专栏名称: 稻田报告
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《细胞》子刊:这一次,砒霜立大功了!中国科学家首次发现,砒霜竟可以复活结构性突变的最强抑癌蛋白p53,恢复其抑癌活性丨科学大发现

稻田报告  · 公众号  · 金融  · 2021-01-03 14:00

正文


我怎么也没想到, 古老的砒霜会在21世纪与最强抑癌蛋白p53相遇 ,而且还成为恢复突变p53抑癌能力的最强“潜力股”。


近日,由上海交通大学瑞金医院卢敏和牛津大学Xin Lu领衔的研究团队发现, 砒霜 (三氧化二砷,ATO) 中的砷原子竟然能插入发生结构性突变、不能正常折叠的p53蛋白的DNA结合域,帮助突变p53蛋白折叠出有抑癌功能的三级结构 [1]。


更重要的是,这项研究成果 一举解决了困扰p53靶向药物开发的两大科学难题 :无逻辑、无口袋。


换句话说,卢敏等的研究成果证实: 一直被认为缺乏逻辑支撑的“通过靶向药物恢复突变蛋白活性”的思路,在p53蛋白上是可行的 一向被认为缺乏靶向药物结合口袋的p53蛋白,确实隐藏着一个不为人知的砷原子结合口袋


总的来说,这 是抑癌蛋白p53靶向治疗近40年来取得的重大突破 ,靶向治疗或由此迎来新一轮爆发。基于本研究成果的相关临床研究(PANDA-T0;NCT03855371),也在瑞金医院的主持下开展[2]。


相关研究成果发表在著名期刊 Cancer Cell 上,卢敏和Xin Lu是共同通讯作者,陈硕、Wu JiaLe、Liang Ying、Tang YiGang为共同第一作者。


本研究论文截图


小分子靶向治疗药物的诞生,改写了很多癌症的治疗范式。


然而,目前已经获批用于临床治疗的靶向药物覆盖的患者并不多。这在一定程度上是受靶向药物开发策略的影响。


我们都知道,在人体内有原癌基因和抑癌基因。原癌基因突变后,就会编码癌蛋白,诱发癌症;而抑癌基因突变,会导致抑癌蛋白失去抑制癌症形成和发展的能力。因此, 从理论上讲,消除癌蛋白和恢复抑癌蛋白活性,都能用于癌症的治疗。


不过,事情并没有那么简单。


以各种各样激酶为代表的癌蛋白存在一个与ATP结合的口袋,只要开发相关药物,能占据或阻止ATP的进入,即可抑制癌蛋白的促癌活性。



而因突变失活的抑癌蛋白,开发药物的思路则完全是要反其道而行之:恢复抑癌蛋白的活性。这项拯救工作的难度有多大,从临床获批的药物就能看出来。 投入临床使用的癌蛋白靶向药物已经有100多个了,而抑癌蛋白的靶向药物这一数据是0。


这背后的主要原因是:第一,恢复蛋白功能从逻辑上讲是极难实现的;第二,抑癌蛋白缺少让小分子药物结合的口袋。


尽管开发抑癌蛋白靶向药物难度极大,但还是阻挡不住科学家的热情。就拿p53这个抑癌蛋白来说,全球约50%的癌症患者发生突变。这也就意味着,从理论上讲, 仅p53靶向药物就可用于治疗全球约50%的癌症患者 ,而目前 已经获批用于临床治疗的100多个靶向抗癌药加在一起,也仅能用于2-13%癌症患者的治疗 [3,4]。


p53突变所占比例


也正是因为这个原因,p53成为迄今为止被研究的最多的蛋白[5]。


科学家们的努力也没有白费。


现在我们已经知道,由393个氨基酸组成抑癌蛋白p53包括3个功能域:发挥转录激活作用的N端功能域;帮助p53定位的C端功能域;以及位于中间的DNA结合域(DBD)[6]。


p53的突变类型多样,有基因片段缺失、插入,点突变引起的错义突变等。不过,在所有突变类型中, 占主导地位的还是点突变引起的错义突变,占比高达80% [6]。更重要的是, 97%的点突变发生在DNA结合域 [6]。


从结构上看,上述点突变对p53 和DNA相互作用影响的机制可以分成两类[7,8]:其中一些p53突变 (如突变热点Arg248和Arg273处的突变) 导致p53不能与DNA接触;而其余的许多突变则被称为 结构性突变 (如热点Arg175、Gly245、Arg249和Arg282处的突变) ,这些突变 损害了p53的DNA结合域(DBD)结构,导致p53无法正常折叠,不能与DNA紧密结合,因此丧失了抑癌能力


不难看出,p53突变不仅主要分布在DBD区域,而且异质性非常高


实际上,在过去的几十年里,科学家已经发现了很多有拯救p53突变潜力的先导化合物[9,10],只不过 这些化合物恢复p53功能的效率比较低


尽管如此,卢敏和他的同事还是认真研究了这些化合物的特点。他们注意到这些化合物都有一个有趣的特点,即能 够结合半胱氨酸的硫醇基团 [9,11]。


基于此,他们进一步假设, 当p53的DNA结合域被结构性突变损害时,那些能够结合多个半胱氨酸的化合物或许可以稳定p53,恢复p53的抑癌活性 。他们还推测,通过这种方法,或许能找到拯救p53结构性突变的通用化合物,而这些突变合计占所有p53突变的一半以上。


假想的候选化合物可能的结合位点


有了上述假设之后,卢敏团队就开始着手筛选能与2个及以上半胱氨酸结合的小分子。最后通过5个具有p53结构性热点突变的细胞系(R175H等)实验, 从DTP数据库的20861个小分子[12]中筛选到4个化合物


筛选到的4个化合物结构


通过优先识别折叠p53蛋白的抗体PAb1620检测,研究人员发现, 砒霜和KAsO2对有R175H结构性突变p53蛋白的折叠存在惊人促进作用 。简单地说,就是砒霜能恢复有R175H结构性突变p53蛋白的抑癌活性。而另外两种化合物的这种活性则要弱的多。


随后研究人员用另外4个不同的p53结构性突变细胞系检验了砒霜的效果,用PAb1620抗体检测发现, 竟达到了野生p53蛋白的水准


剂量研究表明, 仅需低至0.1μg/mL的砒霜,就足以促进结构性突变p53蛋白在给药的15分钟之后正确折叠


总的来说,研究人员通过多级筛选研究,确定了含砷化合物能有效地重新激活最常见的p53结构性突变体。


随后的研究发现, 砒霜是通过共价结合稳定结构性突变的p53折叠 。而且与之前发现的化合物,以及本研究中发现的其他化合物相比, 砒霜的稳定作用远超其他化合物


砒霜与其他化合物的共价结合比较


为了弄清楚砒霜恢复结构性突变p53的机制,卢敏团队10余位成员又 花费近6年时间完成了p53-砷共结晶结构的解析,明确了p53功能复活的机制 [13]。总的来看,p53-砷复合物与已公布的p53 DBD结构重叠性良好。


具体来看, 砷与DNA结合域的Cys124、Cys135和Cys141相互作用,与此同时,Met133的侧链朝向砷,并与砷原子之间存在范德华相互作用 。正是DNA结合域中的这4个氨基酸残基,搭建了一个可以与砷原子结合的口袋。


砷原子结合口袋全貌


由于p53本质上是一个转录因子,因此检验结构性突变p53功能恢复的办法之一是检测转录的激活状况。研究结果显示, 砒霜能介导所有携带结构性突变p53的测试细胞系转录重新激活,而对于影响p53与DNA接触的突变类型,砒霜则没有激活的作用


既然如此,砒霜的抗癌效果究竟如何呢?


卢敏团队随后在CDX和PDX小鼠模型上探索了砒霜的抗癌效果。砒霜的使用剂量是5mg/kg,这个剂量在小鼠中产生0.05-0.2μg/mL 砷血浆浓度,在砒霜治疗的急性早幼粒细胞白血病(APL)患者中可以达到,而且不会产生严重的毒性[14,15]。


血液肿瘤的研究显示,砒霜显著延长了小鼠的中位生存时间,而实体瘤研究也显示,小鼠的肿瘤体积仅为对照组的10%左右


以上的研究表明,砒霜确实有强烈的抑癌作用。


血癌(上)和实体瘤(下)的研究结果


而且与一线化疗药物顺铂的比较显示, 砒霜对非小细胞肺癌的抑制作用与顺铂相似。


分析背后的作用机制发现, 在砒霜处理的PDX肿瘤中检测到p21的上调 ,而在顺铂处理的PDX肿瘤中没有检测到。


相比之下,与对照组相比,顺铂处理的肿瘤中DNA损伤标志物表达的增强更为强烈,而砒霜处理的肿瘤中没有。


这也意味着顺铂和砒霜的抗癌机制并不相同, 而且砒霜抗癌的原因至少有部分是因为重新激活了结构性突变的p53蛋白


顺铂(CIS)和砒霜(ATO)的比较


在研究的最后,卢敏团队成员探讨了另一个重要的问题:砒霜的适用范围究竟有多大。


于是他们挑选了 25个最常见的p53突变,它们都位于DNA结合域,且占到了癌症中p53错义突变的40.87% 。其中18个是结构性突变,另外7个是DNA接触性突变。


25个突变的分布


总的来看, 大部分结构性突变的p53被砒霜拯救,只是程度不尽相同。而DNA接触性突变p53,则没有被砒霜拯救







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