HPLC系统经常被检查到的缺陷主要是：
1、HPLC确认没有年度确认计划中没有体现或者没有做确认或者做的项目不全、不合适。
2、HPLC的没有纳入公司的仪器台账中。
3、HPLC的使用、维护没有SOP或者没有使用、维护记录，或者记录填写不合适。
3、HPLC系统色谱数据处理软件的安全性存在问题。
4、没有色谱柱的使用记录。
5、检测时没有做系统适用性试验或者做了但是方法不合适。
6、液相用标准品（对照品）或者工作标准品的管理和使用存在缺陷。
下面逐条进行分析并采取应对措施：
1、对于新购买的液相色谱仪，应该有URS（可以和厂家共同完成）；到货后应该进行3Q确认（IQ\OQ\PQ)，如果实际工作中采用的方法和厂家的方法不同，也可以只做IQ和OQ，等制定好检验SOP后再做PQ。FDA检查员对中国计量官方的检定是不认可的，所以HPLC的3Q确认是必须做和到期后做再确认的。一般HPLC3Q确认周期为一年，而HPLC强制检定周期为2年。
2、不管是新的或者是已有的HPLC，必须纳入公司的QC仪器设备管理中。
3、在QC的仪器设备年度确认计划中必须有每台HPLC的确认计划和确认方案。HPLC的确认方案应该制定的详细合理。这里确认和检定是完全不同的两个概念，不能混淆，更不能互相代替。FDA的审计人员是指认可HPLC确认的。
4、HPLC应该有使用SOP、维护SOP，并有相应的使用记录、维护记录。我们做的差的是没有维护SOP和记录，或者有但是执行和记录不合适。举个例子，如果你的HPLC的某一部件进行了更换，应该记录更换的详细操作过程，而不是只填写“已更换"。如果更换了关键部件，还要做变更管理，甚至做HPLC的确认。至于哪些是关键部件，是按照风险评估出来的。
5、HPLC的权限管理：使用的计算机应该设有开机密码的，屏幕保护也建议设密码。国产HPLC使用的色谱软件有使用权限管理的非常少，所以无法设定化验员和QC主管的权限，这样HPLC的参数设置和图谱就存在被误删或者更改的风险。国外的知名品牌的HPLC在这方面做得比较好。
6、审计追踪功能：FDA的cGMP要求色谱软件具有审计追踪功能，并且在检测时使用，这样可以防止通过修改计算机的时间等方式造假。国产的HPLC的色谱软件没有审计追踪功能，这本身就是缺陷，为造假提供了可能。尤其是在做分析方法验证和HPLC的3Q确认时，国产的HPLC的色谱图的保留时间和峰面积的重现性不好，有的图谱和数据是不能使用的。
7、积分参数：对于一个分析方法，积分参数应该是分析方法的一部分，写在方法中。如规定峰宽是多少，斜率是多少，最小峰面积是多少。一但确定下来，就不能再改动了，因为再改动的话，对定性和定量会有影响，得到的峰的个数和面积或者最终的含量结果会改变的。并且对你的结果的趋势分析和产品质量回顾和实际生产操作和产品质量造成人为地误导。
8、结果计算：有的色谱软件可以进行计算，或者用EXCEL进行计算，但是有时候或者计算机人工计算所得结果不同，甚至会造成OOS、OOT。原因就是每个数据的有效位数可能不同、在计算过程和最终结果确定造成了不一致。FDA检查员会按照计算计算公式用计算器进行计算的，这点应该引起重视。
9、系统适用性：这是在检测开始时必须要做的，只有系统适用性试验通过了，才能证明你的HPLC可以投入检测，否则，就要对流动相等进行适当的调整，重新做系统适用性试验。如果系统适用性试验不合格，还应该查找HPLC的硬件是否出现了故障。
10、色谱柱的使用记录，每次都要做，因为色谱柱是分离的核心，是HPLC最重要的部分。
11、对照品溶液和供试品溶液的制备：通常是都对照品、供试品分别称量2份，每份进2针，计算结果。
12、使用的标准品（对照品）、工作标准品，都要有使用记录，做到账物相符。
13、HPLC检测相关记录：如流动相的制备记录和批号，所用试剂的台账、分析天平的的校准、使用记录等，相关记录都要齐全。
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