今天给大家介绍一个miRNA相关的数据库mirDIP（http://ophid.utoronto.ca/mirDIP/）。

作为小张的铁粉，在公众号里应该已经看过N多的miRNA数据库（本文末有miRNA数据库整理），那么今天介绍的这个数据库有何特别之处呢？下面就给大家划重点~

1、支持多miRNAs查询靶基因

据本宫所知，其它miRNA数据库预测miRNA靶基因的时候，只能输入一个miRNA的名称进行预测，比如StarBase，你输入两个基因名称是跑不出来的。

如果你做miRNA芯片检测出一大票的差异miRNAs，而你发现这些个数据库极其不人道的只能一个个的检索靶基因时，想必你的内心一定是奔溃的~~~

所以本宫今天极力推荐mirDIP，它既支持多miRNAs预测靶基因，也支持多mRNAs预测miRNA。

本宫其实不太理解其它数据库为何没有这项功能，个人觉得实现起来应该并不复杂。难道是因为怕大家输入不对miRNA的名称？所以限定只能输入一个，这样系统可以自动匹配标准名称？或者直接像StarBasev那样做成下拉菜单~

mirDIP是需要输入miRNA标准名称的，对miRNA命名还不太熟悉的小伙伴可以看下这篇文章miRNA的名字，到底是什么意思？

2、ceRNA查询

如果你还不太了解ceRNA机制，那你可以看一下X湿兄是如何一本正经地玩坏ceRNA机制的，又或者看看大牛的经典综述ceRNA综述、数据库及经典文章。

我们可以直接用mirDIP查询两个基因或多个基因之间是否存在相同的miRNA。如果查到两个基因之间确实有相同的miRNA，那就又能玩ceRNA啦~

3、剔除Globally Targeted Genes

有些基因呐，它特别招miRNA喜欢，什么miRNA都和它有一腿（这类mRNA一般是存在某些特殊序列，miRNA预测工具都是用一定的算法预测的，算法不能排除这样的特殊序列导致的假阳性），这样的基因就是Globally Targeted Genes。mirDIP可以剔除这样的基因，降低预测结果的假阳性率。

4、miRNA在不同组织中的表达情况

mirDIP可以查询多个miRNAs在不同组织中的表达情况，方便大家进行比对和展示。

文章中是如何运用mirDIP的呢？

Computational identification of microRNAs associated to both epithelial to mesenchymal transition and NGAL/MMP-9 pathways in bladder cancer （Oncotarget）

图片展示的是miRNA能够靶向某一生物学过程涉及的多数基因。

今天有mirDIP就介绍到这里了。

特别提醒：mirDIP物种仅限于人类！

更多的miRNA数据库介绍（StarBase，TargetScan，miRTarBase，DIANA等），可以参看下列文章：

我好像发现了一个miRNA各种软件的大本营……

如果miRNA神器只能推荐一个，就是这个了！

一个全新的MicroRNA-Pathway数据库

如何从信号通路、疾病查询microRNA和靶基因？

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