作者：子非鱼
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世人皆知，编码蛋白与否如一道利剑硬生生的将RNA的世界劈成两半，mRNA及非编码RNA（ncRNA）两两遥遥相望、泾渭分明。ncRNA中的小鲜肉F4（miRNA、lncRNA、circRNA、piRNA）之所以名闻天下，无外乎是依赖表观调控、转录调控、miRNA sponge、作为蛋白复合物骨架等，来行使生物学功能。
常言道，物以稀为贵。风头正盛的小鲜肉们欲要更上一层楼，牢牢霸住科研者的心，就不能只靠这些常规的技能点。对此，circRNA先是大刀阔斧劈开一个新天地，跨进了编码蛋白的世界。随后，lncRNA自然也不甘示弱，快速觉醒新技能——以短ORF（sORF）编码特定多肽，强势跨界领跑，势必要在编码蛋白的世界里分一杯羹。
不过老实港，小编在初听到lncRNA可编码多肽时，内心是拒绝的。毕竟，lncRNA的门槛不是你想跨就能跨的。一般转录本要想被lncRNA数据库登录在册，就必须要通过以下两个试炼——ORF（开放阅读框）分析和CSF分析（密码子突变率，理论上编码区的密码子相对来说是保守的，而非编码的就有点乱来了）。
这也就意味着，只有当该转录本（>200nt）不存在完整的ORF，且任性恣肆爱突变，那么它才极有可能是lncRNA。可如今，lncRNA竟凭借着sORF编码小肽的力量在编码RNA的世界中迅速崛起，又怎能不让人大吃一惊呢。
因而，现阶段一些主流期刊如Science、Cell、Molecular Cell等均争相报道此类相关现象。显然，lncRNA对小肽的编码正成为“非编码”RNA研究的新热点。
而最最重要的是，以非编码RNA编码的短肽为主题申请的基金非常少，只检索到两条！
1）长链非编码RNA-HOXB-AS3通过编码一个多肽调控PKM基因剪切抑制结肠癌发生发展的功能机制研究 2018年 面上项目 晏光荣
2）lncRNA编码的小肽在胆固醇代谢调控中的功能和作用机制 2018年 青年项目
其实，2014年能编码短肽的lncRNA就已经崭露头角了，通过对脊椎动物中数百个已注释的lncRNA进行基因表达分析发现，绝大多数lncRNA至少含有一个short ORF （≥ 24amino acids）以及多个ORFs（平均43到68 amino acids）。翻译组学数据结果，所有物种> 90%的codRNA与核糖体结合；多数lncRNA能够与核糖体结合（占总lncRNA 28.6%到81.9%）
但近三年内这些小肽和sORF仍被我们华丽丽的忽视了。究其原因，是因为大多数ORF发现算法将大小临界值设为300nt（翻译100个氨基酸残基），并以此过滤掉“垃圾信息”（随机存在RNA中没有意义的ORF）。
毫无疑问，这类算法会遗漏掉那些编码小肽的sORF。显然，目前的ORF分析对于sORF的分析是不到位的，这也使得如今寻找这些编码小肽的lncRNA的努力成为一项充满挑战性的搜寻。
现阶段，通常是利用核糖体图谱（ribosome profiling）的全基因组方法，翻译所有的ORF（不论长短），而后通过针对核糖体结合RNA的下一代测序法对其进行大量评估。此方法虽然是最直观的一个方法，但着实花钱耗时费力。
而2015年Cell文章题为“A Micropeptide Encoded by a Putative Long Noncoding RNA Regulates Muscle Performance”却是先通过生物信息学的方法筛选出骨骼肌特异性编码多肽Myoregulin（MLN）的lncRNA，其次挖掘出MLN与已知功能的短肽PLN、SLN是具有序列上的保守性和相似性，并推测出MLN应也具有相似的功能。
而体外实验研究确也证明了，短肽MLN可形成单个跨膜α螺旋，与内质网膜（SR）中的 SERCA受体相互作用，抑制对钙离子再摄取。当小鼠缺失MLN基因后，增强了钙离子在骨骼肌中的处置能力并提高运动能力。种种实验结果确定了MLN是骨骼肌生理的一个重要调节因子，也证实了细胞中很多功能性微肽确是隐藏在表面上非编码的RNA中。
常言道，熟读唐诗三百首，不会作诗也会吟。看过阳春白雪（高端文章），耳闻目染，总结出一些共（tao）性（lu），保证你至少会下里巴人的玩意。显然，Cell这篇文章确实为我们研究lncRNA编码功能性微肽，提供了一个不错的模板。如何找到编码短肽MLN的lncRNA，如何确定MLN的功能，需要进行哪些实验进行佐证等等，文章中都有着细致的讲解。
但小编知道，模（tao）板（lu）这东西虽好，却是颇费脑子的。不少童鞋看完文献后依然是提笔四顾心茫然，不知身向何处行。即便手捧具有编码功能性微肽的lncRNA，却依然寻不到挖掘宝藏的大门所在，很容易就会与高分文章失之交臂，细思下来岂不是很可惜。
