5C）。进一步分析表明，CD4标记的T辅助细胞与中性粒细胞介导的肿瘤清除、MAPK信号通路和血小板激活相关的关键调控基因或细胞有显著相关性（图5D-F），提示T辅助细胞可能通过这些途径影响LUAD的发展。

图5 CD4标记的辅助性T细胞群在LUAD中的作用

文章小结

这篇文章应用了 Mantel测试来评估T细胞亚型与细胞标记物的相关性（使用Mantel测试来识别细胞群体的生物标记物，这是一种新颖的方法，可以研究细胞群体对肿瘤的整体影响），通过生存分析探讨了CD4标记的T辅助细胞对肺腺癌患者总生存的影响，并运用GSEA来识别这些细胞与关键生物学过程的基因表达富集情况，最后通过相关性分析来验证这些细胞与肺腺癌发展中关键调控基因或细胞的关联。

文章结合MR和观察性研究，通过这种独特的方法组合，提高了研究结果的可靠性，并为未来的临床肿瘤学研究提供了新的研究模式。看到这里，宝子们是否觉得这个思路有可做之处？我们也可以学习别人优秀的思路，换一种疾病或方向，化为己用并加上自己的创新想法，这就是专属于你的高分文章了！如果你需要馆长的帮助，就要直接扫码来咨询馆长哦，馆长这里有很多适合你的思路，千万不要错过！

馆长有话说

孟德尔随机化竟然还能这么用？山东第一医科大学团队教你用MR 2.0 3个月发6分+，这泼天小众MR套路你要不要？

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主要结果

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