#分子模拟#PROPKA3:蛋白pKa值预测工具

生信杂谈 · 公众号 · · 2017-07-02 23:00

正文

PROPKA3是一个基于经验的pKa预测工具，在3.1版本中还加入了蛋白配体复合物的pKa预测。其是计算蛋白电荷的知名服务PDB2PQR中使用的pKa预测工具，其包全为Python所写。

其Github地址如下: https://github.com/jensengroup/propka-3.1

首先从Github中下载安装包:
然后进行常规的安装，要求python2.7或者python3.1及以上

cd propka-3.1python setup.py install --user

使用的方法也非常简单，例如:

propka31 1hpx.pdb

其计算方法主要是增加了库仑力与氢键的作用，例如:

Glu 17 and Glu 178 in Bacillus agaradhaerens xylanase

因为Arg 49与Glu 17库伦联系使得其大约降低1.7pH的pKa值，与Lys53的联系使得降低了1.9pH（0.9的氢键联系和1.0的库伦作用）

值得注意的是其好像只计算极性氨基酸残基的pKa值，例如1HPX-warn.pdb

而其result为:

7.95

只有一个数据

参考文献:

Sondergaard, Chresten R., Mats HM Olsson, Michal Rostkowski, and Jan H. Jensen. "Improved Treatment of Ligands and Coupling Effects in Empirical Calculation and Rationalization of pKa Values." Journal of Chemical Theory and Computation 7, no. 7 (2011): 2284-2295.
Olsson, Mats HM, Chresten R. Sondergaard, Michal Rostkowski, and Jan H. Jensen. "PROPKA3: consistent treatment of internal and surface residues in empirical pKa predictions." Journal of Chemical Theory and Computation 7, no. 2 (2011): 525-537.

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