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间充质干细胞是最近几年国内外干细胞治疗研究最多，发展速度最快的品种，原因在于，这种细胞能够分化形成骨、软骨、脂肪、神经、肌肉等多种组织细胞，正在被应用于治疗多种疾病的研究中，同时，间充质干细胞被认为是修复和再造人体受损组织或器官的好材料。

间充质干细胞最早在骨髓中发现，之后，被发现在 婴儿出生后的胎盘 （包括脐带）组织中也有存在。 间充质干细胞的应用研究最早是用于骨和软骨的修复，现在间充质干细胞治疗研究已经扩展到脑中风、脑瘫、急性心梗和慢性缺血性心脏病、肝脏疾病，以及牙科，角膜、血液疾病等等方面。

造血干细胞是成体干细胞的一种，在人体骨髓中存量最多。造血干细胞是最早被用于临床治疗的干细胞，借助造血干细胞移植治疗治疗白血病已经成为国内外普遍采用的方法。以往，造血干细胞移植主要依靠从捐献者骨髓中提取异体造血干细胞，而且移植前需要配型，随着科学发现脐带血中有造血干细胞存在，借婴儿出生之际保存脐带血中的自体造血干细胞也逐步兴起。

成体干细胞存在于成熟的机体组织，而且种类众多，到目前为止，到底有多少种成体干细胞品种依然是个谜。比较常见的成体干细胞包括间充质干细胞、造血干细胞、神经干细胞、肌肉干细胞、脂肪干细胞等等。成体干细胞在人体中就像是高级维修技师，它们的功能在于在必要的时候生产出与其相对应的组织细胞，用以替换自然凋亡或受损的组织细胞。有研究称，成体干细胞治疗研究占全球干细胞治疗研究的80%以上。

诱导多能干细胞，有被称为诱导重编程干细胞，是通过基因转染技术将某些转录因子导入动物或人的体细胞, 使体细胞转化成为胚胎干细胞。诱导多能干细胞的出现一定意义上解决的胚胎干细胞的来源问题，也正因为此，日本和英国的两名研究者同时获得2012年诺贝尔医学奖。