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大型动物研究相关高分客户文章分享

基迪奥生物 · 公众号 · · 2025-01-20 18:02

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不知不觉新的一年已经到来！在过去的一年，基迪奥生物凭借十多年的项目经验和优质服务，助力大量大型动物研究相关的优秀文章发表！这些文章的研究对象主要包含牛、猪、山羊、鸡、牦牛、双峰驼、麝香鹿等，用到的组学技术主要为RNA-seq、代谢组、翻译组、单细胞转录组、宏基因组等。

那么，如何使用各种组学技术开展大型动物研究？下面分享7篇在2024年发表的基迪奥高分项目文章，希望可以给大家提供一些参考。

案例1

全转录组研究Thiram暴露对鸡软骨细胞增殖与分化的调控机制

英文标题： Thiram exposure induces tibial dyschondroplasia in broilers via the regulation effect of circ_003084/miR-130c-5p/BMPR1A crosstalk on chondrocyte proliferation and differentiation

发表期刊： Journal of Hazardous Materials

发表时间： 2024.03

技术策略： RNA-seq

客户单位 ：四川农业大学

影响因子： 13.6

物种样本： 鸡软骨

DOI： 10.1016/j.jhazmat.2023.133071

Thiram是一种农业杀虫剂，已被证明可诱导鸟类胫骨软骨发育不良(TD)。本研究取暴露10天的鸡软骨中分离总rna进行全转录组测序。通过分析差异表达的circRNAs网络，我们发现circ_003084在TD软骨中显著上调。升高的circ_003084抑制TD软骨细胞的增殖和分化，但促进细胞凋亡。在机制上，circ_003084与miR-130c-5p竞争性结合，阻止miR-130c-5p降低BMPR1A水平，从而上调凋亡基因Caspase 3、Caspase 9、Bax和Bcl2的表达，最终促进细胞凋亡。综上，这些发现表明circ_003084/miR-130c-5p/BMPR1A相互作用调节TD鸡软骨细胞增殖、凋亡和分化。

图1.对照组和TD组的鸡胫骨软骨转录组图谱

案例2

使用多组学方法检测Nebulin（NEB）基因剪接产生的环状RNA促进牛骨骼肌生成

英文标题： A Circular RNA Generated from Nebulin (NEB) Gene Splicing Promotes Skeletal Muscle Myogenesis in Cattle as Detected by a Multi-Omics Approach

发表期刊： Advanced Science

发表时间： 2024.01

技术策略： RNA-seq，翻译组，单细胞转录组

客户单位： 广西大学

影响因子： 15.1

物种样本： 牛骨骼肌

DOI： 10.1002/advs.202300702

本研究主要利用了lncRNA-seq、Ribo-seq和多肽组学对牛骨骼肌进行研究。结果从circRNAs中检测到5种编码肽。进一步鉴定了一种907个氨基酸的肌肉特异性肽，该肽因来源于Nebulin（NEB）基因的剪接而被命名为circNEB肽。该肽定位于细胞核和细胞质，并分别通过泛素化和成肌细胞融合与调节成肌细胞生理活性的关键因子SKP1和TPM1直接相互作用。研究发现circNEB肽在体外促进成肌细胞增殖和分化，并在体内诱导肌肉再生。

图2. 可翻译转录物的转录组和翻译组鉴定、qPCR验证和bos-circNEB编码的多肽检测

案例3

Mitom iR-1736-3p通过抑制鸡肝细胞AATF调节铜诱导的线粒体途径凋亡

英文标题： MitomiR-1736-3p regulates copper-induced mitochondrial pathway apoptosis by inhibiting AATF in chicken hepatocytes

发表期刊： Science of The Total Environment

发表时间： 2024.01

技术策略： miRNA-seq

客户单位： 华南农业大学

影响因子： 9.8

物种样本： 鸡肝脏

DOI： 10.1016/j.scitotenv.2023.167825

铜(Cu)是一种有毒重金属污染物，铜的肝毒性引起了研究者的广泛关注。然而，其潜在机制仍然难以捉摸。线粒体microRNAs (mitomiRs)被认为是调节线粒体和细胞功能的重要因素，其作用与金属毒性机制有关。本研究对鸡肝脏线粒体进行miRNA-seq，确定mitomiR-1736-3p可以通过靶向AATF参与Cu诱导的鸡肝损伤。发现暴露于Cu可以引发鸡肝组织和原代鸡胚肝细胞(CEHs)的细胞凋亡水平升高。上调miR-1736-3p表达可加重Cu诱导的细胞凋亡，而抑制miR-1736-3p可有效减少细胞凋亡的发生。总之，mitomiR-1736-3p/AATF轴介导细胞凋亡的线粒体途径可能参与Cu诱导的鸡肝毒性。

图3. 铜暴露对鸡肝脏中mitomiR表达谱以及肝组织和CEHs中mitomiR-1736-3p表达的影响

案例4

转录组分析FOXO1通过靶向MYH3调控牛骨骼肌细胞的分化

英文标题： FOXO1 regulates bovine skeletal muscle cells differentiation by targeting MYH3

发表期刊： Signal Transduction and Targeted Therapy

发表时间： 2024.03

技术策略： RNA-seq

客户单位： 宁夏大学

影响因子： 8.2

物种样本： 牛骨髓间充质干细胞

DOI： 10.1016/j.ijbiomac.2024.129643

牛骨骼肌的生长发育与牛肉产量是紧密交织的。本研究旨在阐明FOXO1在牛骨骼肌细胞（BSMCs）增殖和分化中的调控机制。研究发现，在诱导肌肉细胞分化过程中，FOXO1的表达最初上调，随着分化的进行而逐渐下调，这提示FOXO1在肌肉分化的不同阶段发挥重要作用。抑制FOXO1的表达可以促进肌肉细胞的增殖，并抑制其凋亡。双荧光素酶报告基因实验和ChIP实验证实，FOXO1可以直接结合到MYH3基因的启动子区域，并抑制其转录活性，从而调控肌肉细胞的分化。

图4. 转录组测序分析结果

案例5

转录组、代谢组、宏基因组分析SLC26A3缺乏促进代谢疾病易感转基因猪的小肠屏障损伤

英文标题： Deficiency of SLC26A3 promotes jejunal barrier damage in metabolic disease-susceptible transgenic pigs

发表期刊： International Journal of Biological Macromolecules

发表时间： 2024.11

技术策略： RNA-seq，宏基因组，代谢组

客户单位： 中国农业科学院

影响因子： 7.7

物种样本： 猪十二指肠

DOI： 10.1016/j.ijbiomac.2024.136245

本研究旨在探索代谢综合征等代谢性疾病对猪十二指肠的病理影响及其潜在的发病机制。研究人员通过CRISPR/Cas9 技术构建了代谢性疾病易感转基因猪模型，并对其进行高脂高糖饮食诱导，观察其十二指肠组织形态、功能、肠道菌群组成和代谢产物短链脂肪酸(SCFA)含量的变化，以期揭示代谢性疾病对十二指肠的影响，并为人类肠道代谢性疾病的研究提供新的思路和模型。

图5. TG猪和WT猪空肠转录组差异的比较研究

案例6

猪骨骼肌的单细胞图谱揭示了调节肌内脂肪生成的机制

英文标题： A Single-Cell Atlas of Porcine Skeletal Muscle Reveals Mechanisms That Regulate Intramuscular Adipogenesis

发表期刊： The International Journal of Molecular Sciences

发表时间： 2024.12

技术策略： 10X RNA-seq

客户单位： 湖北省农科院

影响因子： 4.9

物种样本： 猪背最长肌

DOI： 10.3390/ijms252312935

猪骨骼肌的发育与肉类生产效率和质量密切相关，猪肌内脂肪的积累受肌肉内脂肪细胞增生和肥大的影响。然而，对应于肌肉发育的两个阶段的细胞谱仍未确定。本研究选取黑猪出生后第1天和第180天的相关样本，使用单核RNA测序鉴定了黑猪的78,302个细胞核和9个细胞群，其中包括纤维/成脂祖细胞（FAP）、肌核、脂肪细胞和其他细胞类型。细胞聚集模式在两个发育阶段之间有所不同。

值得注意的是，第180天组的脂肪细胞百分比高于第1天组（0.51% vs. 0.15%）。逆时分析表明，FAPs可分别分化为脂肪细胞和肌核细胞。THRSP基因被鉴定为猪肌内脂肪细胞的生物标志物，其下调导致猪前脂肪细胞中脂滴形成的显著减少。该项研究为肌内脂肪形成的细胞特征提供了新的见解，这可能有助于开发增强肌内脂肪沉积和提高猪肉质量的新策略。

图6. 肌核亚群的异质性分析

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