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单细胞测序中，细胞群的下游机制都做烂了，但上游的这三个思路还新着呢！

猫头鹰教室 · 公众号 · · 2025-03-17 11:11

正文

在常规的单细胞测序分析中，基于细胞比例挑选在疾病组或者干预组发生比例变化的细胞群是常规分析，比如我们发现 A+ 巨噬细胞（或者其它细胞群）在疾病组比例显著高于对照组织，而 A+ 巨噬细胞在药物干预后比例显著下降了，一般我们就会挑选 A+ 巨噬细胞从而关注 A+ 巨噬细胞在疾病中的作用，并尝试建立 A+ 巨噬细胞促进疾病，而药物通过抑制 A+ 巨噬细胞从而改善疾病的假说 ，从而设计实验进行后续研究。

这个假说其实包括两个部分：

1. A+ 巨噬细胞是如何促进疾病进展的？

2. 药物是如何抑制 A+ 巨噬细胞的？

对 A+ 巨噬细胞来说，一个是下游机制，一个上游原因。 从这个角度来说，是不是与基因和分子的逻辑很像？比如我们发现基因 A 在疾病中高表达，在研究 A 基因如何促进疾病的下游机制后，是否还会考虑基因 A 高表达的原因？比如考虑基因 A 被转录激活、翻译活化、或者蛋白稳定性增加等等？

当然，即使没有药物处理，当发现 A+ 巨噬细胞在疾病组织中比例升高的时候，也有上游原因需要探索： A+ 巨噬细胞为何在疾病组织中比例升高？而在大部分的研究和国自然项目中，主要关注的是 A+ 巨噬细胞如何促进疾病的下游部分，而对于 A+ 巨噬细胞为何在疾病组织中升高的原因倒是较少涉及。