其实PPI的Network,是最常见的生物信息分析方法。常用的软件,也就是Cytoscape,但夏老师随便搜了搜文章,发现一篇4.475分的PLoS Comput Biol,介绍了这么一个在线的类似Cytoscape的工具:
差不多就是这么一个工具,昨晚一个Network的浏览器,可以之间搜索想要分析的Network:
比如随便搜一个TP53:
会找出很多已知的数据库中的Network,这些数据都是可以下载,也同时可以直接分析:
对于每一组Network都会体现具体的文献,或者数据库出处。点击Node和Edge的属性,可以看到每个节点的名字,以及功能的统计:
以及Node与Node间的Edge的作用功能的统计,比如是增强,还是减弱,直接互作,还是进行修饰:
也可以搜索到需要了解的具体蛋白或者化合物的节点:
或者对于蛋白间互作关系的Edge(边)的具体属性进行了解:
文献中的Network网络图也只是可浏览的一部分内容,还有信号通路的数据库,也可以通过网络图进行展示:
用这个就能更简单地对信号通路进行具体的连结分析,当然,其实如果你真的看得懂信号通路图的话,这个对你可能并没有多大的帮助。好吧,有兴趣看这篇文章的话,可以自己去PubMed上下搜一下,实在不行就回复“公克”(不要在评论区回复),要么就直接星球上见(当然,进不去也无所谓),当作是科研过程中的一种调剂也是不错的选择哦。科研并不一定要这么无聊又尴尬……今天就给你们策到这里吧,祝你们心明眼亮。
封面:飞出个未来 https://pic.sogou.com/s
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