今天这篇文章，是中山大学第一附属医院耳鼻喉科医院的陈德猛团队发表在14.7分的Nature子刊Nat Commun上的文章，这篇文章讲的是在抗CD276的抗体α-CD276耐药过程中巨噬细胞的浸润以及T细胞的耗竭，其实也就是耐药过程中肿瘤细胞、巨噬细胞与T细胞之间的Crosstalk：
首先，他们用单细胞测序（下面这个UMAP图，就是通过单细胞测序活动的，通过基因表达作为多维的主成因分析，并进行降维成这样的2D图形，通过这样的图来对不同的基因表达特征的细胞进行分簇分析，UMAP和tSNE都是这样的原理，不熟悉的话，可以去看看《列文虎克读文献》和《夏老师带你读文献》），分析了α-CD276用药后小鼠模型。α-CD276用药的小鼠，根据形成肿瘤的大小，分成了对照组、敏感组和耐受组。结果发现，与耐药组和对照组相比，敏感组小鼠样本中CD8+ T细胞和 CD8+ GZMB+ T细胞的浸润明显增加了：
通过对耐受组和敏感组之间，以及Scissor +细胞（分别表示与目标表型呈正相关的细胞亚群）的差异基因分析，他们发现了差异基因中ITGB6可能参与了α-CD276耐药。那么提出了这样的假设，要进一步怎么样来论证呢？他们首先通过敲减，分析了ITGB6与α-CD276耐药之间的相关性：
通过这样的敲减ITGB6后，查看α-CD276治疗耐药的情况，来验证ITGB6作为介导对α-CD276治疗耐药的关键基因（这其实就是柯霍氏法则的验证过程，不清楚柯霍氏法则的话，可以看看《科研的推理和逻辑：从实验台到咖啡桌》和《轻松的文献导读》）。敲除ITGB6后，可以使小鼠HNSCC（头颈部鳞状细胞癌）中的α-CD276耐药性得到缓解，同时，也增加了CD8+ T细胞和 CD8+ GZMB+ T细胞的浸润：
与对照组的小鼠相比，ITGB6敲除的小鼠中，MoMΦDC（单核细胞/巨噬细胞/树突状细胞）和γδT细胞百分比降低，而中性粒细胞、CD8+ T细胞和 CD4+ T细胞的比例增加。而通过单细胞测序中的配体受体之间的关联性，他们发现ITGB6肿瘤细胞，可能与MoMΦDC之间的交互最多。当ITGB6被敲除后，在这些MoMΦDC，PF4+的巨噬细胞与肿瘤细胞之间的Crosstalk明显减少。于是他们就进一步迭代了假设（课题的推进，其实就是通过在得出结果后，对已有结果以及已知的信息进行分析，然后进一步的假设迭代，不清楚假设和假设迭代的话，可以看看《科研的推理和逻辑：从实验台到咖啡桌》和《列文虎克读文献》），假设ITGB6+肿瘤细胞可能是与PF4+的巨噬细胞产生了互作：
而进一步对PF4+ 巨噬细胞进行分析，他们发现PF4+ 巨噬细胞比例增多，则患者的存活率较低，同时CD8+ T细胞的浸润和杀伤能力会减弱：
ITGB6+肿瘤细胞与PF4+ 巨噬细胞之间的互作关系，是通过CX3CL1-CX3CR1这样的配体受体互作导致的。如果阻断了CX3CL1-CX3CR1这个轴可以抑制肿瘤细胞α-CD276耐药性的产生，那么ITGB6+肿瘤细胞与PF4+ 巨噬细胞之间的互作就是肿瘤细胞α-CD276耐药性的关键（这就是一个充分条件的假言推理，在这个推理的过程中，必须要通过肯定前件或者否定后件，才能得到结果，不清楚肯定后件逻辑谬误的话，可以去看看《科研的推理和逻辑：从实验台到咖啡桌》和《列文虎克读文献》）。于是他们使用α-ITGB6、α-CX3CL1 和 α-CX3CR1阻断了CX3CL1-CX3CR1，而这样的确抑制了细胞α-CD276的耐药性，这里使用的就是肯地前件的推理，得到的结果就是ITGB6肿瘤细胞对α-CD276的耐药性，就是由CX3CL1-CX3CR1轴介导的：
那么PF4+ 巨噬细胞是否对肿瘤的微环境产生了什么影响呢？于是他们进一步分析单细胞测序结果中，可能与PF4+ 巨噬细胞有关的其他细胞的配体受体相关性。结果发现，ITGB6敲除的肿瘤中，PF4+ 巨噬细胞和 CD8+ T细胞之间，CXCL16-CXCR6相互作用显着减少，也就是说在ITGB6+ 肿瘤细胞刺激下，PF4+ 巨噬细胞可能是通过CXCL16-CXCR6轴，影响了CXCR6+T细胞：
而ITGB6敲除可以降低PF4+ 巨噬细胞中NFKB1的磷酸化（这个其实就是NFκB信号通路中，入核的与p65结合的p50，不熟悉NFκB信号通路的话，可以去看看《信号通路是什么鬼？》系列），他们发现p50能结合并启动CXCL16转录。而额外加入CXCL16，可以增加α-CD276耐药性。通过PF4+ 巨噬细胞和T细胞的共培养后发现，PF4+ 巨噬细胞与CD8+ T细胞的CXCL16-CXCR6轴，在低密度下可以刺激产生GZMB+CXCR6+CD8+ T细胞。而增加了PF4+ 巨噬细胞比例，也就是提高了CXCL16产生的浓度，则会使得GZMB+CXCR6+CD8+ T细胞转化为PD1+CXCR6+CD8+ T细胞，也就是说过度的PF4+ 巨噬细胞产生的CXCL16刺激，可以促进细胞毒性的CXCR6+CD8+ T细胞向抑制性的PD1+CXCR6+CD8+ T细胞的转变，抑制细胞毒性并诱导CXCR6+CD8+ T细胞耗竭：
既然ITGB6+肿瘤细胞互作的PF4+ 巨噬细胞，能通过CXCL16-CXCR6使得细胞毒性的CXCR6+CD8+ T细胞向抑制性的PD1+CXCR6+CD8+ T细胞的转变。于是他们又进行了假设的进一步迭代（又是一个假设迭代，大家可以明显看出，这整篇文章就是在通过不断地分析新结果，反复进行假设迭代，才推导出来的，这个和科研套路所谓的方法学完全是两码事，不清楚的话可以好好看看《科研的推理和逻辑：从实验台到咖啡桌》和《列文虎克读文献》），他们假设ITGB6+肿瘤细胞互作的PF4+ 巨噬细胞与抗PD1抗体的耐药也有一定的关联性。结果发现，ITGB6的确还促进了小鼠对α-PD1治疗的耐药性：
这篇文章很有意思，在逐步地递推过程中，迭代假设，又在得道进一步的结果后，推进课题。在每一个验证步骤中，他们也做到了相对的严谨，好了，今天就先策到这里吧，有兴趣的话，可以看看原文，祝你们心明眼亮。
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