二十届三中全会提出高质量发展是全面建设社会主义现代化国家的首要任务。高质量发展的核心动力是着力提高全要素生产率。理论上，全要素生产率的增长来源于两个渠道——资源配置效率的改进和创新驱动企业生产效率的提升。完善增值税留抵税额退税制度是中国新一轮财税制改革的重要内容。表面上，留抵退税为市场主体释放充足的流动性、激发市场主体活力。更深层次地看，完善留抵退税制度从三个维度提升全要素生产率，服务国家治理体系现代化与中国式现代化：一是降低政策扭曲，改进资源配置效率；二是深化企业分工，推动产业链优化升级；三是促进要素在企业内部和企业间流动，调节要素收入份额。
“营改增”后我国留抵税额呈现迅速上升趋势，特别是服务业企业留抵税额普遍性迅速上升。用期末存在留抵的企业数占比衡量留抵普遍性，相较于2012年“营改增”前，2016年“营改增”全面推开后留抵普遍性平均从20%上升至25%。分行业来看，消费型服务业留抵普遍性上升最为明显，从4%上升至25%，提高了21个百分点；制造业和生产型服务业留抵普遍性则分别提高了5个和6个百分点。值得注意的是，企业投资是形成留抵税额的重要原因，投资率每上升一单位导致留抵税额变化率上升11.3%-19.6%。而且留抵税额具有很强的持续性，扭曲一旦形成便会长期存在，我国企业期初留抵率与期末留抵率的相关性达到0.96。行业对比来看，服务业比制造业面临的留抵扭曲更严重。服务业（制造业）留抵扭曲对行业资本配置效率损失的贡献率约为19%-34%（14%-23%），导致行业层面全要素生产率降低了13-43（8-10）个百分点。以资本平均产出方差来衡量资本配置效率损失程度，消除增值税留抵扭曲估计可以降低宏观层面资本平均产出方差0.49-0.61，提高总量经济全要素生产率14-18个百分点。
增值税是与产业链、企业分工联系紧密的税种。要着力推动产业链优化升级，必然需要推动增值税制度的优化完善。完善的增值税制度能够适应广泛的社会化分工和企业的专业化协作，但当增值税中性被打破时，企业的生产决策可能因税收而产生扭曲，从而产生资源错配。由于留抵税额导致购进中间品的隐性交易成本增加，所以导致企业倾向于提升纵向一体化水平，将原属于外部的交易环节纳入企业内部，从而降低了分工专业化水平和效率。2019年留抵退税实践使得企业留抵率下降约3个百分点。交易成本降低使得企业外购支出平均上升约4个百分点，管理费用平均下降约2.28%。外部交易成本的降低也对企业产生了扩张效应，企业总资本增长率提升约2.07%。与之对应的是，由于企业自产中间品的规模相对下降，对生产性要素的需求也因此下降，表现为企业的固定资产、生产性固定资产和电力消耗量均有不同程度的下降，提升了企业单位投入的产出水平。
增值税留抵退税是资源再配置的过程，同时也对要素分配结构产生重要影响。留抵退税降低了资本成本、促进企业投资，同时改善了资本在企业和地区间的配置效率。资本成本的降低会通过资本劳动替代关系影响企业的劳动收入份额，进而在企业内部提高劳动收入份额。而资本在企业和地区间的重新配置又会改变企业市场份额的分配格局，进而通过再配置效应影响加总劳动收入份额。
为应对经济下行压力和保证财政资金运行安全，我国前期的留抵退税政策具有逆经济周期调节和渐进式改革的特点，留抵退税制度的改革仍处于起步阶段。未来应当重点规范和清理前期的阶段性留抵退税政策文件，建立常态化的留抵退税制度。一是留抵退税制度要与增值税简并税档改革相统一，从制度源头上减少增值税留抵的发生；二是加大政策宣传力度，简化审批流程，降低企业获得留抵退税的政策门槛；三是不断优化留抵退税机制，加大征管力度，防范企业利用留抵退税骗税漏税的行为。
留抵退税对不同特征、不同行业和地区的企业的全要素生产率提升效果存在差异。一方面，政策效果的差异性可能与留抵税额形成的机制以及留抵税额在行业和地区的分布情况有关。另一方面，企业内部的财务状况与外部的营商环境也会影响企业的研发创新决策。小微企业面临更大的融资约束，因此获得留抵退税的小企业研发创新激励可能不足。西部地区在营商环境和税务处理效率上可能相对落后，企业获得留抵退税可能缺乏时效性，不利于企业及时纾困和全要素生产率的提升。因此，应当打好宏观政策和改革创新的组合拳，注重发挥财政政策和金融政策的协同作用，切实为现金流出现困难的企业减负纾困，着力改善企业的营商环境，充分释放微观企业活力。
留抵退税除了通过改善企业现金流，促进企业研发来提升企业全要素生产率外，还促进企业间商品与服务贸易往来，通过知识扩散效应提升全要素生产率。此外，留抵退税还有利于行业的资源配置效率改进，尤其是下游行业和资本密集行业的资源配置效率改进效果更明显。未来应当进一步完善进项税额抵扣流程，畅通增值税的抵扣链条。同时加快建设国内统一大市场，尽可能消除现存的阻碍国内商品和服务流通的地理因素和制度因素等，努力构建国内大循环为主体，国际国内双循环的新发展格局，助力高质量发展。
