都说了这几天是夏日炎炎的,谁愿意出门啊。那问题来了,在实验室孵空调,那老板来了,要怎么才能给他一个交代呢?难不成跟他说,我在守护水晶么?
答案很简单,就告诉他我在分析课题。呃,在分析什么课题呢?
说出来吓死你们,我分析的课题是凋亡相关信号通路在肺部疾病中的重要作用。不是吹牛,结合了八十多个芯片的数据挖掘,然后,分析出了在这些芯片中,差异表达的基因以及信号通路,这真的是整的我一身的汗啊……
呃…………其实花了也就不到5分钟……
就是用这个工具,对,里面有GEO的芯片,先选物种,别选错,不是拟南芥(Arabidopsis),拟南芥是没有肺的……要选人(Homo)
然后我随便搜个lung,就顶出来差不多跟肺相关的所有GEO的DataSets了……
一共有86张芯片……差不多就下面这样,有鼻子有眼的,还带PMID:
接下去我要分析信号通路上基因是否在这些芯片中产生了差异,嗯没错,我选的是凋亡信号通路,这样的话,就会分析出凋亡信号通路相关基因有多少是在这些芯片里高表达的了:
接着要选一下差异的显著性哈,总之p值越小越好咯:
分析大概要个两三分钟吧,然后在显著基因这一栏里,就会出现在这86张芯片中有表达差异的基因列表了:
当然,也会显示凋亡通路差异表达最多的芯片咯,其实性质差不多,就比如第一张芯片中有137个凋亡相关基因产生了表达差异:
是不是简便到不能自已了?当然结果也是可以下载的:
结果文件会打包成一个zip文件,包含了所有结果:
主要就是现实一下表格,以及具体的表达差异的点状图:
还不错吧?我可以继续去一血、二杀了……
李莫愁博士:炎炎夏日,我们就给你们提供一堆七七八八的简便小工具,让你们消夏之余,还能抽空弄点数据出来……开不开心?好了,今天就先策到这里吧……网址在评论区发哈……
两款科研狗的夏日避暑神器
清清凉凉的GEO挖掘工具
神经的数据库,没错,是神经的……
再给你换种方法搜启动子
怀孕了还能做实验么?
急急急!培养个细胞,会让我得肿瘤么?!
要是能躺着发文章的话,我想试试