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曹雪涛院士:想发Hepatology没有那么难

小张聊科研  · 公众号  · 科研  · 2017-05-27 09:29

正文

前几天,梦熊看到Hepatology上online了一篇文章,眼前一亮:

恍惚间觉得假以时日,梦熊的名字都可以挂在10分的期刊上呢!



这是曹雪涛院士署名通讯作者的最新一篇文章。


先看一下文章做了什么内容吧:

1、通过表达谱芯片筛选到了一个circRNA分子MTO1,检测到其在肝癌中显著低表达。

2、MTO1丰度越低病人预后越差。

3、通过RIP检测,发现MTO1与miR-9结合。

4、细胞实验表明,干扰MTO1能下调miR-9靶基因p21的表达,结果促进细胞增殖、侵袭。

恩,基本就是这样了。


就问你羡慕不羡慕!


不管你羡慕不羡慕,咱先看看套路再说!


1、分子的确定,这个大家最关心的

a、筛分子:作者通过7对7HCC及正常肝组织做circRNA表达谱芯片。最终,选了表达差异最显著的10个上调、10个下调的circRNAs做了热图。

b、小样本验证:通过21对肝癌及正常肝脏组织,验证上述20个circRNAs分子表达变化,确定了跟芯片结果最匹配的6个circRNAs分子。


c、作者最终直接确定后期研究MTO1。

正常步骤是,对b步骤筛出的分子做一下“大样本验证”。不过也给大家提供了一个榜样,筛出的分子最终确定研究哪个分子,有时候原因不一定很明确,有可能查了相关报道、也有可能做了其他的分子并没有做出结果。

这里作者是先确定了MTO1,再对其表达进行了大样本验证。作者是这样描述的,也不无可能是先进行了上述6个分子的表达验证,最终确定了MTO1作为后续研究的分子。


2、分子功能实验沉默MTO1能促进肝癌细胞株增殖及侵袭。体外过表达MTO1能抑制HCC细胞增殖及侵袭作用。

原文中,这部分及动物实验内容逻辑展示一般。


3、动物实验:干扰MTO1的HCC细胞能提升小鼠体内成瘤速度(生长)。


4、临床相关性:结合临床数据,MTO1表达越低,病人预后越差。

5、机制研究

作为热门的circRNA,跟lncRNA、假基因、mRNA等均类似,均可作为ceRNA竞争性吸附miRNA,促进下游靶基因表达。

a、首先,通过MiRanda预测到99个miRNAs与MTO1结合,结合RIP(接生物素的方法)检测结果,作者选了其中20条miRNAs继续研究。最终通过丰度检测,发现MTO1与miR-9在细胞中均有富集现象,而其余的miRNAs富集不明显。

荧光定位实验表明,两者在胞浆里面结合(小张之前讲过,研究lncRNA时需要主要分子定位,circRNA也是一样。而且,作为ceRNA机制,两者必须符合定位于胞浆这个条件)。

b、p21作为miR-9的靶基因,当MTO1上调表达时,p21丰度也相应提升。

到这里,作者已经证明了MTO1通过ceRNA机制抑制HCC细胞增殖及侵袭。


好,全文实验内容完。


总体来说,本文较适合我们去学习,其研究内容无非有如下几个方面:

1、确定项目研究的分子

2、细胞功能实验

3、动物实验

4、临床相关性

5、机制研究


天哪,这些不都是小张日常在讲的嘛!


  • “从零开始做医学基础科研,小张教你发3分SCI文章”课程中,小张详细地讲解了基于「基于高通量组学数据的研究」、「细胞功能为主的研究」、「动物模型出发的研究」、「临床样本出发的研究」的策略。即使是零基础,也能很快上手,发一篇自己的文章啊。(点击阅读原文进行查看


  • 另外,最近X湿兄也在积极给大家准备着非编码RNA研究中“机制研究常用的套路”,这些套路会从逻辑角度出发,让大家更加清晰或更加明确自己项目中的机制可以通过什么样的方式呈现,X湿兄的线下课程定会给大家耳目一新的感觉。


最后的最后,


不需要羡慕啦,毕竟是曹院士的学生。不谈10分的,咱们努力努力,发篇3分、5分总还是有机会的。


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