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这篇4.475分的SCI文章,给了这么一个类似Cytoscape的Network分析工具……

实验万事屋  · 公众号  · 科研  · 2022-06-10 08:20

正文

其实PPI的Network,是最常见的生物信息分析方法。常用的软件,也就是Cytoscape,但夏老师随便搜了搜文章,发现一篇4.475分的PLoS Comput Biol,介绍了这么一个在线的类似Cytoscape的工具:



差不多就是这么一个工具,昨晚一个Network的浏览器,可以之间搜索想要分析的Network:



比如随便搜一个TP53



会找出很多已知的数据库中的Network,这些数据都是可以下载,也同时可以直接分析:




对于每一组Network都会体现具体的文献,或者数据库出处。点击Node和Edge的属性,可以看到每个节点的名字,以及功能的统计:



以及Node与Node间的Edge的作用功能的统计,比如是增强,还是减弱,直接互作,还是进行修饰:



也可以搜索到需要了解的具体蛋白或者化合物的节点



或者对于蛋白间互作关系的Edge()的具体属性进行了解



文献中的Network网络图也只是可浏览的一部分内容,还有信号通路的数据库,也可以通过网络图进行展示:



用这个就能更简单地对信号通路进行具体的连结分析,当然,其实如果你真的看得懂信号通路图的话,这个对你可能并没有多大的帮助。好吧,有兴趣看这篇文章的话,可以自己去PubMed上下搜一下实在不行就回复“公克”(不要在评论区回复),要么就直接星球上见(当然,进不去也无所谓,当作是科研过程中的一种调剂也是不错的选择哦科研并不一定要这么无聊又尴尬……今天就给你们策到这里吧,祝你们心明眼亮


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