专栏名称: VG生信软件

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用PyMol，6步轻松获得高质量蛋白三维结构图

VG生信软件 · 公众号 · · 2017-08-07 16:46

正文

下载软件
下载网址http://www.pymol.org/，（注：老师和学生可免费下载）
文件的打开方式
打开方式有两种：
一、将pdb格式的蛋白文件直接拖到桌面快捷方式上
二、从菜单栏File/Open打开文件
更改模型的显示方式
A.点击all图层上的H（Hide）标签，隐藏所有的显示方式对应的模型；
B.点击all图层上的S（Show）标签，选择所需的模型显示方式（这里选择cartoon）；
C.点击all图层上的C（Color）标签，更改模型着色方式，选spectrum，颜色选rainbow。
对模型的操作
鼠标对模型的操作。常用的鼠标操作方式如下表，选择合适的显示视角即可。
图片的渲染与导出
只需在命令行输入“ray 900,900”，随后按回车键即可进行光影着色。这里的数字900是图片的长和宽的像素数，根据需求自由设置。渲染完成后的效果如下（注意：此时点击渲染好的图片又会返回模型编辑模式）。
导出结果
选择file/Save Image As/PNG...即可导出图片到指定位置