专栏名称: 生信塔
新鲜出炉的生信热点方向,一茬接一茬的生信热点思路。生信塔提供思路设计、生信分析、文献复现登服务,想要创新思路的就来找小塔!
目录
相关文章推荐
吉安公安  ·  -6℃!江西要下雪了! ·  2 天前  
51好读  ›  专栏  ›  生信塔

实验没时间?发文没思路?吃透孟德尔随机化,生信小白写了就能发SCI的逆天思路,您值得拥有!

生信塔  · 公众号  ·  · 2024-07-07 18:00

正文

哈喽哈喽大家好,我是你们心心念念的小塔,最近宝子们总是私信我,诉说着想发高分文章,但是实验时间短,思路创新性不足……近期小塔查阅了大量文献,今天专门来为宝子们答疑解惑!虽然作为当下最热门的研究手段之一,孟德尔随机化发文难度日益增加,但只要选对思路与方法,SCI就能“手到擒来”,快来跟小塔来看看这篇文章的独到之处吧~       

 

小塔今天带来的这篇文章是发表于SCI一区的《ENPP2/Autotaxin: The potential drug target for alcoholic liver disease identified through Mendelian randomization analysis》。该研究中旨在利用基于最大GWASs的双样本MR结合共定位分析方法确定治疗酒精性肝病(ALD)的药物靶点,并利用中介分析探讨其潜在机制。0实验,思路新颖,逻辑清晰,轻轻松松拿下SCI一区,这不就是我们临床工作者梦寐以求的“香饽饽”嘛~(PS:想拿高分,必须要从研究方向中挖掘出新的选题思路与设计方法)


定制生信分析

云服务器租赁

加微信备注99领取使用

文章亮点:
1.选题新颖,方法高效:本研究选用MR和共定位分析评估对ALD药物靶点的潜在因果效应,通过使用遗传变异作为暴露的代理来克服传统研究的局限性,从而为因果关系提供遗传支持。
2.内容充实,结果可靠:本研究筛选血液生物标志物并进行了中介分析,为该研究结果和研究前景提供了进一步的证实和解释。             

 

PS:要想短期发表SCI,孟德尔随机化成为了越来越多一线临床工作者的最佳选择!投入小,性价比高,如果你实验时间不足,文章思路创新性不足……那么抓紧扫描下方二维码来找小塔吧,我们将为您提供最新的科研热点与一站式辅导!        

 

题目:ENPP2/Autotaxin:通过孟德尔随机化分析确定的酒精性肝病的潜在药物靶点
杂志:Liver International
影响因子:IF = 6.0
发表时间:2024年3月22日

公众号后台回复“TA”,即可获得原文,文献编号240707

         

 

研究背景
目前,酒精性肝病(ALD)的根治性药物干预靶点尚缺乏,通过随机对照试验发现药物是一项漫长、危险且昂贵的工作,因此我们旨在基于人类遗传学寻找有效的药物靶点,利用基于最大GWASs的双样本MR和共定位分析方法确定治疗ALD的药物靶点,并利用中介分析探讨其潜在机制。    
         

 

研究思路与数据来源:
本研究使用孟德尔随机化(MR)和共定位分析研究了2639个编码可药物蛋白的基因,并检查了ALD的因果关系(PMID 34737426: 456348例欧洲人,451例和455897例对照)。此外,本研究利用血液生物标志物作为介质的全基因组关联研究(GWAS)数据进行了中介分析,以探索潜在的机制。
图1 确定ALD药物靶点的研究设计概述
         

 

研究结果
1.ALD致病基因筛选及药物靶点(ENPP2)鉴定
本研究首先在original MR分析中筛选确定了ENPP2等三个药物靶点,并多重检验证实其遗传预测表达与ALD风险密切相关(图2)。随后通过IVW-MR方法,证实NDFIP1和GSTK1的遗传预测表达显示与ALD呈正相关(图3)。    
图2. 2639个基因与ALD的关联性
图3. 孟德尔分析三个基因(ENPP2, ENFIP1和GSTK1)与ALD的关联
         

 

同时本研究使用ENPP和NDFIP1的cis-eQTL数据进行了共定位分析,确定了28个SNP来代表ENPP2的血液蛋白水平,通过IVW方法发现血液ENPP1水平与ALD持续正相关(图4)。同时进行了生物信息学分析,发现酒精性肝炎中ENPP的相对表达高于正常肝脏(p<.0004)(图4C)。    
图4. ENPP2/Autotaxin与ALD的关系
         

 

2.基因介导的ENPP2抑制对生物标志物的影响及效应记忆CD8+ T细胞绝对计数对ENPP与ALD相关性的中介作用
首先本研究证实ENPP2/Autotaxin与sICAM、MIP1b及8个生物标志物显著相关。最后,进行中介分析,估计了上述重要生物标志物与ALD之间的关联(图5A),发现其中一个(效应记忆CD8+ T细胞)介导了ENPP2/Autotaxin与ALD之间的关联,中介作用比例为8.49%(图5B)。    
图5. 血液生物标志物与ALD的相关性及中介分析
         

 

文章总结
本研究在筛选2639个可用药基因后,确定了一个药物靶点——ENPP2/Autotaxin与ALD的风险存在因果关系,其作用可能由CD8+ T细胞介导。具有基因支持的药物更有可能在临床试验中取得成功,为ALD药物开发提供了令人信服的基因证据。文章介绍到这里就结束了,宝子们是不是有种豁然开朗的感觉,孟德尔随机化就是这么受欢迎,换种疾病换个方向不就妥妥的一区SCI嘛!总之,孟德尔随机化对于医学党来讲性价比很高!欢迎大家扫码联系小塔,一起向高分SCI冲锋!    

小塔有话说


生信塔公众号持续为大家带来最新生信思路,更多创新性分析思路请点击往期推荐,快来查看吧!想复现这种思路或者定制更多创新性思路欢迎直接call小塔,我们团队竭诚为您的科研助力!

文献思路复现

定制生信分析

服务器租赁


 往期 · 推荐 

【倒计时提醒】抓住618大促尾巴:首月5折享16T空间,千元礼包等你领!

超赞!39分+!孟德尔随机化再次令人瞩目,UKB数据库+双疾病联合GWAS!配置超豪华,赶紧来学习吧!

这个思路藏不住了,再不学习就晚啦!天津中医药大学王耀刚团队1区13+:环境因素+孟德尔随机化研究,快学起来!