专栏名称: 基因慧

基因慧官方订阅号：精准医疗行业信息和知识服务平台。姊妹公众号“基因慧PPT”。官网 www.geneclub.net.cn。联络我们 [email protected]

Nature：华大等构建迄今为止最完整的海洋微生物组数据库，发掘新型塑料降解酶等基因宝藏

基因慧 · 公众号 · 医学 · 2024-09-05 00:10

正文

根据基因慧报道，2024年9月4日，华大生命科学研究院联合山东大学、英国东安格利亚大学、中国海洋大学、厦门大学、丹麦哥本哈根大学等机构，在全球顶级学术期刊《自然》上发表了重磅研究成果：通过对已公开的海洋微生物宏基因组数据进行分析和深度挖掘，构建了迄今为止最完整的海洋微生物基因数据库，从中发现了大量具有应用潜力的基因资源，为开发新型基因编辑工具、抗菌肽、PET塑料降解酶等提供了全新的思路， 将极大地推动相关应用和产业发展。

图：Nature刊文页面（来源/Nature）

构建迄今为止最完整的海洋微生物组数据库

研究团队历时五年，通过对目前已公开的接近240 Tb海洋微生物宏基因组数据进行重分析， 构建了拥有超4.31万个海洋微生物基因组和24.58亿个基因序列的海洋微生物组数据库 The Global Ocean Microbiome Catalogue（GOMC）。

GOMC数据库包含了从南极到北极、从近海到深远海、从表层海洋到万米超深渊等多样化的海洋生态系统。该数据库是已报道海洋基因组数据库 Tara Ocean 的3倍、蛋白序列库的60倍。其中，2万多个微生物是潜在新发现物种，近1万个微生物为在深海等独特生境中首次发现。

图：全球海洋微生物基因组数据集概览

（来源/文章作者）

本研究使用宏基因组分箱技术对海量数据进行重分析 ，可获取环境中大量不可培养微生物的全基因组序列，获得新物种的基因组及其功能信息等，避免了大部分海洋微生物无法通过传统分离培养获得导致的信息遗漏，得到的微生物基因组更全面。而在未来基因资源利用上，基于已挖掘出有应用潜力的微生物基因组数据，结合合成生物学技术实现微生物活性功能的利用。

该研究极大拓宽了对海洋微生物多样性的理解，刷新了过去认知中海洋原核微生物基因组大小的上限，揭示了缺氧海洋环境对大基因组细菌的适应性演化提供了选择压力，解析了全球海洋微生物群落的生物地理分布规律，为理解微生物在不同海洋环境中的遗传连通性提供了新的视角。

该项研究作为青岛自贸片区“千种海洋生物基因测序项目”的第一年度重要成果， 为海洋微生物的演化、环境适应性、生态学研究和遗传资源开发与利用提供了全新的思路，为海洋基因组、合成生物等相关产业带来了广阔的机遇。

解码“基因宝藏”，助力多领域产业突破

GOMC数据库犹如一座宝库，蕴藏着无数待发现的基因宝藏。研究团队针对该基因数据库，利用深度学习算法工具对其进行挖掘，发现了多项具有应用潜力的基因资源，将沧海“遗珠“打磨成耀眼的沧海“明珠”。例如：

新型“基因剪刀” ：还记得“基因剪刀”CRISPR-Cas9吗？它被誉为生命科学领域的革命性技术。在本研究中，研究团队鉴定出了36个新型CRISPR-Cas9基因编辑系统，并挖掘出了一个具有潜在应用价值的新型Cas9编辑系统（Om1Cas9），将助力我国在基因编辑工具使用上具有更多独立性和选择。

抗生素替代： 研究团队鉴定了117个新型抗菌肽，并通过生物合成和实验验证发现其中10个抗菌肽具有显著抗菌活性及广谱抗菌效果。基于该成果，华大目前已联合香港理工大学成立香港理工大学-华大•全球深海资源基因组学和合成生物学联合研究中心，实施进一步研发和产业化，或将为抗生素耐药性难题提供新的解决方案。