前几天,梦熊看到Hepatology上online了一篇文章,眼前一亮:
恍惚间觉得假以时日,梦熊的名字都可以挂在10分的期刊上呢!
这是曹雪涛院士署名通讯作者的最新一篇文章。
先看一下文章做了什么内容吧:
1、通过表达谱芯片筛选到了一个circRNA分子MTO1,检测到其在肝癌中显著低表达。
2、MTO1丰度越低病人预后越差。
3、通过RIP检测,发现MTO1与miR-9结合。
4、细胞实验表明,干扰MTO1能下调miR-9靶基因p21的表达,结果促进细胞增殖、侵袭。
恩,基本就是这样了。
就问你羡慕不羡慕!
不管你羡慕不羡慕,咱先看看套路再说!
1、分子的确定,这个大家最关心的
a、筛分子:作者通过7对7HCC及正常肝组织做circRNA表达谱芯片。最终,选了表达差异最显著的10个上调、10个下调的circRNAs做了热图。
b、小样本验证:通过21对肝癌及正常肝脏组织,验证上述20个circRNAs分子表达变化,确定了跟芯片结果最匹配的6个circRNAs分子。
c、作者最终直接确定后期研究MTO1。
正常步骤是,对b步骤筛出的分子做一下“大样本验证”。不过也给大家提供了一个榜样,筛出的分子最终确定研究哪个分子,有时候原因不一定很明确,有可能查了相关报道、也有可能做了其他的分子并没有做出结果。
这里作者是先确定了MTO1,再对其表达进行了大样本验证。作者是这样描述的,也不无可能是先进行了上述6个分子的表达验证,最终确定了MTO1作为后续研究的分子。
2、分子功能实验:沉默MTO1能促进肝癌细胞株增殖及侵袭。体外过表达MTO1能抑制HCC细胞增殖及侵袭作用。
原文中,这部分及动物实验内容逻辑展示一般。
3、动物实验:干扰MTO1的HCC细胞能提升小鼠体内成瘤速度(生长)。
4、临床相关性:结合临床数据,MTO1表达越低,病人预后越差。
5、机制研究
作为热门的circRNA,跟lncRNA、假基因、mRNA等均类似,均可作为ceRNA竞争性吸附miRNA,促进下游靶基因表达。
a、首先,通过MiRanda预测到99个miRNAs与MTO1结合,结合RIP(接生物素的方法)检测结果,作者选了其中20条miRNAs继续研究。最终通过丰度检测,发现MTO1与miR-9在细胞中均有富集现象,而其余的miRNAs富集不明显。
荧光定位实验表明,两者在胞浆里面结合(小张之前讲过,研究lncRNA时需要主要分子定位,circRNA也是一样。而且,作为ceRNA机制,两者必须符合定位于胞浆这个条件)。
b、p21作为miR-9的靶基因,当MTO1上调表达时,p21丰度也相应提升。
到这里,作者已经证明了MTO1通过ceRNA机制抑制HCC细胞增殖及侵袭。
好,全文实验内容完。
总体来说,本文较适合我们去学习,其研究内容无非有如下几个方面:
1、确定项目研究的分子
2、细胞功能实验
3、动物实验
4、临床相关性
5、机制研究
天哪,这些不都是小张日常在讲的嘛!
最后的最后,
不需要羡慕啦,毕竟是曹院士的学生。不谈10分的,咱们努力努力,发篇3分、5分总还是有机会的。
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