PlOS 被忽视的热带病: WGS 鉴别复发性麻风病患者的复发源头

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· 伦理声明 ：获取国家伦理研究委员会、动物伦理研究委员会的许可。参与患者签署知情同意书。

· 实验设计 ：从参与巴西针对麻风病患者采取统一的MDT方法的开放性临床实验 (U-MDT/CT-BR) 的患者中选取3例确诊的麻风病复发患者。初次发病患者采集组织样本后福尔马林固定石蜡包埋。

· DNA提取 ：提取和富集3例复发性麻风病患者样本的DNA，不同阶段DNA质量均进行严格质量控制。

· 文库构建 ：提取的DNA进行建库后除去文库中的宿主DNA，对捕获后的DNA扩增和质控后，NGS测序平台测序。

· 测序分析 ：对原始数据进行组装后与参考数据库中的麻风杆菌基因组进行比对。两次发病时期的基因组测序结果进行单核苷酸多态性 (SNP) 分型，数目可变串联重复序列 (VNTR) 和插入和缺失标记 (inDels) 分析。

3例感染患者的麻风杆菌的NGS测序结果显示未出现对利福平、氨苯砜和氧氟沙星的耐药基因，排除了疾病复发是由于耐药基因出现的可能性。NGS检测到3例患者都存在初次感染与复发后测序序列的差异。其中1例患者存在明显由于不相关麻风菌株再次感染导致麻风病的证据，而另外2例患者麻风病复发的可能性更高。