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这篇你还是别看了,像我这么吹牛没好处的

实验万事屋  · 公众号  · 科研  · 2017-08-03 08:23

正文

你还是点开了?


好吧,感谢大家站得这么正,坐得这么直来看我吹牛。嗯,今天是要给你们来吹牛的,这次吹的这个牛要分几天来把它吹完。这个牛的题目叫做《GABPA transcription activates PRR11-SKA2 to regulate tumorigenesis in small cell lung cancer》听上去是不是就比较高大上了,是不是比较配这样的:



那,我就开吹了……用的就是最简单的GEO作为开场的,先吹为敬了哈,首先先找一张芯片:



我找的就是个2013年的芯片,可以看到,当时日本人做这个芯片发的文章讲的是PRC2,和我要讲的内容没什么冲突,于是,我就用做了一下芯片的均一化分析:



不要问我这是用啥做的哈,前几天都跟你们说了……接着,直奔重点,分析了一下这个芯片的热图:



和火山图:



嗯,这都是用同一个网站做的,超简单超方便呢……接着我们可以看到,用贝叶斯分析出来的p值最小的差异基因,是SKA2:



我们来调一下图片,看看SKA2是不是在肺癌中高表达看:



这个搜文献图片的搜索引擎也是相当好用,搜索“SKA2 Lung”,我们很快就找到了,确实SKA2在肺癌中高表达。特别是这样的WB结果:



我们回头看一下哈,这个SKA2在GEO的芯片中,显示的确实有很强的表达差异:



我们可以发现一个按钮,这个按钮叫“Chromosome neighbors”,这啥意思,就是给你们打开新世界大门的钥匙,找的是SKA2在染色体上临近基因,于是我们可以看到:



临近的基因有这些,这些基因也都有表达差异,最明显的就是PRR11。知道这些有啥用呢,还怎么继续往下吹牛呢?明天再说吧。

华丽丽的分割线


李莫愁博士:这几天我随便翻了翻我们之前的推送,吓我一跳,有好多我自己都不记得了。有一个主要的发现就是,要是天天认认真真看我们帖子,还能自己去实践的,那还愁什么课题……哈哈哈哈……


GEO上芯片千千万,随便搜搜都能挖出结果来,有人说,这芯片不是人家用过的么?你们喝的酸奶不也是乳酸菌次生代谢产物么……这不重要,好用就行了,总结一下今天的帖子:今天首先挖了一个GDS的芯片,然后找出了差异基因,发现这个差异基因在染色体上临近的基因也有差异表达。接下去要怎么吹牛呢,明天再说,今天就先策到这里吧……


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