专栏名称: 生信媛

生信媛，从1人分享，到8人同行。坚持分享生信入门方法与课程，持续记录生信相关的分析pipeline, python和R在生物信息学中的利用。内容涵盖服务器使用、基因组转录组分析以及群体遗传。

每日文献：2018-01-05

生信媛 · 公众号 · 生物 · 2018-01-05 15:11

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生信媛

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Power and sample size calculations for high-throughput sequencing-based experiments

功效检验是衡量在数据集中找到统计学显著性的可能性。目前芯片技术有关的研究已经建立了比较完善的功效分析方法，但高通量的功效计算方法比芯片技术的复杂多了，所以目前还没有比较好的标注。这篇文章主要是对目前已有的功效分析方法进行了一个综述。

Bayesian estimation of differential transcript usage from RNA-seq data

二代能够能够识别基因中差异表达的转录本(transcript), 其中一个用途就是找到差异使用的转录本(differential transcript usage,DTU)，这篇文章就提出新的贝叶斯估计方法，BayesDRIMSeq和cjBitSeq.

工具所在地址：

cjBitSeq： https://github.com/mqbssppe/cjBitSe

BayesDRIMSeq: https://github.com/mqbssppe/BayesDRIMSeq

DyNetViewer: a Cytoscape app for dynamic network construction, analysis and visualization

细胞中的分子交互随着时间和环境变化而变化。构建和分析动态分子网络能够阐述不同生物学功能的动态细胞分子机制，也就有机会从系统层面上理解复杂疾病。作者就开发一个app,叫做DyNetViewer,是Java写的，所以跨平台哦

地址：http://www.cytoscape.org/download.php

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