【斑马鱼肾脏的单细胞数据集合】：脊椎动物的中性粒与巨噬细胞的分子特征

生信菜鸟团 · 公众号 · 生物 · 2024-10-16 12:30

正文

数据集：

GEO NCBI ID	Age	Genotype/Strain	Number of Used Samples	Initial Number of Cells
GSE100910	3–9 months	WT; prkdc	6	11,327
GSE112438	not available	AB; CD41:GFP	37	13,824
GSE130487	4–12 months	WT	1	20,000
GSE150373	8 months	WT; runx1	8	39,424
GSE151231	4 months	WT; gata2b	9	14,463
GSE166646	adult	WT	1	6422
GSE176036	8 months	runx1	8	35,178
GSE179401	2 months	WT; rag; rag il2rga	9	47,832
GSE190794	4 months	GESTALT	10	51,540
GSE191029	adult	WT; prkcda; cxcl8	8	20,695
GSE242133	1-1.5 months	AB	3	36,600
GSE246039	3 months	WT; cebpb	10	105,194
GSE252788	6 months	cebpb	2	28,534

这篇文章可以很好地作为多数据集整合的学习样板，作者在正文中提供了详细的参数~

当然，遗憾之处在于这篇文章并未提供code。

幸运的是，在邮件request code以后作者非常及时地给了回复【代码长达7677行！而且因为数据集较多，谨慎在本地运行哦】，并建议和讲人类肾脏的【Meta-analysis of single-cell and single-nucleus transcriptomics reveals kidney cell type consensus signatures】互参~

此外，另一篇【斑马鱼心脏的单细胞集合：Transcriptomic data meta‑analysis reveals common and injury model specific gene expression changes in the regenerating zebrafish heart】是有代码的，也可以作为参考~

https://github.com/MercaderLabAnatomy/PUB_Botos_et_al_2022

由于这篇文献后续的分析主要是围绕中性粒细胞和巨噬细胞开展的，我们先把他们的marker找出来。

中性粒细胞和巨噬细胞、B细胞还有造血干细胞的marker基于：

Single-cell RNA sequencing unveils the hidden powers of zebrafish kidney for generating both hematopoiesis and adaptive antiviral immunity

Cell	Marker
neutrophils	lyz, mpx, cpa5, cd11b, adgrg3, nccrp1
macrophages	grna, mpeg1.1, clss2.2, mpeg1.2, grna1
B cells	cd37, cd79a, cd79b, ighm
hematopoietic stem cells	dut, npm1a, mki67, snu13b, cnbpa

作者在整合多个数据集以后，针对免疫细胞进行了深入分析——

条件如下：

FindMarkers 函数：only.pos = TRUE（上调），min.pct = 0.02（至少在免疫群体中 2% 的细胞中表达），logfc.threshold = 0.5（在免疫群体中 log2FC ≥ 0.5 时上调）计算免疫相关标记基因。
排除非免疫细胞。
使用子集功能，筛选出数量较多（每个细胞 3000-30 000 个）、表达 1000-4000 个非零水平基因的免疫细胞，从而去除覆盖率低的免疫细胞。
重复harmony。
PrepSCTFindMarkers 和 FindAllMarkers 计算单个簇的标记基因：only.pos = TRUE（上调），min.pct = 0.25（至少在目标簇 25% 的细胞中表达），logfc.threshold = 0.5（与所有其他簇相比，目标簇中上调 log2FC ≥ 0.5）。