一是农业建设用地指标匮乏。
农业产业规划还缺乏刚性，相关产业用地尚未纳入乡镇总规或新市镇规划或郊野单元（村庄）规划，产业用地具体操作路径还不明确。在休闲农业发展上，受限于全市建设用地指标总量控制，现有政策中每年5%建设用地用以支持产业发展，但很难用于农业发展领域，主要原因是农村产业发展用地的直接经济效益低，各区供地积极性不高，乡村规划引领不够等。
二是设施农用地供给不足、管理弹性不够。
一方面农业产业发展需要仓库、场地及管理用房等；另一方面，栽培模式的创新发展和智能化设施装备的广泛应用也需要硬化部分土地，但设施农用地供给相对不足。以花卉生产为例，上海花卉产业前途光明，现代化花卉生产需要硬化土地，但现有农业用地政策不准硬化，而设施农用地备案指标有限，严重制约了花卉产业旺盛发展。
三是高标准生产基地建设缺乏积极性。
土地流转承包后，高标准生产基地建设的相关土地政策不稳定，相应的配套政策和约束机制也不到位，给经营者投入与生产带来风险，导致签订长期流转合同的意愿普遍不强，也影响了新增高标准生产基地建设的投资。
从全市面上来看，对农业环保工作的理解和对农业污染源的认定，存在严重的认知误区，已经阻碍了农业产业正常、有序、可持续发展。
在养殖业领域，
由于存在认识误区，畜禽养殖和水产养殖在环保治理中常遭“诟病”，往往简单地将养殖业作为污染源搞“一刀切”，进行取缔、关停、禁止或限制，在一定程度上导致畜禽养殖业的加速退养，水产养殖业也是如此。将养殖业简单地归为“污染源”是欠科学的，搞“一刀切”更不可取，合理规划养殖业空间布局，科学利用畜禽粪污制成的有机肥，不但不会造成环保问题，还可以变废为宝，成为农业循环发展、绿色发展的重要支撑。养殖业“受伤”，也影响了种植业生态循环发展和地力改善。
在种植业领域，
随着近年来化肥农药使用量逐年减少，从耕地质量调查结果来看，全市耕地地力稳中有升，土壤重金属污染风险较小。但对标上海绿色农业发展的目标来看，耕地质量总体状况仍待改变，绿色防控技术有待提升，种植户用地养地意识普遍缺乏，农业面源污染问题不容忽视，仍然过分依赖化学农药和化肥，土壤酸化趋势明显、设施土壤次生盐渍化较重、耕作层变浅和板结现象较为突出，持续推进减肥减药工作任重道远。农业环保问题，根本上需要通过现代技术的手段来解决，通过科学、合理、到位的约束机制来解决，从促进可持续发展角度考虑，简单采取禁止、退养等做法不可取。
一是农业经营主体“小、散、乱”问题有待突破。
目前，全市农民专业合作社空壳化、不规范的现象比较严重，各类农业经营主体“小、散、乱”现象较为普遍，综合能力不强，生产主体的组织化、规模化程度偏低。以特色农产品优势区为例，从事经济作物生产的农业企业、家庭农场、合作社、园艺场、种植大户等生产经营主体规模化种植（经济作物10亩以上，其中果树为30亩以上）面积为2.67万亩，散户种植面积为3.93万亩，规模化生产经营占比为40.47%。由于分散生产经营，产品相对单一、总量较小，生产主体与市场衔接不足等，阻碍着品牌化建设和产业融合发展的进程。各类主体间没有形成强有力的联合与合作，难以形成品牌效应，导致农业综合效益较低。
二是农业产业体系有待进一步建立健全。
近年来，本市在地产农产品产销对接方面作了一些有益尝试，形成了从“卖稻谷”向“卖大米”转变的成功做法，但全市通过这一方式销售的大米数量不多，生产主体的参与度不高；蔬菜田头交易的比重依然较大，采用订单农业生产量依然较小。农产品附加值仍处在较低水平，农业产业体系还存在资源环境匹配度不高、流通体系效率不高、低端农产品过剩和高端优质农产品供给不足并存等问题，亟待建立健全覆盖全产业链的农业产业体系。
