从3.813分，到12.121分的SCI文章，都用了数据挖掘的差异基因来挖出了上游的激酶……

一篇3.813就差不多是这么憋出来的，嗯 ，这就是一篇憋在家里，就憋出来的3.813分的文章：

看看作者人数就知道， 根本没做实验……

首先他们分析了肠癌中差异表达的基因， 分成了高表达和地表达，分别做了聚类：

接着用了个神器来分析了造成这些基因表达差异的上游， 也就是转录因子，甚至是更上游的激酶：

但说实话，他们的激酶分析根本就没用对地方 。接着他们用GEPIA之类的数据库，验证了一下具体的差异基因的表达以及转录因子的表达：

然后， 用CMap分析了可以影响差异表达基因的化疗药物：

接着他们又用单基因扰动的GDS再测了一遍 ，又用药物扰动的GDS再测了一遍……思路很简单，就是这样：

用差异基因进行聚类，然后验证，接着分析一下可能抑制高表达基因，促进地表达基因的药物。但说实话， 这基本上就是白瞎了这个神器：

这个神器还是发表在11.501分的Nucleic Acids Res上的 ……这个是根据差异基因的List，分析ChIP-Seq数据库，找出转录因子，再通过转录因子，来富集更上游的激酶。

如果你一直有听夏老师讲信号通路的话， 应该会发现，一般的信号通路是这样，通过膜受体接收信号后，传递给第二信使。第二信使可能是一个激酶 ，而这个激酶最终会激活转录因子入核激活下游基因表达：

这个神器的思路就是反过来，分析获得差异基因（ DEG，Different Expression Gene ）后，倒推的话，就能富集出造成这些基因表达差异的转录因子（ TFs ） ，然后在往上捯，就能找出可能有问题的激酶。

只要输入Gene List就行了 ……

当然，也有用这个神器用在正经地方的 ，比如这篇NC：

这篇主要分析疾病相关的激酶抑制剂， 那差异基因其实已经隔了好几手了，是没法来直接分析激酶磷酸化激活还是抑制的， 所以他们就用了这个用差异基因来分析激酶的神器……

嗯，没用无用的神器， 只有不懂得使用这些摆在你们面前的神器工具的你…… 好了， 要看这篇文献，了解这个神器的话， 可以自己去PubMed上下搜一下。实在不行就回复“ 公克 ”（ 不要在评论区回复 ），要么就直接星球上见（ 当然，进不去也无所谓 ）。好吧，今天就先给你们策到这里吧，祝你们心明 眼亮 。

ps：所以，不想要一个转运RNA的手袋么？不 想要科研菜鸟想轻松入门么？可以回复 “ 科研菜鸟 ” ，或者阅读原文哦……祝你们心明眼亮……